最終更新日:2016.8.30.

DDBJ利用の手引き

謝辞記載のお願い

DDBJ および 遺伝研スーパーコンピュータシステムの活動は皆様の謝辞で評価されています。
DDBJ のデータベースや検索・解析ツール、遺伝研スーパーコンピュータシステムの資源を利用して得られた成果を発表される際には、以下の例文の内容を謝辞または本文にて明記してください。(文章のつながりから改変することはかまいません。)

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 <DDBJ>
 日本語:本研究は、DDBJ(DNA Data Bank of Japan)の [データベース、検索・解析ツール名]を利用しました。
 英 語:This research was performed using "name of DDBJ Service, analytical tools".
 <遺伝研スーパーコンピュータシステム>
 日本語:本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所が有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。
 英 語:Computations were partially performed on the NIG supercomputer at ROIS National Institute of Genetics.
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Reference
DDBJ についての最新の論文
DDBJ が提供しているサービスのついての論文
DDBJ エントリへのリンク設定方法

基礎知識

DDBJ を利用するための参考コンテンツ

DDBJ HP

FAQ / DRA FAQ
よくある質問とその回答。
Webサービスヘルプ
各サービスのページからリンクされています。
WABI ヘルプ
WABI(Web API for Biology) は,DDBJの検索サービスを Web画面を介せずに利用できる Web API です。
DDBJing 講習会
DDBJ をより有効に活用して頂くために「DDBJing 講習会」を開催しています。
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DDBJ の動画一覧。動画マニュアル,DDBJing 講習会,DDBJ に関連する講演など。
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外部サイト

統合TV(by DBCLS)
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) による動画・講習会ビデオなど。
DDBJ on slideshare
過去のDDBJing 講習会やDDB スタッフの講演の資料など。

参考書籍

バイオインフォマティクス入門
編集/日本バイオインフォマティクス学会 (慶應義塾大学出版会)
発行:2015/08/22
ISBN-13: 978-4-7664-2251-1 2,916円+税
実験医学増刊 Vol.32 No.20
今日から使える!データベース・ウェブツール達人になるための実践ガイド100
編集/内藤雄樹 (羊土社)
発行:2014/12
ISBN 978-4-7581-0343-5 5,400円+税
実験医学別冊
次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY
編集/二階堂 愛(羊土社)
発行:2014/08
ISBN 978-4-7581-0191-2 5,500円+税
細胞工学別冊
次世代シークエンサーDry 解析教本
監修/清水厚志・坊農秀雅(学研メディカル秀潤社)
発行:2015/08/22
ISBN-13: 978-4-7809-0920-3 5,400円+税

References

DDBJ についての最新論文

DNA data bank of Japan (DDBJ) progress report.
Mashima J, Kodama Y, Kosuge T, Fujisawa T, Katayama T, Nagasaki H, Okuda Y, Kaminuma E, Ogasawara O, Okubo K, Nakamura Y, Takagi T.
Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D51-7. doi: 10.1093/nar/gkv1105

ARSA ・ TXSearch

DDBJ new system and service refactoring.
Ogasawara O, Mashima J, Kodama Y, Kaminuma E, Nakamura Y, Okubo K, Takagi T.
Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D25-9. doi: 10.1093/nar/gks1152

BLAST

Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.
Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ.
Nucleic Acids Res. 1997 Sep 1;25(17):3389-402.
PowerBLAST: a new network BLAST application for interactive or automated sequence analysis and annotation.
Zhang J, Madden TL.
Genome Res. 1997 Jun;7(6):649-56.
Applications of network BLAST server.
Madden TL, Tatusov RL, Zhang J.
Methods Enzymol. 1996;266:131-41.
Identification of protein coding regions by database similarity search.
Gish W, States DJ.
Nat Genet. 1993 Mar;3(3):266-72.
Basic local alignment search tool.
Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ.
J Mol Biol. 1990 Oct 5;215(3):403-10.
Methods for assessing the statistical significance of molecular sequence features by using general scoring schemes.
Karlin S, Altschul SF.
Proc Natl Acad Sci U S A. 1990 Mar;87(6):2264-8.

ClustalW

Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs.
Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD.
Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3497-500.
CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.
Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ.
Nucleic Acids Res. 1994 Nov 11;22(22):4673-80.

DDBJ Read Annotation Pipeline

DDBJ read annotation pipeline: a cloud computing-based pipeline for high-throughput analysis of next-generation sequencing data.
Nagasaki H, Mochizuki T, Kodama Y, Saruhashi S, Morizaki S, Sugawara H, Ohyanagi H, Kurata N, Okubo K, Takagi T, Kaminuma E, Nakamura Y.
DNA Res. 2013 Aug;20(4):383-90. doi: 10.1093/dnares/dst017
DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data.
Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T, Nakamura Y.
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D33-8. doi: 10.1093/nar/gkp847

DDBJ Sequence Read Archive

The Sequence Read Archive: explosive growth of sequencing data.
Kodama Y, Shumway M, Leinonen R; International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D54-6. doi: 10.1093/nar/gkr854.
The sequence read archive.
Leinonen R, Sugawara H, Shumway M; International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D19-21. doi: 10.1093/nar/gkq1019.

FASTA

(現在 web でのサービス提供はありません。 遺伝研スーパーコンピュータシステムのみで提供しています。)

Improved tools for biological sequence comparison.
Pearson WR, Lipman DJ.
Proc Natl Acad Sci U S A. 1988 Apr;85(8):2444-8.
Rapid and sensitive protein similarity searches.
Lipman DJ, Pearson WR.
Science. 1985 Mar 22;227(4693):1435-41.
Rapid similarity searches of nucleic acid and protein data banks.
Wilbur WJ, Lipman DJ.
Proc Natl Acad Sci U S A. 1983 Feb;80(3):726-30.

Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)

The DDBJ Japanese Genotype-phenotype Archive for genetic and phenotypic human data.
Kodama Y, Mashima J, Kosuge T, Katayama T, Fujisawa T, Kaminuma E, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T, Nakamura Y.
Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D18-22. doi: 10.1093/nar/gku1120. 2015 Jan

MAFFT

MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability.
Katoh K, Standley DM.
Mol Biol Evol. 2013 Apr;30(4):772-80. doi: 10.1093/molbev/mst010.
aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity.
Kuraku S, Zmasek CM, Nishimura O, Katoh K.
Nucleic Acids Res. 2013 Jul;41(Web Server issue):W22-8. doi: 10.1093/nar/gkt389.
Adding unaligned sequences into an existing alignment using MAFFT and LAST.
Katoh K, Frith MC.
Bioinformatics. 2012 Dec 1;28(23):3144-6. doi: 10.1093/bioinformatics/bts578.
Parallelization of the MAFFT multiple sequence alignment program.
Katoh K, Toh H.
Bioinformatics. 2010 Aug 1;26(15):1899-900. doi: 10.1093/bioinformatics/btq224.
Multiple alignment of DNA sequences with MAFFT.
Katoh K, Asimenos G, Toh H.
Methods Mol Biol. 2009;537:39-64. doi: 10.1007/978-1-59745-251-9_3.
Improved accuracy of multiple ncRNA alignment by incorporating structural information into a MAFFT-based framework.
Katoh K, Toh H.
BMC Bioinformatics. 2008 Apr 25;9:212. doi: 10.1186/1471-2105-9-212.
Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program.
Katoh K, Toh H.
Brief Bioinform. 2008 Jul;9(4):286-98. doi: 10.1093/bib/bbn013.
PartTree: an algorithm to build an approximate tree from a large number of unaligned sequences.
Katoh K, Toh H.
Bioinformatics. 2007 Feb 1;23(3):372-4.
MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment.
Katoh K, Kuma K, Toh H, Miyata T.
Nucleic Acids Res. 2005 Jan 20;33(2):511-8.
MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform.
Katoh K, Misawa K, Kuma K, Miyata T.
Nucleic Acids Res. 2002 Jul 15;30(14):3059-66.

MiGAP

Microbial Genome Annotation Pipeline (MiGAP) for diverse users
Sugawara H, Ohyama A, Mori H and Kurokawa K. (2009)
The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009) Poster and Software Demonstrations (Yokohama) S001-1-2
MetaGeneAnnotator: detecting species-specific patterns of ribosomal binding site for precise gene prediction in anonymous prokaryotic and phage genomes.
Noguchi H, Taniguchi T, Itoh T.
DNA Res. 2008 Dec;15(6):387-96. doi: 10.1093/dnares/dsn027
RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes.
Lagesen K, Hallin P, Rødland EA, Staerfeldt HH, Rognes T, Ussery DW.
Nucleic Acids Res. 2007;35(9):3100-8.
The COG database: an updated version includes eukaryotes.
Tatusov RL, Fedorova ND, Jackson JD, Jacobs AR, Kiryutin B, Koonin EV, Krylov DM, Mazumder R, Mekhedov SL, Nikolskaya AN, Rao BS, Smirnov S, Sverdlov AV, Vasudevan S, Wolf YI, Yin JJ, Natale DA.
BMC Bioinformatics. 2003 Sep 11;4:41.
Improved microbial gene identification with GLIMMER.
Delcher AL, Harmon D, Kasif S, White O, Salzberg SL.
Nucleic Acids Res. 1999 Dec 1;27(23):4636-41.
A genomic perspective on protein families.
Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ.
Science. 1997 Oct 24;278(5338):631-7.
tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence.
Lowe TM, Eddy SR.
Nucleic Acids Res. 1997 Mar 1;25(5):955-64.
Basic local alignment search tool.
Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ.
J Mol Biol. 1990 Oct 5;215(3):403-10.
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