最終更新日:2017.6.27.

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参考書籍

バイオインフォマティクス入門
編集/日本バイオインフォマティクス学会 (慶應義塾大学出版会)
発行:2015/08/22
ISBN-13: 978-4-7664-2251-1 2,916円+税
実験医学増刊 Vol.32 No.20
今日から使える!データベース・ウェブツール達人になるための実践ガイド100
編集/内藤雄樹 (羊土社)
発行:2014/12
ISBN 978-4-7581-0343-5 5,400円+税
実験医学別冊
次世代シークエンス解析スタンダード NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY
編集/二階堂 愛(羊土社)
発行:2014/08
ISBN 978-4-7581-0191-2 5,500円+税
細胞工学別冊
次世代シークエンサーDry 解析教本
監修/清水厚志・坊農秀雅(学研メディカル秀潤社)
発行:2015/08/22
ISBN-13: 978-4-7809-0920-3 5,400円+税

References

DDBJ についての最新論文

DNA Data Bank of Japan.
Mashima J, Kodama Y, Fujisawa T, Katayama T, Okuda Y, Kaminuma E, Ogasawara O, Okubo K, Nakamura Y, Takagi T.
Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4; 45(D1):D25-D31. doi: 10.1093/nar/gkw1001

ARSA

DDBJ new system and service refactoring.
Ogasawara O, Mashima J, Kodama Y, Kaminuma E, Nakamura Y, Okubo K, Takagi T.
Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D25-9. doi: 10.1093/nar/gks1152

TXSearch

DNA Data Bank of Japan.
Mashima J, Kodama Y, Fujisawa T, Katayama T, Okuda Y, Kaminuma E, Ogasawara O, Okubo K, Nakamura Y, Takagi T.
Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D25-D31. doi: 10.1093/nar/gkw1001

BLAST

Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.
Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ.
Nucleic Acids Res. 1997 Sep 1;25(17):3389-402.
PowerBLAST: a new network BLAST application for interactive or automated sequence analysis and annotation.
Zhang J, Madden TL.
Genome Res. 1997 Jun;7(6):649-56.
Applications of network BLAST server.
Madden TL, Tatusov RL, Zhang J.
Methods Enzymol. 1996;266:131-41.
Identification of protein coding regions by database similarity search.
Gish W, States DJ.
Nat Genet. 1993 Mar;3(3):266-72.
Basic local alignment search tool.
Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ.
J Mol Biol. 1990 Oct 5;215(3):403-10.
Methods for assessing the statistical significance of molecular sequence features by using general scoring schemes.
Karlin S, Altschul SF.
Proc Natl Acad Sci U S A. 1990 Mar;87(6):2264-8.

ClustalW

Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs.
Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD.
Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3497-500.
CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.
Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ.
Nucleic Acids Res. 1994 Nov 11;22(22):4673-80.

DDBJ Read Annotation Pipeline

DDBJ read annotation pipeline: a cloud computing-based pipeline for high-throughput analysis of next-generation sequencing data.
Nagasaki H, Mochizuki T, Kodama Y, Saruhashi S, Morizaki S, Sugawara H, Ohyanagi H, Kurata N, Okubo K, Takagi T, Kaminuma E, Nakamura Y.
DNA Res. 2013 Aug;20(4):383-90. doi: 10.1093/dnares/dst017
DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data.
Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T, Nakamura Y.
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D33-8. doi: 10.1093/nar/gkp847

DDBJ Sequence Read Archive

The Sequence Read Archive: explosive growth of sequencing data.
Kodama Y, Shumway M, Leinonen R; International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D54-6. doi: 10.1093/nar/gkr854.
The sequence read archive.
Leinonen R, Sugawara H, Shumway M; International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D19-21. doi: 10.1093/nar/gkq1019.

FASTA

(現在 web でのサービス提供はありません。 遺伝研スーパーコンピュータシステムのみで提供しています。)

Improved tools for biological sequence comparison.
Pearson WR, Lipman DJ.
Proc Natl Acad Sci U S A. 1988 Apr;85(8):2444-8.
Rapid and sensitive protein similarity searches.
Lipman DJ, Pearson WR.
Science. 1985 Mar 22;227(4693):1435-41.
Rapid similarity searches of nucleic acid and protein data banks.
Wilbur WJ, Lipman DJ.
Proc Natl Acad Sci U S A. 1983 Feb;80(3):726-30.

Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)

The DDBJ Japanese Genotype-phenotype Archive for genetic and phenotypic human data.
Kodama Y, Mashima J, Kosuge T, Katayama T, Fujisawa T, Kaminuma E, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T, Nakamura Y.
Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D18-22. doi: 10.1093/nar/gku1120. 2015 Jan

MAFFT

MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability.
Katoh K, Standley DM.
Mol Biol Evol. 2013 Apr;30(4):772-80. doi: 10.1093/molbev/mst010.
MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform.
Katoh K, Misawa K, Kuma K, Miyata T.
Nucleic Acids Res. 2002 Jul 15;30(14):3059-66.

MiGAP

Microbial Genome Annotation Pipeline (MiGAP) for diverse users
Sugawara H, Ohyama A, Mori H and Kurokawa K. (2009)
The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009) Poster and Software Demonstrations (Yokohama) S001-1-2
MetaGeneAnnotator: detecting species-specific patterns of ribosomal binding site for precise gene prediction in anonymous prokaryotic and phage genomes.
Noguchi H, Taniguchi T, Itoh T.
DNA Res. 2008 Dec;15(6):387-96. doi: 10.1093/dnares/dsn027
RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes.
Lagesen K, Hallin P, Rodland EA, Staerfeldt HH, Rognes T, Ussery DW.
Nucleic Acids Res. 2007;35(9):3100-8.
The COG database: an updated version includes eukaryotes.
Tatusov RL, Fedorova ND, Jackson JD, Jacobs AR, Kiryutin B, Koonin EV, Krylov DM, Mazumder R, Mekhedov SL, Nikolskaya AN, Rao BS, Smirnov S, Sverdlov AV, Vasudevan S, Wolf YI, Yin JJ, Natale DA.
BMC Bioinformatics. 2003 Sep 11;4:41.
Improved microbial gene identification with GLIMMER.
Delcher AL, Harmon D, Kasif S, White O, Salzberg SL.
Nucleic Acids Res. 1999 Dec 1;27(23):4636-41.
A genomic perspective on protein families.
Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ.
Science. 1997 Oct 24;278(5338):631-7.
tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence.
Lowe TM, Eddy SR.
Nucleic Acids Res. 1997 Mar 1;25(5):955-64.
Basic local alignment search tool.
Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ.
J Mol Biol. 1990 Oct 5;215(3):403-10.
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