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FAQ

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タグで検索(NSSS:DDBJ Nucleotide Sequence Submission System , MSS:Mass Submission System)

All FAQs 159
FTP接続ができません Pipeline
ケース1.DRAユーザーの場合

DRA登録されているユーザーの方は、FTPに接続できない場合がございます。
その場合は一度パイプラインにログインしていただき、パスワードの変更を行っていただくことでFTP接続が可能になります。

ケース2.FTPクライアントが未対応

WindowsやMACに標準装備されているFTPクライアントではパイプラインのFTPへ接続することが出来ません。
パイプラインではFTP over SSLのサーバーを使用しており、FTPへのログインやデータの送受信が暗号化されるようになっており、これを利用するには対応したクライアントが必要になります。
Windowsの場合はWinSCP、MACの場合はCyberduckなどが上記の接続に対応しております。

WinSCPサイト
http://winscp.net/
Cyberduckサイト
http://cyberduck.ch/
最終更新日:2015年2月4日
DRAのアカウントを所持しているがPipelineにログインでき ません Pipeline
DDBJ Pipeline を利用する為には、DRAのアカウントとは別にPipeline専用のアカウントが必要です。 お手数ですが、ログインページより新規アカウント作成へ進んでいただき、新たにPipelineのアカウントを取得してください。
最終更新日:2015年2月4日
HTTP uploadでファイルがリストに表示されません Pipeline
HTTP通信の場合、ファイルがアップされるまでに時間がかかります。場合によっては、途中で通信が切断されてしまうこともあります。
また、ファイルがアップされた後に、リストの更新がされない場合がありますので、ページの再読み込みをおこなってください。
最終更新日:2015年2月4日
新しくアカウント登録をおこなったが、メールが届きません Pipeline
通常であれば、数分で、Login IDとPasswordが記載されたメールが、(pipeline_dev@ddbj.nig.ac.jp)より送信されます。メールが届かないようであれば、ご自分のメールソフトウェアのフィルタリング設定などをご確認ください。 また、登録されたメールアドレスが正しくない可能性がありますので、メールアドレスをご確認の上、再度、アカウントの登録をおこなってください。
最終更新日:2015年2月4日
ジョブの実行時間が長くかかっているが問題ありませんか Pipeline
denovoAssemblyを実行している場合(特にVelvet)は処理完了まで数日を要する場合があります。
多くの場合は処理するデータ量に比例して処理時間が伸びていきますが、オプションの指定方法や、元データの品質によって処理が完了しない可能性があります。
こうした場合はジョブがハングアップしている可能性が高く、そのままでは計算機リソースが無駄に占有されてしまう為、こちらで強制終了させていただく場合があります。
最終更新日:2015年2月4日
ジョブがエラーになる Pipeline
<パターン1>
Status画面で、Statusが「error」でStart timeが「表示されていない」場合
  • 指定したクエリーファイルが、何らかの原因で読み込めなかったことによるエラーです。
  • 指定したクエリーファイルが、テキストファイルであることを、ご確認ください。(拡張子の指定は特にありません。)
  • また、FASTA/FASTQなどのフォーマットに問題がないか、ご確認ください。
  • 空行(最終行などに)が含まれていると、エラーになりますので、ご注意ください。
  • ファイル名が半角の英数(記号)であることを、ご確認ください。(日本語などの全角文字には対応していません。)
  • ファイル名には、スペースを含めないでください
  • Assembly→BLAT(mapping)を選択された場合で、Assembly結果ファイルが得られなかった場合は、BLAT(mapping)でこの状態になります。


<パターン2>
Status画面で、Statusが「error」でStart timeが「表示されている」場合
  • 指定したクエリーファイルの、FASTA/FASTQなどのフォーマットに問題がないか、ご確認ください。
  • オプションなどの入力値を、ご確認ください。
  • Selecting Tools画面から、各ToolのサイトやHelpをご確認いただけます。※選択されたツールによっては、列の長さに上限があります
  • Detail view画面で、実行されたCommandと、Log1(標準出力)とLog2(標準エラー)から、原因を特定できる場合もありますので、ご確認ください。

<パターン3>
Status画面で、Statusが「complete」だが、Detail view画面で、エラーが出ている場合
  • オプションなどの入力値を、ご確認ください。
  • Selecting Tools画面から、各ToolのサイトやHelpをご確認いただけます。※選択されたツールによっては、列の長さに上限があります。
  • Detail view画面で、実行されたCommandと、Log1(標準出力)とLog2(標準エラー)から、原因を特定できる場合もありますので、ご確認ください。


原因が特定できない場合や、お気づきの点などありましたら、お手数ですがsupportまでご連絡ください。
最終更新日:2015年2月4日
パラメーター(オプション)の変更ができません Pipeline
ツール選択画面では、ツールごとにマニュアルページへのリンクがありますので、こちらを読んでいただき、Setting for Assembly/Mapping画面で、Set optional parameters 以下の空白box内に適宜セットして下さい。
最終更新日:2015年2月4日
mappingで生成されるファイルはSAMファイルだけで、BAMファイルの生成は別途、SAMToolsで行わなければならない? Pipeline
SAMtoolsも組み込まれておりますので、BAMファイルも生成されます。
最終更新日:2015年2月4日
現在のpipelineの機能では、varFilterを用いたSNP抽出はできない? Pipeline
mpileupでご使用になれます。
最終更新日:2015年2月4日
Samtools indexファイルはダウンロードできませんか? Pipeline
対応を検討致します。
最終更新日:2015年2月4日
[Specifying Database of Reference Genome 画面] User original setsに登録した項目は削除できない? Pipeline
現状では対応しておりませんのでシステム改善案として上げさせて頂きます。
最終更新日:2015年2月4日
データに誤りを見つけました。登録者ではありませんが,訂正できますか 更新

文献情報以外の内容の更新や訂正は、原則として、登録者としてデータに登録されている方の了承、または依頼を受けて行ないます。
DDBJ からそのデータの登録者に,ご指摘の内容を転送することは可能です。
「DDBJエントリ登録者へのご質問・ご要望の転送フォーム」 より必要な情報をお知らせください。

最終更新日:2014年6月9日
登録したデータの内容を公開予定日より前に確認できますか 更新

当該データの 登録者 としてご登録いただいている方からの依頼ならば可能です。
アクセッション番号を明記の上 DDBJへのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりご依頼ください。

最終更新日:2014年6月16日
DDBJ 塩基配列登録システムを使って登録済みデータを修正できますか NSSS 更新

DDBJ 塩基配列登録システム はデータ登録専用のツールですので、登録済みデータの修正には対応していません。
修正・更新に関しましては 登録データの修正・更新 をご参照ください。

最終更新日:2014年7月6日
登録済で未公開の配列とアクセッション番号との対応がわからなくなりました 更新

DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」より,以下の情報をご連絡下さい。

  • コンタクトパーソンのメールアドレス
  • アクセッション番号またはEntryID

既にご登録をいただきました塩基配列に関する情報を返信でお知らせします。

最終更新日:2014年6月9日
論文が公開されました 更新
登録データの修正・更新申し込み の「論文が公開されました」よりお知らせください。

最終更新日:2017年6月15日
論文が受理されました 更新

登録データの修正・更新申し込み の「論文が受理されました」より お知らせください。

最終更新日:2017年6月15日
公開予定日を延期したい 更新
登録データの修正・更新申し込み の「公開予定日を変更したい」より お知らせください。

最終更新日:2017年6月15日
コンタクトパーソン情報を変更したい 更新
登録データの修正・更新申し込みの「コンタクトパーソン情報,住所,所属情報を変更したい」より お知らせください。
変更がない項目は現在の情報のみお知らせください。

最終更新日:2017年6月15日
配列を更新したい 更新

依頼者のお名前、ご所属を明記の上、以下の項目について メールでお知らせください。
宛先: ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp

  • アクセッション番号:
  • 変更箇所:
  • 更新後の総塩基数:
  • 配列の更新に伴う Feature の塩基番号など、変更項目の詳細:
  • 更新後の全長配列: 以下のフォーマットでお願いします。
>AB******   <--- 当該データのアクセッション番号
aaaaaaaaaattttttttttggggggggggccccccccccaaaaaaaaaatttttttttt
ggggggggggccccccccccaaaaaaaaaattttttttttggggggggggcccccccccc
//
>AB******
aaaaaaaaaattttttttttggggggggggccccccccccaaaaaaaaaatttttttttt
ggggggggggccccccccccaaaaaaaaaattttttttttggggggggggcccccccccc
aaaaaaaaaat
//
  • ヘッダ行; リダイレクション ">" のあとにスペースなしでアクセッション番号。
  • 塩基配列; 半角60文字/行の fasta 類似フォーマットです。
  • 終了フラグ; "//" を入力してください。
最終更新日:2017年6月15日
更新対象の件数/変更箇所が非常に多いのですが、どのように連絡すればよいでしょうか 更新

修正・更新の対象となる件数が多い場合、配列の修正・更新に伴い feature/location/qualifier に多数の変更箇所がある場合などには、以下をご参照ください。

(1) 対象データに共通する情報を同一の内容に変更する場合
例: 文献情報、登録者情報を変更したい、公開予定日を延期したい、など

原則として 登録データの修正・更新申し込み からご依頼ください。

 

(2) 大量データのある一部の登録情報を全て異なる内容に変更する場合
例: クローン名、遺伝子名を全て変更したい、など
(3) 登録内容を大幅に変更する場合
例: 配列の更新に伴って 30 以上ある Feature の全てを変更したい、など

(2) (3) の場合は、件数、訂正項目等について事前に、ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp 宛にメールでお知らせください。
DDBJ で検討の上、お送りいただくファイル形式等について調整いたします。
なお、通常は数日以内に作業は完了いたしますが、対象データが非常に多数である場合には、通常よりもお時間をいただくことがあります。
修正・更新を伴う公開をご希望の場合は、特に余裕をもってお知らせください。

最終更新日:2017年6月16日
現在公開されている配列の更新前の内容を参照できますか getentry 更新 検索

getentry webAPI を使用して検索することが可能です。

検索方法は getentry ヘルプgethistory に関する説明をご参照ください。

最終更新日:2014年6月25日
論文投稿の過程で査読者に登録した非公開塩基配列を見せたいのですが 更新

DDBJ では パスワード認証等による限定的な公表の方法はご提供しておりません。
特定個人に非公開状態の塩基配列を閲覧させる必要がある場合、登録者自身が配列をテキストファイルとして送付することで特に問題はございません。
登録状態、フラットファイルの記載を確認する意図の場合は、状況によりますが、下記の2つの方法が選択可能です。

a) 公開
この機会に公開して差し支えない場合、公開いたします。
公開すべきデータの全アクセッション番号をお知らせください。
b) 査読者にフラットファイルを送付
ご依頼いただければ、DDBJ から登録者に対して、フラットファイルを送付いたしますので、査読者などに参考資料としてご転送ください。
フラットファイルの確認が必要なデータの全アクセッション番号をお知らせください。

依頼者 (登録者) のお名前、ご所属を明記の上、ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp 宛にメールでご連絡ください。

最終更新日:2017年6月16日
既に公開されている配列を更新する際に更新後の情報をしばらく非公開にできますか 更新

DDBJ では配列データの更新予約は行っておりません。
そのため、既に公開されている配列データを更新する場合、作業完了後にはデータは、即時更新後の内容で再公開されます。

以下の方法のどちらかを選択してください。

  • 現時点では更新せず、公開可能となった時点にあらためてデータを更新する
  • 更新後に相当する配列データを、公開予定日を設定したデータとして新規に登録し、この新規配列データを公開する際に、既に公開されている配列データをセカンダリアクセッション番号となるようにする。
    # この作業は新規配列データの登録時に行ないますので、その旨を登録時に ご連絡ください。
参考
最終更新日:2014年6月13日
公開されたデータを非公開に戻したい 更新

原則として、公開されたデータを非公開に戻すことはできません。
INSDC において一度公開されたエントリを DDBJ retrieval system: getentry を利用してアクセッション番号で検索した場合、永久に閲覧が可能な状態になります(INSDC 側の作業ミスにより誤って公開された場合は、その限りではありません)。

ただし、配列データに大きな誤りがあるなど、問題が生じた場合には、配列データの利用に一定の制限 (対象配列データの相同性検索サービスからの削除など) をかけることができます。

依頼者のお名前、ご所属を明記の上、以下の項目について ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp 宛にメールでお知らせください。

  • アクセッション番号:
  • 依頼理由:
  • 新公開予定日: 半年後、4月頃といった曖昧な指定ではなく具体的な日付。
    例: 2018/06/25

なお、公開を取消したデータの取り扱いにつきましては、以下をご参照ください。

参考
公開を取り消したデータが、現在も参照できるのはなぜですか
INSDC Status Document
最終更新日:2017年6月15日
DDBJ に登録したデータを抹消したい 更新 登録

原則として、下記を満たす場合に限り対応可能です。
1) 配列データが、かつて一度も公開されたことがない
2) そのアクセッション番号が公表されていない

依頼者のお名前、ご所属を明記の上、以下の項目についてお知らせください。
宛先: ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp

  • アクセッション番号:
  • 抹消理由: (簡単で結構です)

なお、すでに公開されているデータの利用を制限することは、条件次第で可能な場合があります。
以下もご参照ください。

参考
公開されたデータを非公開に戻したい
公開を取り消したデータが現在も参照できるのはなぜですか
INSDC Status Document
最終更新日:2017年6月15日
登録を受け付けているデータの種類を教えてください 登録 種別

登録を受け付けているデータの種類は 登録データ種別 にて、ご確認ください。

登録予定の塩基配列データをどのように登録すべきか不明な場合は

などを ご参照下さい。

不明点は、DDBJ へのお問い合わせの「塩基配列データの登録」よりお問い合わせください。

最終更新日:2014年6月16日
既報の配列に対するアノテーション情報のみを登録することは可能でしょうか 登録 種別

TPA (Third Party Data)登録基準を満たす場合は登録可能です。

最終更新日:2014年8月27日
DDBJ にアノテーションを付加した塩基配列データを登録する窓口はどこでしょうか MSS NSSS 書式 登録

以下の登録方法があります。

通常は DDBJ 塩基配列登録システムによる登録を推奨しています。
登録件数が非常に多い場合、多数の Feature を持つ場合、長大な配列の場合には MSS での登録が適しています。

最終更新日:2014年7月6日
アミノ酸配列の登録方法を教えてください 登録 種別

通常、塩基配列データに CDS feature を記載することにより、アミノ酸配列を登録することが可能です。
ただし、塩基配列データに基づかないアミノ酸配列は DDBJ では受け付けておりません。
その場合は、UniProt へご登録ください。
UniProt への登録は,EBI のサイトから提供されている SPIN を利用して行うことができます。
登録に関する問い合わせ先は,datasubs@ebi.ac.uk です。

最終更新日:2014年11月26日
protein_id を取得するには、どうすればよいでしょうか 登録

CDS feature によるアノテーションを記載した塩基配列データを登録することで、protein_id はデータ公開時に、DDBJ 側で自動的に割り当てられます。

最終更新日:2014年7月3日
EST アセンブルによって得られた配列データは登録可能でしょうか 登録 種別

EST アセンブルのみの登録は受け付けておりませんが、アセンブル前後のデータのセットであれば、TSA として登録を受け付けております。Transcriptome Project のデータ登録 をご参照ください。
アセンブル前の配列データ (primary entries) が、いわゆる次世代シークエンサに由来する場合は DDBJ sequence Read Archive (DRA) に、従来のシークエンサに由来する場合はMass Submission System (MSS) から EST として登録してください。
その上で、de novo でも、map ベースでもアセンブル後の配列データを TSA として、MSS にて登録を受け付けます。

最終更新日:2014年6月16日
配列の由来する生物種が特定できない場合、どのように記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

Organism qualifier に記載する生物名 の全般的な説明をご確認ください。
2. 種が同定されていない場合 (新種提唱も含む)
3. 環境サンプル (environmental sample)
の何れかであろうと思われます。適宜、ご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
海水や土壌などの環境から取得したデータは、どのように登録すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

海水や土壌などから生物個体の単離・培養の過程を経ず,PCR, DGGE, あるいは,その他の方法で直接 分子を単離・決定された塩基配列は、ENVとは? – 環境サンプル をご参照ください。
organism qualifier に記載する生物名に関しましては、環境サンプル (environmental sample) をご参照ください。

なお、よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。配列の由来が単離・培養されている個体であれば、環境サンプルとは扱いません。

最終更新日:2014年6月16日
人為的に構築した塩基配列を登録する場合、どのような生物名を記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

organism qualifier に記載する生物名に関しましては、人工的に構築した配列 をご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
feature を推測した根拠を記載するには、どのような方法がありますか MSS NSSS 書式 登録

各 feature に experiment または inference という qualifier を用いて記載することが可能です。

最終更新日:2014年6月16日
次世代シークエンサによって決定された配列は、どのように登録すればよいでしょうか 登録 種別

登録データ種別 をご参照ください。
次世代シークエンサによって決定された配列 (raw reads) については DDBJ sequence Read Archive への登録をお願いします。
また、適宜、Genome Project のデータ登録Transcriptome Project のデータ登録 もご参照ください。
必要に応じて、アセンブル後の配列データを Mass Submission System にて、ご登録ください。

最終更新日:2014年6月16日
RNA seq など配列による発現定量のデータは、どのように登録すればよいですか 登録 種別

配列による発現定量のデータにつきましては、raw reads を DDBJ Sequence Read Archive に ご登録ください。

最終更新日:2014年6月16日
Barcode of Life (BoL) に登録予定の配列は、どのように登録すればよいでしょうか 書式 登録

Barcode of Life project に関連する塩基配列データは DDBJ 塩基配列登録システム または Mass Submission System でご登録をお願いいたします。
波形データにつきましては、DDBJ Trace Archive へのご登録をお願いいたします。

最終更新日:2014年7月6日
別刷りを送る必要はありますか 更新 登録

通常は別刷りをお送りいただく必要はありません。
ただし、作業上、必要な場合には別刷りの送付をお願いすることがあります。

最終更新日:2014年6月18日
論文に DDBJ を利用したことについて引用したいと思います。文献を紹介してください。 利用 検索 解析

学術論文などで DDBJ について引用いただける場合、通常は、Nucleic Acids Res. Database issue における DDBJ に関する最新論文の引用をお願いいたします。

ただし、以下の点についてご注意ください。

個別の配列データを引用する場合
通常はアクセッション番号を引用することで十分です。
個別のデータに関して詳細な内容について言及する場合は各配列データの primary citation を引用することが適切です。
DDBJが提供する個別のサービスについて引用する場合
通常は各サービスに関するオリジナル論文を引用する方が適切です。
参考:
論文に DDBJ を利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。
論文に遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。
最終更新日:2017年6月28日
同じ遺伝子のゲノム配列と mRNA 配列は別な配列として登録するべきでしょうか 登録

ゲノム配列と mRNA 配列は決定した配列毎に独立に ご登録ください。
実験的に決定した配列を、その決定した連続性の単位で登録していただくことが基本です。
ゲノム配列側に mRNA feature, CDS feature などを記載することは可能ですが、一般的に feature 記載では mRNA 配列を決定したという意味にはなりません。
mRNA 配列を決定されているのでしたら、mRNA 配列のご登録をお願いします。DDBJ に登録可能なデータもご参照ください。

最終更新日:2014年6月19日
塩基配列データの登録は論文が公開されていない場合、作成中・投稿中・投稿予定なし などでも可能ですか MSS NSSS 登録

可能です、というよりも多くの雑誌の投稿規定において、投稿前に塩基配列登録を求められています。
論文の出版・公開に関する欄は下記のように選択してください。

  • 論文投稿の予定がない場合、あるいは、論文作成中・投稿中の場合には [Unpublished]
  • 論文が受理されて印刷中の場合には [In Press]

文献情報は DDBJ のデータ公開形式 (flat file)REFERENCE 2 以降に表示されます。

最終更新日:2014年6月19日
論文の投稿予定がありませんが、どのように REFERENCE を入力すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

DDBJ では、学術論文の投稿予定の有無に関わらず、塩基配列データ の登録を受け付けております。
投稿予定がない場合にも、REFERENCE には以下の項目が入力必須です。

  • status (論文の出版・公開等): [Unpublished]
  • year (年): 仮の西暦年号 (入力中の年号)
  • title: 仮のタイトルを英語で
  • ab_name (authors): 仮の著者 (登録者と同じで可) を略記

また、データ登録後に論文が公表された際は、論文情報を 登録データの修正・更新申し込みの「論文が公開されました」よりご連絡ください。

最終更新日:2017年6月16日
投稿する雑誌には、塩基配列を登録することを義務付けた投稿規程がありませんが、登録は必要でしょうか 登録

論文の投稿規程に塩基配列登録の指定がない場合でも、読者の利便性を高めるという視点から、DDBJ を含む国際塩基配列データベースへ登録していただきますよう お願いいたします。

参照
最終更新日:2014年6月19日
登録者は独りでも問題ありませんか MSS NSSS 書式 登録

塩基配列の修正・更新を行う権利を有するのは登録者のみです。
登録者が一人では、連絡が取れなくなる可能性がありますので、複数の方を登録者に指定いただくことを推奨しております。

参考: 塩基配列データの登録に必要な情報

最終更新日:2014年6月19日
GenBank へ登録しないといけませんか 登録

公開された塩基配列データは DDBJ, EMBL-Bank, GenBank で共有されますので、登録は何れかへ1度のみで 必要十分です。
既に DDBJ に登録した配列を GenBank に登録した場合、重複登録になりますので 登録しないでください。

雑誌によっては「GenBank へ塩基配列を登録するように」と案内されている場合もありますが、DDBJ が発行したアクセッション番号は GenBank を含む 国際塩基配列データベースに共通です。

最終更新日:2014年6月19日
特許出願に関連する塩基配列を DDBJ に登録できますか 登録

JPO への特許出願の際に提出された塩基配列は、出願している特許案件の内容公開、いわゆる出願公開の際に DDBJ へ転送・登録・公開される仕組が確立していますので、通常は、DDBJ へご登録いただく必要はありません。

もし、論文投稿の関係などで、特許出願と並行してアクセッション番号の取得が必要な場合は、特許取得に支障がないか、まずは特許庁へ直接ご確認をお願いいたします。その後でDDBJ へその旨を添えてご登録ください。

塩基配列データがDDBJ から公開された場合、「公知」の扱いになりますので注意が必要です。

参考
特許出願に含まれる配列データの提供
特許・知的所有権と優先権
DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介
最終更新日:2015年5月26日
DDBJ に登録すればデータに関する優先権は確保されますか 登録

DDBJ に登録しても優先権は生じません。特許などの権利も生じません。
DDBJ では特許に関する業務を行う資格はありません。特許申請に関しましては、特許庁 にお問い合わせください。

参考
最終更新日:2015年5月26日
DDBJ へ登録の際に遺伝子名・タンパク質名などを記載すれば、公式に命名したことになりますか 登録

DDBJ には遺伝子命名などに関する権限ありません。また、特定の遺伝子命名管理団体との公式な協調も行っておりません。特に問題がない限り、登録者の意向に基づいて記述しています。
DDBJ への登録データで何らかの名称を記載しても、それぞれの生物または生物群を研究するコミュニティに受け入れられる保証はありません。

参考

例えば、ヒトならば HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC), マウスならば MGI - Mouse Nomenclature などへご相談ください。

最終更新日:2015年5月26日
アミノ酸置換を伴う1塩基置換を記述する方法を教えてください NSSS 書式 登録

一般的に variation feature を指定し replacenote qualifier を用いて記述します。
DDBJ 塩基配列登録システムの場合、template で other を選択してください。
書式は登録の見本にて F01) polymorphism and variation を参照してください。

最終更新日:2014年7月6日
SNP のデータを DDBJ に登録すると dbSNP にも反映されますか 書式 登録

SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) を含む配列を DDBJ に登録することはできますが、dbSNP には反映されません。
dbSNP国際塩基配列データベースとは独立しており、NCBI が独自に運用しているデータペースです。
SNP データにつきましては dbSNP に登録されることをお薦めします。

DDBJ に登録する場合の書式に関しましては、登録の見本B13) polymorphism and variation をご参照ください。

参考
単一塩基変異 (SNV)、構造多型 (structural variation)、コピー数変異 (CNV) データなどは どこに登録すれば良いのでしょうか
DNA 多型のデータはどのように記載して登録すれば良いでしょうか
最終更新日:2016年2月26日
環状ゲノムにおいて、ある feature が最後の塩基から最初の塩基につながる場合、location の記載方法を教えてください MSS NSSS 書式 登録

例えば、全長が199035 bp で CDS feature の location が199001-100 までの場合、
join(199001..199035,1..100)
と記載してください。
その他、一般的な書式は Location の記述法をご確認ください。

最終更新日:2014年6月30日
全ゲノム配列を登録する際に、アノテーションは必要でしょうか MSS 書式 登録

アノテーションは feature として、CDS (タンパク質コード配列)rRNAtRNA などを記載していただくようお願いしております。
詳細は Mass Submission System への登録申し込みの際にお問い合わせください。

最終更新日:2017年6月15日
塩基配列とアミノ酸配列の対応関係が標準的な遺伝暗号表と異なる場合の CDS feature の記載方法を教えてください 書式 登録

まず、The Genetic Codes にて遺伝暗号表が適切に選択されているか、ご確認ください。
通常は /transl_table qualifier に上記で示される番号が適切に記載されていれば、塩基配列からアミノ酸配列へ問題なく翻訳されます。

例外的に、遺伝暗号表と異なった翻訳を受けるコドン (selenocysteine など) がある場合、/transl_except を、適宜、記載してください。

RNA editing,ribosomal frameshiftmitochondrial TAA stop codon の場合は、登録の見本をご参照の上、それぞれ、/exception と /translation, /ribosomal_slippage, /transl_except を適切に記載してください。

非常に特殊な翻訳開始機構により、アミノ酸翻訳開始点がメチオニン以外のアミノ酸として翻訳されるタンパク質の場合は CDS の location を入力する際、便宜的に 5'end not complete を示す "<" を location に記載してください。あわせて、/note に それがメチオニンと異なる開始アミノ酸であることの説明を英語で入力してください。

最終更新日:2014年6月30日
contact person は誰にすべきでしょうか 書式 登録

コンタクトパーソン (contact person) をご参照ください。
配列を決定した時点の所属と現在の所属が異なる場合、複数の機関に所属している場合などは、適宜、連絡が可能な代表を1つ記載してください。

最終更新日:2014年6月30日
first name のみの登録者、論文著者は どのように記載すれば よいでしょうか MSS NSSS 書式 登録
MSS の場合
first name のみ記載してください。
登録の際、関連する警告 warning が出力されますが、問題はありませんので無視してください。
塩基配列登録システムの場合
first name に加えてダミーの頭文字を記載してください。
最終確認画面の通信欄 (Submission Information) において、その旨、お知らせください。
最終更新日:2017年11月27日
配列の登録者に連絡を取りたいのですが format 検索

個人情報保護の観点から、登録者が公開を希望しない限り、2007年末より連絡先を秘匿しております。
対象エントリの DDBJ フラットファイル上で REFERENCE 行に記載されている文献が確認可能でしたら、登録者の連絡先、あるいは、疑問点に対する回答が論文内に記載されている可能性がありますので、ご確認ください。
また、お問い合わせページの DDBJ エントリ登録者へのご質問・ご要望の転送フォーム に必要な情報を入力していただければ、登録者へご連絡内容を転送いたします。

最終更新日:2014年6月30日
アクセッション番号の連絡がありませんが、データ送付後 番号発行まで何日かかりますか NSSS 登録

原則として、アクセッション番号は DDBJ がデータを受け取りましてから、休日 を除く、5業務日以内 に コンタクトパーソンのメールアドレス宛に Subject: [DDBJ] Assigned Accession No. で通知されます。
業務日に関しましては、DDBJ Calendar をご参照ください。
それを過ぎても アクセッション番号の通知、あるいは、登録内容に関する問い合わせなどがない場合は、コンタクトパーソンのメールアドレスを明記の上、DDBJへのお問い合わせ よりご連絡ください。

念のため、ご自身の迷惑メール対策機能をご確認ください。

DDBJ 塩基配列登録システムをご利用の場合は,まず "DDBJ: Web submission completed" という subject のメールが届いているかどうかを確認してください。 このメールはデータを受け付けた際にコンタクトパーソンのメールアドレス宛に自動送信されます。

メールが届いていない場合
登録が完了していない可能性があります。登録途中ということですので登録を完了させてください。
メールが届いている場合
データが受け付けられているにもかかわらず、DDBJ から何の連絡もない場合はコンタクトパーソンのメールアドレスと [EntryID] を明記の上 DDBJへのお問い合わせ よりご連絡ください。
最終更新日:2014年7月6日
送付した配列データが登録されないということはあるのですか 登録

DDBJ に登録可能なデータ をご参照ください。
不明な点はDDBJ へのお問い合わせ よりお願いいたします。

参考
登録する塩基配列の長さに制限はありますか
最終更新日:2016年2月26日
アクセッション番号を紛失してしまいました 更新 登録

EntryID などデータを特定できる ID がわかる場合、コンタクトパーソン (contact person)のメールアドレスと共に DDBJへのお問い合わせ の「塩基配列の更新・修正」よりご連絡ください。
不明な場合、以下の情報をわかる範囲で お知らせいただければ調査します。

  • 氏名
  • 登録時の所属
  • 現在の所属
  • 登録時のメールアドレス
  • 現在のメールアドレス
  • 登録した時期
  • 登録にご利用のツール
  • 塩基配列、多数の場合、代表数件
  • 生物学的特徴を示す情報

該当するデータが不明の場合、新規に登録いただくこともあります。

最終更新日:2014年7月1日
論文にアクセッション番号を記載するときのフォーマットはありますか 検索 登録

投稿を予定している雑誌などの規定に従っていただければ、通常は問題はありません。
国際塩基配列データベースでは、論文のタイトルページの footnote に以下のような記載をすすめています。
Note: Nucleotide sequence data reported are available in the DDBJ/EMBL/GenBank databases under the accession number(s)----'.

最終更新日:2014年7月1日
LOCUS 行の日付は何を表していますか 書式 検索

そのデータの最終公開日を表します。 DDBJのデータ公開形式 (flat file) の説明LOCUS をご覧ください。

最終更新日:2014年7月1日
REFERENCE1 の TITLE 行にある「Direct Submission」とは何ですか 検索 登録

これは、旧運用の journal scan の対義語で、登録者から直接登録を受け付けたデータであることを示しています。
REFERENCE 1 は登録者情報であり、文献情報ではありません。
文献相当の REFERENCE 2 以降では、タイトル欄に「Direct Submission」と入力しないようお願いいたします。

最終更新日:2014年7月1日
データ表記に用いられる Feature/Qualifier に関する資料はありますか 書式 検索 登録
データが登録された日付を知りたい 書式 検索 登録

受付日 (Accept Date) としてデータ公開形式 (flat file)REFERENCE 1 の JOURNAL 行に記載されます。
ただし、この形式が採用される前に登録された古いデータに関しては記載がない場合があります。

最終更新日:2014年7月1日
未公開のデータを公開する条件を教えてください 検索 登録
最終更新日:2014年7月1日
論文が公表されるまでデータを非公開にしたいのですが、その場合も公開予定日は必要ですか 更新 登録

公開予定日が必要な理由をご参照ください。登録後データを一定期間非公開にする場合は,必ず具体的な公開予定日を設定してください。
公開予定日に特に制限は設けておりませんが、1年から2年程度までを目安に余裕をもった日付をご指定ください。 指定しない場合は即時公開となりますのでご注意ください。
なお、一度指定した公開予定日を変更する、または公開予定日前に公開することも可能です。
登録データの修正・更新申し込み の「公開予定日を変更したい」より お知らせください。

参考
公開予定日を延期したい
データ公開原則
最終更新日:2017年6月16日
公開されているはずのデータが検索できません 更新 検索

以下の可能性があります。

1) 公開途中の場合
DDBJ で公開作業を行ったデータは、作業後、原則として 2日以内 (休業日を除く) に getentryanonymous FTP から取得可能になり、GenBankと EMBL に転送され、GenBank と EMBL からも閲覧・取得が可能になります。
ただし、DDBJ で公開されてから GenBank/EMBL にデータが反映されるまでには、時間差があります。
getentry で公開を確認した後、週末・祝日を除き、2週間以上経過しても、GenBank/EMBL でデータ公開を確認できない場合、DDBJ にお問合せください。
2) DDBJ の休業期間中に公開予定日が到来した場合
休業明けに、順次、データを公開いたします。
3) 当該アクセッション番号が論文等で公表された事を未確認のため、公開されていない場合
公表された論文等をお知らせください。
4)1998年1月1日以前に登録されたデータの場合
公開予定日到来後も非公開である可能性があります。

3) と 4) の場合は 問い合わせフォームから「塩基配列データの修正と更新について」 または 宛にメールでお知らせください。

参考
データ公開原則
論文に掲載されているアクセッション番号が検索できません
最終更新日:2017年6月16日
公開予定日を設定して登録したデータが公開される際、DDBJ から何か連絡はありますか 更新 登録

登録の際に公開予定日 (Hold Date) を設定した場合、データ公開原則 に従い公開されます。
公開作業が完了しますと、公開をお知らせするメールがコンタクトパーソンのメールアドレス宛に Subject: [DDBJ] Publicized your data で送信されます。
DDBJ からのメールを迷惑メールとしないように設定をお願いいたします。

なお、登録時に記載されたコンタクトパーソンの情報が無効な場合、公開のお知らせなど重要な連絡ができないことがあります。
登録データの修正・更新申し込みの「コンタクトパーソン情報,住所,所属情報を変更したい」より お知らせください。

最終更新日:2017年6月19日
公開を取り消したデータが現在も参照できるのはなぜですか 検索 登録

一度公開されたエントリに対して一定の利用制限をかけることは、条件つきで可能です。
その場合は、次回以降に作成する定期リリースに当該データを含めないこととし、DDBJ 配下の通常検索サービスから削除することになります。
しかしながら、getentry を利用してアクセッション番号で検索した場合には、永久に閲覧が可能な状態になります。
# ただし,国際塩基配列データベース側の作業ミスにより誤って公開された場合は,その限りではありません。
これは国際塩基配列データベースの諮問機関である国際諮問委員会が作成した 登録データの取扱いについて の中で,次のように明文化されています。


INSD に登録されたデータは,科学資料として永久に保存され公開される。登録者によるデータの訂正や更新は歓迎するし, 誤った部分は次のデータリリースで訂正されるべきであるが,全てのデータは永久に保存され,アクセッション番号で検索できるものとする。


また、不特定多数の機関が国際塩基配列データベースを随時コピーして独自のデータベースを構築しております。
これらのデータベースからの削除は DDBJ ではサポートできかねます。それぞれの管理者へ直接、ご依頼いただくことになります。

参考
INSDC Status Document
最終更新日:2017年6月16日
論文に掲載されているアクセッション番号が検索できません 書式 検索

DDBJ では、データ公開原則 に従い、公開予定日とともに登録された配列データの公開作業を行なっています。

論文に掲載されている ID が 国際塩基配列データベースのアクセッション番号 かどうか、 今一度ご確認ください。

アクセッション番号が論文に公表されている場合、必要な確認作業を行ないますので、DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」より、以下の情報をお知らせください。

  • 論文に掲載されているアクセッション番号
  • 論文タイトル
  • 論文著者名
  • 雑誌名
  • 巻・頁・年
  • DOI, PubMed ID, URL
最終更新日:2017年6月16日
最新データが最も早く参照できる検索サービスは何ですか getentry 検索

getentry です。
getentry はアクセッション番号等によりエントリを検索するシステムです。
通常、公開作業を行なった日の翌日にデータベース上に反映されます。

最終更新日:2014年6月25日
該当する feature がわかりません MSS NSSS 登録

念のため、feature の説明Feature Table Definition をご参照ください。
feature が不明な場合、misc_feature を選択し、/note qualifier に必要な情報を入力してください。

たとえば、DDBJ は塩基配列のデータベースですので、アミノ酸配列モチーフのような情報は独立した入力項目を準備していません。
しかしながら、misc_feature の /note qualifier へ情報を記載することは可能です。

最終更新日:2014年6月9日
DDBJ から公開されたデータは EMBL-Bank, GenBank ではどのように公開されますか 書式 検索

DDBJ は EMBL-Bank,GenBank と国際塩基配列データベースを共同構築しています。
DDBJ に登録されたデータは DDBJ から公開されますと、EMBL-Bank と GenBank に送られます。
配列データの遷移をご参照ください。
ただし、送られたデータは各データバンクの書式に変換して公開されます。

最終更新日:2014年7月3日
DDBJ/EMBL/GenBank で最新データが公開される時間的な差はどのくらいですか 検索

EMBL-Bank と GenBank から DDBJ に送られたデータは、通常、そのデータを受け取った当日に DDBJ で公開されます。
DDBJ から EMBL-Bank と GenBank に送ったデータは、通常、DDBJ で公開された日の、翌日か翌々日には EMBL-Bank と GenBank で公開されます。
ただし、各バンクとも大量件数のデータを受け取った場合やネットワークトラブル、システム保守等により公開が遅れることがあります。 また、公開のタイミングは各バンクで独立に管理しているため、時間差や公開日時を明確に示すことはできません。

最終更新日:2014年7月3日
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか MSS NSSS 書式 登録
最終更新日:2014年7月7日
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか 書式 検索 登録

アミノ酸翻訳の仕様は国際塩基配列データベースの規約で決まっています。
当該 CDS feature がアミノ酸翻訳される際の遺伝暗号表は /transl_table qualifier に The Genetic Codes の番号で示されます。
よく誤解される点を3つ挙げておきます。

  • オルガネラ; /organelle qualifier を指定しなければ、ミトコンドリアなどの genetic code が正しく反映されません。
  • 開始コドンと扱う場合は M Met メチオニンと扱います。G あるいは V にはなりません。
        参照; Start codon, N-Formylmethionine
  • コドン縮重により、2塩基でも翻訳アミノ酸が一意に決定可能な場合は出力します。

また、RNA editing に代表される特殊な例外の記載もあります。

最終更新日:2014年7月3日
塩基配列登録システム と Mass Submission System どちらを使う方が良いか迷っています MSS NSSS 登録

塩基配列登録システム (Nucleotide Sequence Submission System) は 画面の指示に従って逐次入力し、登録完了します。
Mass Submission System (MSS)では 登録者に全件の登録ファイルを作成していただきます。 また、塩基配列登録システムと異なりファイル作成の段階で DDBJ の記述ルールに照らして査定しますので、DDBJ の担当者と直接やり取りをしていただくことになります。 多件数でも 塩基配列登録システムの template を使用した登録の方が容易という方も、数件でも MSS をご利用される方もおられます。
双方の特徴をご理解いただき、登録システムをご選択ください。

最終更新日:2014年7月3日
Mass Submission System は何件から利用できるのですか MSS 登録

件数に制限はありません。
件数が多い場合は もちろん、1件でも多数の feature を持つ場合、長大な配列の場合に適しています。
登録をご希望の場合は,Mass Submission System をご参照ください。

最終更新日:2014年7月3日
vector 配列のコンタミを除くには どうすればよいでしょうか MSS NSSS 登録

塩基配列登録の前にをご参照ください。
ご登録の前に VecScreen にてご確認をお願いいたします。

最終更新日:2014年7月3日
[塩基配列登録システム] 登録作業を中断したり再開したりするには、どうすれば良いですか NSSS 登録

入力を中断・再開するには をご参照ください。

最終更新日:2014年7月4日
[塩基配列登録システム] 1つの塩基配列に複数の feature を記載する方法は? NSSS 登録

6. template において a) other を選択して [Input annotation] をクリックするか、b) [Upload annotation file] をクリックしてください。
a) の場合、7.Annotation (Template で other を選択した際のアノテーション入力について) をご参照ください。
b) の場合、7.Annotation: annotation file のアップロードによるsubmit をご参照ください。

最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] DEFINITION に相当する入力欄が見つかりません NSSS 登録

DEFINITION は記述ルールに従って DDBJ 側で作成しますので、入力欄はありません。

最終更新日:2014年7月6日
[塩基配列登録システム] 入力画面上に入力したい qualifier の欄がありません NSSS 登録

[Select Qualifier] をクリックし、必要な qualifier にチェックを入れて [Save] することで qualifier 入力欄が 7.Annotation の入力画面に追加されます。

関連で 6. template において "other" を選択した場合、source 以外の feature は登録者ご自身で選択して追加する必要があります。
[Add feature] をクリックし、リストから選択してください。

参考
7.Annotation (Templateでotherを選択した際のアノテーション入力について)
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] "First codon [***] is not a start codon." / "Final codon [***] is not a stop codon." というエラーが表示されました NSSS 登録

これらの error message は CDS (protein coding sequence) feature のアミノ酸翻訳の結果が、5'末端 または 3'末端において適切ではなかったことを示しています。
当該 CDS が全長ではなく部分配列の場合、その feature location には部分配列であることを示すフラグが必要です。
部分配列の場合、location の記述法に示されている記載ルールに従い、5' end not complete を示す "<"、3' end not complete を示す ">" のフラグを適切に加えて入力してください。

例: CDS が 1..295 である場合の部分配列記述
location 状況
<1..295 開始コドンで始まらない、かつ、終止コドンで終わる
1.. >295 開始コドンで始まり、かつ、終止コドンで終わらない
<1.. >295 開始コドンで始まらない、かつ、終止コドンで終わらないとき
参照
[塩基配列登録システム] “Stop codon ‘*’ is found in the range.” というエラーが表示されました
codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正
最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] "To use [translation] qualifier, [exception] qualifier is required in the [CDS] feature." というエラーが表示されました NSSS 登録

この error message は CDS feature において [Select Qualifier] で /translation を選択した場合に出力されます。
通常、/translation qualifier は CDS feature の情報を基に自動翻訳した結果を出力しますので、登録者側で記載する必要はありません。
/translation qualfier を削除することで、エラーは解消します。

参考までに /translation qualifier は、/exception qualifier を記載した際にのみ記載します。
典型的には RNA editing が原因でゲノム配列を元に自動翻訳したアミノ酸配列と 実際の mRNA 分子から翻訳されるアミノ酸配列 が異なる場合に記載します。

参考
登録の見本: B09) RNA editing
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか
[塩基配列登録システム] CDS feature の翻訳アミノ酸配列 (/translation qualifier) を確認する方法は?
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか
最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] "Invalid value [***] for [transl_table] qualifier." というエラーが表示されました NSSS 登録

このエラーは genetic code が正しく指定されていない場合に起こります。
7.Annotation – 生物名の入力について をご参照ください。
genetic code には数値を入力して指定してください。
CDS feature を入力する際の /transl_table qualifier に反映されます。

なお、既報の生物の場合、Scientific name (/organism qualifier) と /organelle qualifier が正しく記載されていれば、自動的に genetic code が補完されて設定されます。
配列が核以外の organelle に由来する場合、organelle を正しく指定してください。

参考
7.Annotation
7.Annotation – 生物名の入力について
The Genetic Codes
/transl_table qualifier について
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] 次の入力画面に進もうとしたところ、しばらく待ってもページが表示されません。 NSSS 登録

まず、作業途中のページの URL を保存してください。

次に、ブラウザのキャッシュを削除してから、再度、保存した URL にアクセスし直してください。
状況が改善されることがあります。

また、ご利用のブラウザが 推奨している Firefox、または、Chrome ではない可能性が高いと思われますので、ご確認ください。
該当する場合、ブラウザを Firefox、または、Chrome に変更して、保存した URL にアクセスし直してください。

それでも状況が改善されない場合、あるいは、上記に該当しない場合は、お問い合わせ の「DDBJ 塩基配列登録システム」から 以下の情報を お知らせください。

  • URL
  • 配列の数
  • OS: Windows, MacOSX, Linux の別とそのバージョン
  • ブラウザとそのバージョン
最終更新日:2017年6月15日
[塩基配列登録システム] "Value of [ codon_start ] is not 1, but [###..###] is 5' complete type." というエラーが表示されました NSSS 登録

Location、または、/codon_start の記述が正しくない可能性があります。
/codon_start の値が「2」 または「3」 の場合、CDS feature location は 5' 側が部分配列指定になっている必要があります。
Location の記述法 に従い、5' 側が not complete であることを示す、例えば <1..300 のような、書式に修正してください。
CDS feature が開始コドンで始まっている場合は、/codon_start を「1」 に修正してください。

参考: codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正

最終更新日:2014年7月6日
[塩基配列登録システム] 画面を戻って入力済の内容を修正可能でしょうか NSSS 登録

登録を完了させる前であれば、可能です。
画面上部のプログレスバー内の 1.Contact person 2.Hold date 3.Submitter 4.Reference 5.Sequence 6.Template 7.Annotation を それぞれ クリックすることで各画面に戻り、修正することができます。


注意
7.Annotation の画面でアノテーションを入力後、以下の操作を行うと入力したアノテーションが消去される仕様になっております。
  • 5.Sequence 画面に戻って配列を変更する
  • 6.Template 画面に戻ってテンプレートを変更する
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] アノテーションファイルを upload することができません NSSS 登録

以下の点を確認の上、修正を行ってください

  • 塩基配列の entry name と annotation file 中の entry name が一致していなければなりません
  • アノテーションファイルの書式は 5カラムで構成されたタブ区切りテキスト でなければなりません
  • 使用できない改行コードを使用している場合、改行コードを LF (unix 形式)、もしくは、CR-LF (windows 形式) に統一してください
  • featurequalifier に誤りがある場合、修正してください # 余計な space が含まれている場合も認識できません

問題が解決しない場合、問い合わせフォーム より、"Data Submission" を選択して お知らせください。.

最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] 複数の塩基配列を入力する方法は? NSSS 登録

5.Sequence において、複数の塩基配列を multi-FASTA format で入力してください。連続したアクセッション番号を発行いたします。
7.Annotation に遷移した際に、各塩基配列に対する annotation をまとめて入力できるようになります。

注意
※ 次の各情報については塩基配列ごとに異なる内容を記載することができなくなります。すべて同一であることが必要です。
  • コンタクトパーソン情報
  • 公開予定日
  • 登録者
  • 論文情報
6.Template において各塩基配列に異なるアノテーション入力用テンプレートを指定することはできません。選択できるテンプレートは1つのみです。
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] "Stop codon ‘*’ is found in the range." というエラーが表示されました NSSS 登録

一般的な対応方法については 途中に出現する終止コドンへの対応 をご確認ください。
タンパク質コード配列; CDS feature について も ぜひ ご覧ください。
以下では代表的な事例について説明しています。

1. CDS の読み枠 (フレーム) を示す /codon_start は正しく記載されているでしょうか。
  1, 2, 3 から適切な読み枠を選択してください。

参考:
codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正
[塩基配列登録システム] “First codon [***] is not a start codon.” / “Final codon [***] is not a stop codon.” というエラーが表示されました
[塩基配列登録システム] “Value of [ codon_start ] is not 1, but [###..###] is 5′ complete type.” というエラーが表示されました

2. genetic code が /transl_table に正しく記載されているでしょうか。
下記をご参照の上、genetic code を適切に設定してください。

参考:
The Genetic Codes
/transl_table qualifier について
[塩基配列登録システム] “Invalid value [***] for [transl_table] qualifier.” というエラーが表示されました

3. フレームシフトやナンセンス変異などで、stop codon が実際に生じているでしょうか。
3-1. pseudogene の場合
CDS 横の "Select Qualifier" から /pseudogene を追加してください。/pseudogene には 規定値 でタイプを指定する必要があります。
詳細は b) pseudogene と見做される場合 をご参照ください。

3-2. pseudogene とは断言できない場合、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程、その他理由が不明で stop codon が生じている場合
CDS feature ではなく、misc_feature を用いて記載してください。
詳細は a) nonsense mutation、frame shift などと推定されるが理由不明、または、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程の場合 をご参照ください。

その他ribosomal slippageRNA editing例外的なアミノ酸翻訳IS や Tn などの挿入などでも、このエラーメッセージが出力されることがあります。

最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] CDS feature の翻訳アミノ酸配列 (/translation qualifier) を確認する方法は? NSSS 登録

CDS features のアミノ酸配列を確認するには、以下の操作を行ってください。

1. Mass Submission System より UME_win.zip (Windows 用) または UME_mac.zip (MacOSX 用) をダウンロードしてください。
2. DDBJ 塩基配列登録システムの 8. Finishで、アノテーションファイルと塩基配列ファイルをダウンロードしてください。
3. UME を起動し、アノテーションファイルと塩基配列ファイルを UME に読み込ませ、transChecker Execute をクリックしてください。
参考
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] "MGA:No entry name is found other than [ COMMON ], without feature [ DATATYPE/type=MGA ]." というエラーが表示されました NSSS 登録

annotation table に /organism, /mol_type を未入力の状態で [Confirm] をクリックした場合に表示されます。
必要な annotation (feature, location, qualifier) を入力後、[Confirm] をクリックしてください。

7.Annotation で、source 横の [Select Qualifier] をクリックして必要な qualifier を選択したのち、Entry name の横にある [Edit] をクリックし、/organism 等の情報を入力してください。source 以外のアノテーションの入力についても必ず行っていただくようお願いいたします。
参考: 生物名の入力について

最終更新日:2017年11月27日
セカンダリアクセッション番号とは何ですか 更新 書式 検索 登録

DDBJ を含む国際塩基配列データベース が、登録された塩基配列データに対して発行する番号をアクセッション番号 (accession number) と呼んでいます。
DDBJ 公開形式 (flat file) においては ACCESSION 行に記載されています。

複数エントリの統合、大幅な内容変更など、既に登録された塩基配列の更新に相当する場合でも、新規に登録し直して アクセッション番号を発行することがあります。 この際に、新規のアクセッション番号 (プライマリアクセッション番号) に対して、既存のアクセッション番号をセカンダリアクセッション番号とすることがあります。

flat file には、先頭にプライマリアクセッション番号、2つ目以降にセカンダリアクセッション番号を記載します。


ACCESSION   AB999999 AB888888 AB777777
AB999999 -- primary accession number
AB888888 AB777777 -- secondary accession number

通常は、プライマリアクセッション番号とセカンダリアクセッション番号のどちらで検索しても、変更後のデータが返ります。

ただし、セカンダリアクセッション番号のエントリが既に公開済みの場合、データベース上から抹消される訳ではありませんので、getentry では、直接番号を指定することで検索と閲覧が可能です。

参考
最終更新日:2014年7月7日
[Set optional parameters 画面] BWAのuniq optionの質問です。Please choose uniq mode.の4択の違いは? Pipeline
1. Do not remove any read.
ユニーク化処理を行わない
2. Retain pairs when both reads mapped uniquely or one of reads mapped uniquely, and Discard other pairs.
ペアのうち一方でもユニークにマップされていれば、そのペアを残す(両方マルチヒットの場合は破棄)
3. Retain pairs when both reads mapped uniquely, and Discard other pairs.
ペアのリードのうち両方のリードがユニークにマップされている場合だけ、そのペアを残す(一方でもマルチヒットなら破棄)
4. Retain uniquely mapped reads and discard multiply mapped reads.
ペアに関係なく、ユニークにマップされたリードだけを残す

どれがベストかは場面によって異なると思いますが、3番目が一番厳しく、2番目が一番緩く、4番目はその中間という感じです。
最終更新日:2014年8月28日
[Set optional parameters 画面] BWAの時、Step3)でUniqを選択すると? Pipeline
SAMファイル中の個々のリードのマップ結果を表す行のうち、ゲノムに一カ所でマップした結果の行(XT:A:Uを含む)のみを出力します(BWAのみ対応)。以下をご参考ください。
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=5450
最終更新日:2015年2月4日
[Set optional parameters 画面] SAMtools pileup とSAMtools mpileup の違いがわからない Pipeline
pileupに対してmpileupはSNPコールが追加されています。以下をご参考ください。
http://samtools.sourceforge.net/mpileup.shtml
最終更新日:2015年2月4日
[Detail view 画面] out.sam がマッピング情報のSAMファイル生成なのか? Pipeline
生成結果です。
最終更新日:2015年2月4日
[Detail view 画面] samtools view -bS -o out.bam out.sam このコマンドでSAM--->BAM変換するのか? Pipeline
samtools view はレファレンス配列(ゲノム)へのマップ結果のうち、特定領域の結果のみ出力するコマンドです。しかし、基本的に許可していないので、レファレンス配列(ゲノム)全体での結果となります。
http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml#3
最終更新日:2015年2月4日
[Detail view 画面] samtools sort out.bam out2 このコマンドで、BAMのソーティングをして out2.srt.bamという出力形式になるのでしょうか? Pipeline
ダウンロードされるのは、out2.bam.zipで、このファイルを解凍するとout2.bamとなります。
最終更新日:2015年2月4日
[Detail view 画面] samtools view -hX out.bam>out.samXとmerged SAMがどのようなファイルなのかわかりません Pipeline
merged.samは、Detail view画面「Download merged pileup file」枠内のファイルの事であると思いますが、これは染色体ごとのsamの結果を1つに合わせたものとなっております。 out.samX は
samtools view -hX
Usage: samtools view [options]|[region1 [...]]
Options: -h     print header for the SAM output
            -X     output FLAG in string (samtools-C specific)

samとsamXで2カラムめの表記が変わります。以下をご参考ください。
http://sourceforge.net/apps/mediawiki/samtools/index.php?title=SAM_FAQ#The_integer_FLAG_field_is_not_friendly_to_eyes
merged SAMは染色体1本の場合out.sam(Downloadのファイルは圧縮されているが)中身は同じです。
最終更新日:2015年2月4日
[Detail view 画面] out2.bamはソートされたBAMファイルなのか? Pipeline
そうです。
最終更新日:2015年2月4日
DDBJing 講習会について教えて下さい 広報 講習会
DDBJ では、DDBJ が提供するサービスを有効に活用して頂くために「 DDBJing 講習会」を開催しています。

DDBJing 講習会の日程,場所などは決まり次第ホームページ等でお知らせします。
今後も全国各地で開催を予定していますので,DDBJ の利用に興味のある方はどうぞご参加下さい。
また,講習会についてのご質問やご自身の所属での講習会開催を希望される方は,DDBJ へのお問い合わせ の「講習会」よりご連絡下さい。   
最終更新日:2017年7月19日
DDBJ の情報配信サービスにはどのようなものがありますか 広報
DDBJ の情報配信サービスは以下の通りです。目的にあわせてご活用下さい。
最終更新日:2017年7月19日
DDBJ Mail Magazine(メールマガジン) の配信申込,変更,中止の方法 広報
DDBJ Mail Magazine のページから手続きができます。
最終更新日:2017年10月4日
「DDBJ 定期リリース後」とは具体的にいつですか ARSA getentry リリース 検索

「DDBJ 定期リリース後」とは,DDBJ リリースの締め日の翌日以降のことを指します。リリースの締め日は,DDBJ リリースノートの文中に記述されています。例えば,Release 67 の場合,以下のように2006年8月25日が締め日ですので,「DDBJ 定期リリース後」は,8月26日以降のことになります。

The present release contains the newest data prepared by the DNA Data Bank of Japan (DDBJ), GenBank (*), and European Molecular Biology Laboratory/European Bioinformatics Institute (EMBL/EBI) as of August 25, 2006. (Rel.67 のリリースノートより抜粋,以下省略)

最終更新日:2017年10月4日
期待している検索結果が得られません。検索方法が誤っているのでしょうか ARSA BLAST getentry 検索
DDBJ/EMBL/GenBank は各データバンクに登録された配列を相互に交換しており, 総合的には基本的に同じデータを持っています。 ただし,各データバンクが公開したデータを互いに交換し合う際の時間差,更に各バンク内でそのデータを 検索サービスへ反映させる際の時間差により,同じ日の近い時間であっても検索サービスのデータには 微妙な差が存在している可能性があります。 期待している検索結果が得られないのは,これら時間差に負うところが大きいと思いますが, さらに詳細な調査が必要な場合はDDBJ へのお問い合わせ の「その他」から以下の情報をお知らせ下さい。
  • 検索プログラム名や検索を行なった URL
  • 検索条件
  • 検索を行った日時
  • 検索されるはずのエントリのアクセッション番号
  • 検索結果の URL
  • その他
また,FAQ の以下の質問もご参照下さい。
最終更新日:2017年9月8日
DDBJ ではデータの検索・解析サービスを行なっていますか 検索 解析
データの検索・解析は,下記の2つの方法がありますので,どうぞご利用下さい。
最終更新日:2017年7月5日
Anonymous FTP でログインが拒否されます FTP
DDBJ は,接続先確認の為,DNS (ドメイン ネーム システム) よりドメイン名が確認できないマシンからの Anonymous FTP を拒否するように設定してあります。 ご利用の端末が DNS に登録されているかをご所属のネットワーク管理者にお問い合わせ頂き, 登録されていない場合には登録を依頼して下さい。 または,DNS に既に登録されているマシンから Anonymous FTP をご利用下さい。
最終更新日:2017年10月4日
DDBJ の検索・解析ソフトを用いた結果を論文に載せるときの記載形式はありますか 利用 検索
記載形式は雑誌により異なりますので,出版者にお問い合わせ下さい。 論文には各ツールの原著論文,DDBJ の遺伝子配列データ検索・解析ソフトを利用した旨を記載して下さい。

各ツールの原著論文,関連論文は,DDBJ HP の DDBJ 利用の手引き の References をご覧下さい。
最終更新日:2017年7月19日
DDBJ の検索・解析ソフトの原著論文,関連論文を紹介して下さい BLAST ClustalW 利用 検索
DDBJ HP の 利用の手引き の References をご覧下さい。
最終更新日:2017年7月19日
クローンを配布して欲しい 利用
DDBJ は塩基配列データベースですので,クローンの配布は行なっておりません。直接,登録者へお問い合わせ下さい。
最終更新日:2015年6月8日
DDBJ ホームページへのリンクを貼りたい,または ホームページのコンテンツを掲載したい 利用
最終更新日:2016年4月13日
[BLAST] 検索結果を後で見ることは可能ですか? BLAST 検索

ブラウザを閉じてしまっても、Result Viewer を用いて Request ID から結果を閲覧することができます。

詳細は、BLAST ヘルプの "Result Viewer" をご参照下さい。
なお、検索結果閲覧期間は実行後7日間です。

最終更新日:2017年10月4日
[BLAST] 検索結果の見方を教えてください BLAST 検索
検索結果は下記の順に出力されます。
  1. 相同性スコアの高い配列の順位表
  2. 相同な配列とのアラインメント
  3. パラメータと統計
BLAST の検索結果では,塩基配列の場合は,"|" は塩基配列が一致していることを意味します。 アミノ酸配列の場合は,一致しているアミノ酸が表示されます。 また,類似しているアミノ酸は "+" で表示されます。

詳細は BLAST の原著論文をご参照下さい。

BLAST 原著論文,関連論文および参考文献
最終更新日:2015年6月15日
[BLAST] 入力した配列の一部が「N」(X) に置き換わってしまいました BLAST 検索
入力した配列が,BLAST プログラムによりフィルタリングされたためです。 フィルタリングにより,入力した配列のうち構造の複雑度が低い領域は "N"(アミノ酸配列の場合は "X")に 置き換わります。 フィルタリングの詳細は,BLAST HELP の フィルター をご覧下さい。 フィルタリング機能を OFF にする場合は,設定画面の下の方にある「フィルター」オプションの ラジオボタンで OFF を選択して下さい。 なお,このオプションを OFF にすると検索時間が通常よりかかる場合がありますので,ご注意下さい。
最終更新日:2015年6月3日
[BLAST] 検索結果の表示数が少ない(No Hit Found になってしまう) BLAST 検索
「検索結果一覧の表示数」,「アラインメント表示数」で指定した数より少ない場合,表示数を増やすには,”より詳細な設定” 欄の「期待値」の値を大きくしてお試し下さい。 このような場合は,期待数の値を10000 などと極端に大きくして下さい。 なお,配列が短すぎる場合(配列長が10 前後),BLAST では見つけられないことがよくあります。
最終更新日:2015年6月1日
ClustalW での解析時に BOOTSTRAP を指定することはできますか ClustalW 解析
ClustalW では,全ての解析時に BOOTSTRAP の計算を実行致します。
出力ファイルの最後にある [Download Tree File] を選択して頂くと, .phb ファイルをダウンロードすることができます。

ただし,入力フォームで [FORMAT] と [CLUSTERING] の選択が以下の様な組み合わせのときには .phb ファイルは作成されません。
[FORMAT] [CLUSTERING]
PHYLIP NJ
NEXUS NJ
PHYLIP UPGMA
NEXUS UPGMA
最終更新日:2017年7月5日
ClustalW で3種類の記号 "*", ".", ":" の意味は何ですか ClustalW 解析
そのマークのついているサイトにアラインメントされているアミノ酸が,
"*"では,完全に一致している
":"では,強い類似性のあるグループに属している
"."では,弱い類似性のあるグループに属している
ということを示しています。 強い弱いの基準は,PAM250 MATRIX において,アミノ酸間のスコアが0.5より大きいか,0.5以下かで分けています。 README 抜粋中の
     STA
     NEQK
     :
は,横一行がその印がつくときのアミノ酸のグループを現しています(アミノ酸の一文字記号で書かれています)。

ClustalW のソースパッケージに含まれる README に,以下のような記述があります。
---------------------------------------------------------------------------
12. The conservation line output in the clustal format alignment file has been changed.
Three characters are now used:
'*' indicates positions which have a single, fully conserved residue
':' indicates that one of the following 'strong' groups is fully conserved:-
       STA       NEQK
       NHQK
       NDEQ
       QHRK
       MILV
       MILF
       HY
       FYW
'.' indicates that one of the following 'weaker' groups is fully conserved:-
       CSA
       ATV
       SAG
       STNK
       STPA
       SGND
       SNDEQK
       NDEQHK
       NEQHRK
       FVLIM
       HFY
These are all the positively scoring groups that occur in the Gonnet Pam250
matrix. The strong and weak groups are defined as strong score >0.5 and weak
score =<0.5 respectively.
---------------------------------------------------------------------------
最終更新日:2015年6月8日
DDBJ に登録されたデータ(アクセッション番号)へ直接リンクを張る方法はありますか。 getentry 利用
最終更新日:2015年6月8日
IlluminaやRoche454のsingle end , paired end データを組み合わせての、アセンブリは可能ですか? Pipeline
ハイブリッドアセンブリに対応したツールは、Velvet, ABySS 等ありますが、今のところPipelineでは2種類のリードを指定する機能がありませんので、ハイブリッドアセンブルを行うことはできません。
最終更新日:2015年4月28日
弊社が商用目的のために、Pipelineを使用させて頂くことは可能でしょうか?またその場合、配列情報の秘匿性は保証されますでしょうか? Pipeline
DDBJ Pipelineを研究開発目的でお使い頂くのは、問題ございません。ただし、受託解析等の一部としてルーチン的に組み込む商用利用は、避けてください。
セキュリティに関しては、他ユーザーからはデータは見えませんが、ファイル名はGUI設定でリネームしないと見えてしまう事にご注意ください。また結果は容量制限により、60日で消去されます。それ以降は、再度実行ください。
最終更新日:2014年8月28日
DDBJのスパコンにあるデータをPipelineに送るにはどうしたらいいですか、またPipeline解析後のデータをスパコンに送るにはどうしたらいいですか? Pipeline
スパコン→Pipelineへのアップロード については、
スパコン内からftpコマンドでDDBJ PipelineのFTPサーバに接続すれば、手元のコンピュータを介すること無く直接転送が可能です。

具体的な方法は下記の通りです
1 スパコンのgwにログイン後、qloginで適当な計算ノードに移動
2 FTPコマンドでサーバに接続  $ ftp pdata.nig.ac.jp
3 指示に従い、DDBJ Pipelineのユーザー名、パスワードを入力
4 接続後、query というディレクトリの中にファイルをアップロードしてください。
アップロード後、Pipelineからの登録方法などはGUIでの操作と同様に行ってください。

逆に、結果ファイルのスパコンへのコピーに関しては、今のところ行う方法はありません。
(置き場所を指定し、書き込み権限をつけていただければ、個別に結果ファイルをコピーすることは可能ですが)

たしかにご指摘通り、スパコンとPipeline間の直接のやり取りができると便利ですので、 今後の開発の検討課題にさせていただきます。
最終更新日:2014年8月28日
[Set optional parameters 画面] 空白欄に何を入れていいのかわかりません Pipeline
選択したツールのマニュアルを読んでいただき、該当オプションをセットして下さい(デフォルトでOKの場合は空欄のまま)。オプション以外の文字を入れると実行時にエラーとなります。
最終更新日:2014年8月28日
Preprocessing処理を行うにあたっては、ファイル名などの決まりがあるのでしょうか Pipeline
ファイルをアップロードする場合、paired-endでは、ファイル名を拡張子の直前で、_1, _2 として区別して下さい。

その後の改訂で、_1, _2となっていなくてもPreprocessingが動くように変更しているのですが、
やはりユーザーが指定したファイル名によってはうまく動作しない可能性がありますので、_1,_2を付ける事を推奨しています。

ファイル名についての制限はpreprocessingのみで、他のツールの実行には関係ありません。
最終更新日:2016年6月14日
Preprocessing処理は問題なく終了していますが、結果ファイルが0kbでした Pipeline
原因はpreprocessing実行時における、Quality Scoreの形式指定の誤りと思われます。クエリーファイルの中身を確認し、phred33 または phred64 を指定してください。
最終更新日:2014年8月28日
[Import public DRA タブ] DRAに登録したデータが、インポートできません。 Pipeline
"Import public DRA"タブでは、DRAで公開済みのデータを選択できますが、DRAに登録が済んでも非公開データは、現時点ではPipelineへ取り込む機能を備えておりません。お手数ですが、DRAとは別に、PipelineサーバへFTPアップロードをお願い致します。
最終更新日:2014年8月28日
[Import public DRA タブ] DRA Searchでは見れるアクセッション番号を入力しても、見つかりませんと言われます。 Pipeline
Pipelineでは、アクセッション番号の一覧をNCBIが公開しているリストから取得していますが、DDBJで公開しているリストとは一部相違があるようです。
該当するものが見つからない旨のメッセージが表示された際にはご連絡ください。こちらで対応致します。
(pipeline_dev@ddbj.nig.ac.jp)
最終更新日:2014年8月28日
[Job Status 画面] 表左上のDeleteボタンが機能しません。また、表示されるファイル名を変更したいです。 Pipeline
現在、Deleteキーの機能は無効化されております。これは、たとえ失敗したジョブであったとしてもジョブの実行記録を参照し開発に役立てるようにするためです。どうしても削除したい場合は、こちらで削除いたしますのでご連絡ください。(pipeline_dev@ddbj.nig.ac.jp)
また、指定したSubmission accessionは基本的に変更する事ができませんので、ファイル名を伏せたいジョブに関しては、こちらでジョブ自体を削除いたします。その後、ファイルアップロード後の登録手順で、Study title で、別の名前を指定してください。
最終更新日:2014年8月28日
FTPでアップロードしたファイルがwebに反映されません Pipeline
FTPサーバにアップロードされたファイルは、アップロード完了後に自動的に遺伝研スパコン内の所定のディレクトリに転送するように設定されています。ですので、アップロード後にファイルが消えたように見えるのは正常な動作です。
最終更新日:2014年8月28日
BLAST の検索結果の表示順にはどのようなルールがありますか? BLAST 検索
BLAST の検索結果は相同性のスコアが高い順に表示されます。スコアが同じ配列には優劣がつけられませんので,表示順に規則性はありません。
最終更新日:2015年6月1日
BLAST の解析結果で表示される E Value は,どのように計算されていますか? BLAST 検索
クエリ配列の長さを l 、データベースに保存されている配列の本数を n 、核酸あるいはアミノ酸同士の相似度を表すスコアを S としたとき、E value は次の式によって書き表さされます。(ただし、k 、m は正の定数です)

E=k*l*n*exp^(-mS)

この式から、BLASTの出力結果は、1E-Xと表示されている場合は、10-X という意味になります。
最終更新日:2017年4月13日
DDBJ のサービスが推奨するOSとブラウザについて ARSA BLAST NSSS 広報
DDBJ の各サービスは以下の環境で動作確認を行っています。
DDBJ HP
OS:Windows7 以降 , Mac OSX10.9 以降
ブラウザ:Firefox 最新版, Chrome 最新版
塩基配列登録システム
ブラウザ:Firefox , Chrome
D-way 登録システム
ブラウザ:Firefox 最新版, Chrome 最新版
BLAST / ARSA
OS:Windows7 以降 , Mac OSX10.6 以降
ブラウザ:IE10.X , IE9.X , Firefox , Chrome , Safari5.X 以降
尚、上記で推奨するOS・ブラウザ等の環境は、予告なく変更する場合があります。
最終更新日:2017年7月5日
DRAからのデータのインポートが完了しません Pipeline
何らかのトラブルにより処理が停止している可能性があります。 こちらで対応いたしますので、処理が進まない場合は pipeline_dev@ddbj.nig.ac.jp 宛てにご連絡ください。
最終更新日:2015年6月5日
登録する塩基配列の長さに制限はありますか MSS NSSS 登録
上限
実際に観測される連続した配列であるならば、塩基配列長の上限はありません。
ただし、染色体を操作的に連結した配列のような場合は受け付けません。染色体毎に個別の配列として受け付けます。
500 kbases より長い配列の場合は、塩基配列登録システム (NSSS) ではなく、Mass Submission System (MSS) から登録をお願いします。
下限
塩基配列長の下限に関してはシステム的な制限は設けていませんが、20 塩基より短い場合は警告しています。
生物学的に意味のある配列ならば、短くても受け付けますが、small RNA 転写産物の全長、特異的なタグ配列などの場合でも 15 塩基程度の長さは必要と考えます。
参考
送付した配列データが登録されないということはあるのですか
DDBJ に登録可能なデータ
最終更新日:2016年2月26日
単一塩基変異 (SNV)、構造多型 (structural variation)、コピー数変異 (CNV) データなどは どこに登録すれば良いのでしょうか 登録 種別

DDBJ では、SNV, CGH analysis, microarray, variation といったデータを扱う公的データベースが存在しませんが、NCBI または EBI にて登録が可能です。
適宜、下記へご登録ください。詳細は各データベースにお尋ねください。

NCBI: Gene Expression Omnibus (GEO), dbSNP, dbVar, ClinVar
EBI: ArrayExpress, European Variation Archive (EVA), Database of Genomic Variants archive (DGVa)

なお、ヒトに由来するデータの場合、下記の何れかのアクセス制限データベースへの登録が必要になることがあります。 The database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP)
European Genome-phenome Archive (EGA)
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)

参考
SNP のデータを DDBJ に登録すると dbSNP にも反映されますか
DNA 多型のデータはどのように記載して登録すれば良いでしょうか
最終更新日:2016年2月26日
WGS、TSA、TLSデータのFASTA形式のファイルを取得するにはどうしたらいいですか? getentry 検索

WGS、TSA、TLSデータのFASTA形式のファイルを取得するには、getentry で以下を指定し、検索を行ってください。

 ID:検索対象の Accession 番号を指定します。
 出力形式"全塩基配列 FASTA" を選択します。
 取得方法:以下から選択します。

  • html
  • テキスト
  • 圧縮ファイル(gz)
 上限:データの取得上限を設定します。
            0を指定すると上限なしの設定となります。

各項目の詳細は、getentry ヘルプ をご覧ください。

動画もあわせてご覧ください。

最終更新日:2017年9月8日
de novo assembly(trinity)でresultのfasta fileが表示されないjobがあります。 Pipeline
メモリ不足で途中で止まってしまっていたようです。
オプションを指定する画面で、メモリの使用量を High にして試してみていただけますでしょうか。
最終更新日:2016年6月16日
Instrument modelの選択肢にIon Torrentがないのですが、どうすれば良いですか。 Pipeline
Instrument modelについてはひとまず454をご指定ください。
DDBJ Pipelineでは異なるInstrument modelのデータを組み合わせて実行できないようになっており、その判定のためだけにInstrument modelの情報を用いています。
したがいまして、Instrument modelの違いによって解析結果に違いはありません。
最終更新日:2016年6月14日
600ほどのFastqファイルをアップロードしたのですが、まとめてrunする方法はありますか Pipeline
複数のファイルをまとめて実行する場合には、"クエリセット”を指定する画面「Selecting Query Files 」において、複数のファイルを選択して1つのクエリセットとすることで可能です。
この場合はファイルは結合されて1つのジョブとして実行されます。
逆に、複数のファイルを独立したジョブとして別々に実行することも可能です。

ただし、残念ながらアップロードされたファイルをDDBJ Pipelineに登録する操作については、 一括して行うことはできず、一つ一つ行う方法しかありません。
同じサンプルから同じ条件で取得したデータファイルであれば、 あらかじめファイルを結合してからアップロードすることをおすすめします。
最終更新日:2016年6月14日
20GBのデータをHTTPでのアップロード終了後、SYSTEMERRORというメッセージが出てアップロードが完了しません Pipeline
HTTPによるアップロードではサイズの大きいファイルの転送に失敗する場合があり、
その場合にはFTPでのアップロードを推奨しております。
(はっきりとした値は不明ですが、webサーバーの設定で上限サイズが決まっているようです。
1GB程度まででしたらHTTPでの転送も可能だと思います。)
FTPでの転送の詳細な手順につきましては、下記のヘルプをご参照ください。
DDBJ Pipeline FTPによるファイル転送方法
FTPでのファイル転送を行う場合、
1 FTPソフトを利用して所定のサーバーに接続し、ファイルをアップロード
2 DDBJ Pipelineのweb画面上でアップロードされたファイルの登録を行う
の2段階の操作が必要なため、やや煩雑な手順となっています。
最終更新日:2016年6月14日
ペアエンドのファイル30個をde novo assemblyする手順を教えてください Pipeline
DDBJ Pipelineのde novo assemblyでは、複数のクエリファイルを一度に実行することが可能です。以下の手順をご参考にしていただければと思います。

1. 「Selecting Query Files」の画面で、アップロードした複数のファイルを選択。
2. 「Selecting Tools for Basic Analysis of DDBJ ANNOTATION PIPELINE」の画面で de novo assembly のツールを選択。
3. 「Generating Query Sets from Query Read Files 」の画面で使用したい複数のファイルを選択。右下の「Set as Pair-End」ボタンをクリック。これにより、複数のファイルが1つのクエリセットに結合されます。
4. オプション設定、実行へ

得られた結果を見るために必要なソフトですが、結果ファイルの容量は非常に大きいと推測されます。そのため、通常のテキストエディタで開くことは困難になりますので、ターミナルでのコマンド操作(moreやlineなど)が必要になってくると思われます。
最終更新日:2016年6月14日
取り扱う情報の、目的外利用は無いことを確認したいです Pipeline
データや解析結果の目的外利用はございません。

ただし、FAQ(メールでの質問)・ツール利用頻度・スパコンジョブ状況など運用面改善のための情報は利用させて頂いております。
運用改善用データでは、ユーザ個人情報は匿名化しております。
最終更新日:2016年6月14日
個人情報漏れは大丈夫ですか Pipeline
<個人情報(名前、所属)は全公開>
遺伝研スパコン上のサービス(DDBJ Pipeline含む)は全て、登録ユーザ情報をウェブサイト上で公開させて頂いております。
こちら登録ユーザ情報を御参照ください。
<個人情報(ジョブ内容)は非公開>
どのユーザがどのジョブを投げたか等の個人情報は非公開です。ジョブ内容の情報漏れは、現在までございませんでした。
最終更新日:2016年6月14日
結果ファイルはサイズが大きい為、マウス操作ではなくコマンド操作でダウンロード可能になりませんか Pipeline
現時点では、コマンドによるダウンロードはご利用になれません。
ただ、これまでにもご要望をいただいておりますので、今後の検討課題とさせていただきます。
最終更新日:2016年6月16日
結果ファイルをダウンロードしましたがunzipコマンドで解凍ができません Pipeline
まずはmd5値の比較でファイルダウンロードが正常に終了しているかをご確認いただけますでしょうか。

具体的には、結果詳細画面のファイルダウンロードボタンの隣に、”MD5”とかかれたボタンがあります。
このボタンを押して表示される文字列と、PC付属の端末(macのターミナル、winのコマンドプロンプトなど)で
md5コマンドを実行して得られる文字列が一致していることを確かめます。
md5 結果ファイル名(uniqout.sam.zipなど)

もし一致していなければ、ファイルのダウンロードに失敗している可能性があります。

また、ブラウザによってうまくいかない場合があるようですので、別のブラウザで試してみるか、unzipコマンド以外の別の解凍ソフトを使用してみてください。
最終更新日:2016年6月23日
RNA-seqワークフローを使いたいのですが、どうしたらいいですか? Pipeline
RNA-seq定量化は、DDBJ Pipelineでは現在サポートを終了しております。 (DNApod_Pitagora-Galaxyは、SNP注釈用です)
Pipeline後続RNA-seq定量化の選択肢は、下記があります。
pitagora-galaxy.orgを使用。
②手元PCでR bioconductor等プログラミング
 (#ユーザの方でedgeRをpipeline後に使われてるケースがあります)
Pitagora-galaxy.orgではクラウド型テストサイトを、登録済ユーザで10GB制限で使える様です(HPより)。
データ読込は、Pipeline結果bamファイルをダウンロードしてPitagora-galaxyにアップロードして下さい。
最終更新日:2017年4月27日
de novo assemblyの処理が進んでいないように見えるのですがなぜですか? Pipeline
スパコンで実行されているジョブは一定期間が経過すると強制終了となってしまうため、
このまま放置しても結果が得られない可能性が高いです。

処理が進まない原因は、
データ量、質、内容にもよりますので一概には特定できません。
データ量を減らして投入あるいは、リードの前処理等を行うなどを試みることをお奨めいたします。
最終更新日:2017年5月23日
Submission可能な塩基配列の形式 (FASTA、multi-FASTA) について MSS NSSS 登録

DDBJ塩基配列登録システム (NSSS)では、FASTA 形式(登録数が1配列の場合)または multi-FASTA 形式(登録数が複数配列の場合)の塩基配列を入力してください。
関連ページ: NSSS入力可能な塩基配列について

MSS から submission を行う場合には、終端子として配列情報終了フラグ(//)の挿入が必要です。MSS 配列ファイル作成概説を参照してください。

参考
ウィキペディア "FASTAフォーマット"

最終更新日:2017年11月27日
論文に遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。 書式 検索 解析

遺伝研スーパーコンピュータシステムの活動は皆様の謝辞で評価されています。
遺伝研スーパーコンピュータシステムの資源を利用して得られた成果を発表される際には、以下の例文の内容を謝辞などにてご記載ください。
文章のつながりから改変することはかまいません。


日本語:本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所が有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。
英 語:Computations were partially performed on the NIG supercomputer at ROIS National Institute of Genetics.


最終更新日:2017年6月26日
論文に DDBJ を利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。 書式 検索 解析

DDBJ のデータベースや検索・解析ツールを利用して得られた成果を発表される際、よろしければ、論文の引用 をお願いいたします。
論文の引用には相当しないとお考えの場合、以下の例文の内容を謝辞などにてご記載いただければ幸いです。
文章のつながりから改変することはかまいません。


日本語:本研究は、DDBJ(DNA Data Bank of Japan)の [データベース、検索・解析ツール名]を利用しました。
英 語:This research was performed using "name of DDBJ Service, analytical tools".


最終更新日:2017年6月27日
MSS 利用申し込みフォームが表示されません MSS 登録
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・件数*
・Sequencing Technology * (下記から選択してください、複数選択可) Sanger (gel/capillary) / Roche 454 / Illumina Solexa AB SOLiD / その他
・データ種別*(下記から選択してください、複数選択可)  EST / full length cDNA (HTC) / TSA*1 / GSS complete genome*2 / draft genome*2 (WGS or HTG) / その他
・生物学的概要*(日本語可) (例: Bacillus 属 16S rRNA gene の配列, 1000 bp~1500 bp)
・補足情報(日本語可)
データ種別とは?
*1, *2 を登録する場合は、MSS での登録に先立ち、以下の順序で手続きを行ってください。
BioProject Database で、 BioProject ID を取得してください。
配列の由来(リソース)情報を BioSample Database に登録し、BioSample ID を取得して下さい。
*2 に該当する場合は、以下の手続きも併せて行ってください。
feature annotation を伴うゲノム配列の場合は、locus tag prefix を取得しておく必要があります。 locus_tag prefix は BioProject Database に登録する際に取得します。
ただし、ゲノム全長相当であっても、virus、phage、organelle、あるいは、plasmid のみのような比較的小規模な配列の場合、BioProject ID および locus_tag prefix を取得する必要はありません。
最終更新日:2017年8月21日
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最終更新日:2017年8月25日
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塩基配列登録データの修正・更新
Mass Submission System (MSS)
BioProject/BioSample/Sequence Read Archive (DRA)
登録アカウント D-way
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)
検索・解析サービス
DDBJ Read Anotation Pipeline
講習会
NIG スーパーコンピュータ
その他
最終更新日:2017年8月28日
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DDBJ Nucleotide Sequence Submission System (NSSS)
Data updates / Corrections
Mass Submission System (MSS)
BioProject/BioSample/Sequence Read Archive (DRA)
Submission account D-way
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)
Search / Analysis
DDBJ Read Anotation Pipeline
Training course
NIG SuperComputer system
Other他
最終更新日:2017年8月28日
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