最終更新日:2017.6.16.

FAQ

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FAQs 22 : Tag = 更新
データに誤りを見つけました。登録者ではありませんが,訂正できますか 更新

文献情報以外の内容の更新や訂正は、原則として、登録者としてデータに登録されている方の了承、または依頼を受けて行ないます。
DDBJ からそのデータの登録者に,ご指摘の内容を転送することは可能です。
「DDBJエントリ登録者へのご質問・ご要望の転送フォーム」 より必要な情報をお知らせください。

最終更新日:2014年6月9日
登録したデータの内容を公開予定日より前に確認できますか 更新

当該データの 登録者 としてご登録いただいている方からの依頼ならば可能です。
アクセッション番号を明記の上 DDBJへのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」よりご依頼ください。

最終更新日:2014年6月16日
DDBJ 塩基配列登録システムを使って登録済みデータを修正できますか NSSS 更新

DDBJ 塩基配列登録システム はデータ登録専用のツールですので、登録済みデータの修正には対応していません。
修正・更新に関しましては 登録データの修正・更新 をご参照ください。

最終更新日:2014年7月6日
登録済で未公開の配列とアクセッション番号との対応がわからなくなりました 更新

DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」より,以下の情報をご連絡下さい。

  • コンタクトパーソンのメールアドレス
  • アクセッション番号またはEntryID

既にご登録をいただきました塩基配列に関する情報を返信でお知らせします。

最終更新日:2014年6月9日
論文が公開されました 更新
登録データの修正・更新申し込み の「論文が公開されました」よりお知らせください。

最終更新日:2017年6月15日
論文が受理されました 更新

登録データの修正・更新申し込み の「論文が受理されました」より お知らせください。

最終更新日:2017年6月15日
公開予定日を延期したい 更新
登録データの修正・更新申し込み の「公開予定日を変更したい」より お知らせください。

最終更新日:2017年6月15日
コンタクトパーソン情報を変更したい 更新
登録データの修正・更新申し込みの「コンタクトパーソン情報,住所,所属情報を変更したい」より お知らせください。
変更がない項目は現在の情報のみお知らせください。

最終更新日:2017年6月15日
配列を更新したい 更新

依頼者のお名前、ご所属を明記の上、以下の項目について メールでお知らせください。
宛先: ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp

  • アクセッション番号:
  • 変更箇所:
  • 更新後の総塩基数:
  • 配列の更新に伴う Feature の塩基番号など、変更項目の詳細:
  • 更新後の全長配列: 以下のフォーマットでお願いします。
>AB******   <--- 当該データのアクセッション番号
aaaaaaaaaattttttttttggggggggggccccccccccaaaaaaaaaatttttttttt
ggggggggggccccccccccaaaaaaaaaattttttttttggggggggggcccccccccc
//
>AB******
aaaaaaaaaattttttttttggggggggggccccccccccaaaaaaaaaatttttttttt
ggggggggggccccccccccaaaaaaaaaattttttttttggggggggggcccccccccc
aaaaaaaaaat
//
  • ヘッダ行; リダイレクション ">" のあとにスペースなしでアクセッション番号。
  • 塩基配列; 半角60文字/行の fasta 類似フォーマットです。
  • 終了フラグ; "//" を入力してください。
最終更新日:2017年6月15日
更新対象の件数/変更箇所が非常に多いのですが、どのように連絡すればよいでしょうか 更新

修正・更新の対象となる件数が多い場合、配列の修正・更新に伴い feature/location/qualifier に多数の変更箇所がある場合などには、以下をご参照ください。

(1) 対象データに共通する情報を同一の内容に変更する場合
例: 文献情報、登録者情報を変更したい、公開予定日を延期したい、など

原則として 登録データの修正・更新申し込み からご依頼ください。

 

(2) 大量データのある一部の登録情報を全て異なる内容に変更する場合
例: クローン名、遺伝子名を全て変更したい、など
(3) 登録内容を大幅に変更する場合
例: 配列の更新に伴って 30 以上ある Feature の全てを変更したい、など

(2) (3) の場合は、件数、訂正項目等について事前に、ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp 宛にメールでお知らせください。
DDBJ で検討の上、お送りいただくファイル形式等について調整いたします。
なお、通常は数日以内に作業は完了いたしますが、対象データが非常に多数である場合には、通常よりもお時間をいただくことがあります。
修正・更新を伴う公開をご希望の場合は、特に余裕をもってお知らせください。

最終更新日:2017年6月16日
現在公開されている配列の更新前の内容を参照できますか getentry 更新 検索

getentry webAPI を使用して検索することが可能です。

検索方法は getentry ヘルプgethistory に関する説明をご参照ください。

最終更新日:2014年6月25日
論文投稿の過程で査読者に登録した非公開塩基配列を見せたいのですが 更新

DDBJ では パスワード認証等による限定的な公表の方法はご提供しておりません。
特定個人に非公開状態の塩基配列を閲覧させる必要がある場合、登録者自身が配列をテキストファイルとして送付することで特に問題はございません。
登録状態、フラットファイルの記載を確認する意図の場合は、状況によりますが、下記の2つの方法が選択可能です。

a) 公開
この機会に公開して差し支えない場合、公開いたします。
公開すべきデータの全アクセッション番号をお知らせください。
b) 査読者にフラットファイルを送付
ご依頼いただければ、DDBJ から登録者に対して、フラットファイルを送付いたしますので、査読者などに参考資料としてご転送ください。
フラットファイルの確認が必要なデータの全アクセッション番号をお知らせください。

依頼者 (登録者) のお名前、ご所属を明記の上、ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp 宛にメールでご連絡ください。

最終更新日:2017年6月16日
既に公開されている配列を更新する際に更新後の情報をしばらく非公開にできますか 更新

DDBJ では配列データの更新予約は行っておりません。
そのため、既に公開されている配列データを更新する場合、作業完了後にはデータは、即時更新後の内容で再公開されます。

以下の方法のどちらかを選択してください。

  • 現時点では更新せず、公開可能となった時点にあらためてデータを更新する
  • 更新後に相当する配列データを、公開予定日を設定したデータとして新規に登録し、この新規配列データを公開する際に、既に公開されている配列データをセカンダリアクセッション番号となるようにする。
    # この作業は新規配列データの登録時に行ないますので、その旨を登録時に ご連絡ください。
参考
最終更新日:2014年6月13日
公開されたデータを非公開に戻したい 更新

原則として、公開されたデータを非公開に戻すことはできません。
INSDC において一度公開されたエントリを DDBJ retrieval system: getentry を利用してアクセッション番号で検索した場合、永久に閲覧が可能な状態になります(INSDC 側の作業ミスにより誤って公開された場合は、その限りではありません)。

ただし、配列データに大きな誤りがあるなど、問題が生じた場合には、配列データの利用に一定の制限 (対象配列データの相同性検索サービスからの削除など) をかけることができます。

依頼者のお名前、ご所属を明記の上、以下の項目について ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp 宛にメールでお知らせください。

  • アクセッション番号:
  • 依頼理由:
  • 新公開予定日: 半年後、4月頃といった曖昧な指定ではなく具体的な日付。
    例: 2018/06/25

なお、公開を取消したデータの取り扱いにつきましては、以下をご参照ください。

参考
公開を取り消したデータが、現在も参照できるのはなぜですか
INSDC Status Document
最終更新日:2017年6月15日
DDBJ に登録したデータを抹消したい 更新 登録

原則として、下記を満たす場合に限り対応可能です。
1) 配列データが、かつて一度も公開されたことがない
2) そのアクセッション番号が公表されていない

依頼者のお名前、ご所属を明記の上、以下の項目についてお知らせください。
宛先: ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp

  • アクセッション番号:
  • 抹消理由: (簡単で結構です)

なお、すでに公開されているデータの利用を制限することは、条件次第で可能な場合があります。
以下もご参照ください。

参考
公開されたデータを非公開に戻したい
公開を取り消したデータが現在も参照できるのはなぜですか
INSDC Status Document
最終更新日:2017年6月15日
別刷りを送る必要はありますか 更新 登録

通常は別刷りをお送りいただく必要はありません。
ただし、作業上、必要な場合には別刷りの送付をお願いすることがあります。

最終更新日:2014年6月18日
アクセッション番号を紛失してしまいました 更新 登録

EntryID などデータを特定できる ID がわかる場合、コンタクトパーソン (contact person)のメールアドレスと共に DDBJへのお問い合わせ の「塩基配列の更新・修正」よりご連絡ください。
不明な場合、以下の情報をわかる範囲で お知らせいただければ調査します。

  • 氏名
  • 登録時の所属
  • 現在の所属
  • 登録時のメールアドレス
  • 現在のメールアドレス
  • 登録した時期
  • 登録にご利用のツール
  • 塩基配列、多数の場合、代表数件
  • 生物学的特徴を示す情報

該当するデータが不明の場合、新規に登録いただくこともあります。

最終更新日:2014年7月1日
論文が公表されるまでデータを非公開にしたいのですが、その場合も公開予定日は必要ですか 更新 登録

公開予定日が必要な理由をご参照ください。登録後データを一定期間非公開にする場合は,必ず具体的な公開予定日を設定してください。
公開予定日に特に制限は設けておりませんが、1年から2年程度までを目安に余裕をもった日付をご指定ください。 指定しない場合は即時公開となりますのでご注意ください。
なお、一度指定した公開予定日を変更する、または公開予定日前に公開することも可能です。
登録データの修正・更新申し込み の「公開予定日を変更したい」より お知らせください。

参考
公開予定日を延期したい
データ公開原則
最終更新日:2017年6月16日
公開されているはずのデータが検索できません 更新 検索

以下の可能性があります。

1) 公開途中の場合
DDBJ で公開作業を行ったデータは、作業後、原則として 2日以内 (休業日を除く) に getentryanonymous FTP から取得可能になり、GenBankと EMBL に転送され、GenBank と EMBL からも閲覧・取得が可能になります。
ただし、DDBJ で公開されてから GenBank/EMBL にデータが反映されるまでには、時間差があります。
getentry で公開を確認した後、週末・祝日を除き、2週間以上経過しても、GenBank/EMBL でデータ公開を確認できない場合、DDBJ にお問合せください。
2) DDBJ の休業期間中に公開予定日が到来した場合
休業明けに、順次、データを公開いたします。
3) 当該アクセッション番号が論文等で公表された事を未確認のため、公開されていない場合
公表された論文等をお知らせください。
4)1998年1月1日以前に登録されたデータの場合
公開予定日到来後も非公開である可能性があります。

3) と 4) の場合は 問い合わせフォームから「塩基配列データの修正と更新について」 または 宛にメールでお知らせください。

参考
データ公開原則
論文に掲載されているアクセッション番号が検索できません
最終更新日:2017年6月16日
公開予定日を設定して登録したデータが公開される際、DDBJ から何か連絡はありますか 更新 登録

登録の際に公開予定日 (Hold Date) を設定した場合、データ公開原則 に従い公開されます。
公開作業が完了しますと、公開をお知らせするメールがコンタクトパーソンのメールアドレス宛に Subject: [DDBJ] Publicized your data で送信されます。
DDBJ からのメールを迷惑メールとしないように設定をお願いいたします。

なお、登録時に記載されたコンタクトパーソンの情報が無効な場合、公開のお知らせなど重要な連絡ができないことがあります。
登録データの修正・更新申し込みの「コンタクトパーソン情報,住所,所属情報を変更したい」より お知らせください。

最終更新日:2017年6月19日
セカンダリアクセッション番号とは何ですか 更新 書式 検索 登録

DDBJ を含む国際塩基配列データベース が、登録された塩基配列データに対して発行する番号をアクセッション番号 (accession number) と呼んでいます。
DDBJ 公開形式 (flat file) においては ACCESSION 行に記載されています。

複数エントリの統合、大幅な内容変更など、既に登録された塩基配列の更新に相当する場合でも、新規に登録し直して アクセッション番号を発行することがあります。 この際に、新規のアクセッション番号 (プライマリアクセッション番号) に対して、既存のアクセッション番号をセカンダリアクセッション番号とすることがあります。

flat file には、先頭にプライマリアクセッション番号、2つ目以降にセカンダリアクセッション番号を記載します。


ACCESSION   AB999999 AB888888 AB777777
AB999999 -- primary accession number
AB888888 AB777777 -- secondary accession number

通常は、プライマリアクセッション番号とセカンダリアクセッション番号のどちらで検索しても、変更後のデータが返ります。

ただし、セカンダリアクセッション番号のエントリが既に公開済みの場合、データベース上から抹消される訳ではありませんので、getentry では、直接番号を指定することで検索と閲覧が可能です。

参考
最終更新日:2014年7月7日
登録データの修正・更新申し込みフォームが表示されません 更新
国・地域によっては、MSS 利用申し込みフォームが表示されない場合があります。 その際は、以下の内容をメールでお送りください。
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最終更新日:2017年8月25日
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