最終更新日:2014.6.16.

FAQ

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FAQs 24 : Tag = 書式
DDBJ にアノテーションを付加した塩基配列データを登録する窓口はどこでしょうか MSS NSSS 書式 登録

以下の登録方法があります。

通常は DDBJ 塩基配列登録システムによる登録を推奨しています。
登録件数が非常に多い場合、多数の Feature を持つ場合、長大な配列の場合には MSS での登録が適しています。

最終更新日:2014年7月6日
配列の由来する生物種が特定できない場合、どのように記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

Organism qualifier に記載する生物名 の全般的な説明をご確認ください。
2. 種が同定されていない場合 (新種提唱も含む)
3. 環境サンプル (environmental sample)
の何れかであろうと思われます。適宜、ご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
海水や土壌などの環境から取得したデータは、どのように登録すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

海水や土壌などから生物個体の単離・培養の過程を経ず,PCR, DGGE, あるいは,その他の方法で直接 分子を単離・決定された塩基配列は、ENVとは? – 環境サンプル をご参照ください。
organism qualifier に記載する生物名に関しましては、環境サンプル (environmental sample) をご参照ください。

なお、よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。配列の由来が単離・培養されている個体であれば、環境サンプルとは扱いません。

最終更新日:2014年6月16日
人為的に構築した塩基配列を登録する場合、どのような生物名を記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

organism qualifier に記載する生物名に関しましては、人工的に構築した配列 をご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
feature を推測した根拠を記載するには、どのような方法がありますか MSS NSSS 書式 登録

各 feature に experiment または inference という qualifier を用いて記載することが可能です。

最終更新日:2014年6月16日
Barcode of Life (BoL) に登録予定の配列は、どのように登録すればよいでしょうか 書式 登録

Barcode of Life project に関連する塩基配列データは DDBJ 塩基配列登録システム または Mass Submission System でご登録をお願いいたします。
波形データにつきましては、DDBJ Trace Archive へのご登録をお願いいたします。

最終更新日:2014年7月6日
論文の投稿予定がありませんが、どのように REFERENCE を入力すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

DDBJ では、学術論文の投稿予定の有無に関わらず、塩基配列データ の登録を受け付けております。
投稿予定がない場合にも、REFERENCE には以下の項目が入力必須です。

  • status (論文の出版・公開等): [Unpublished]
  • year (年): 仮の西暦年号 (入力中の年号)
  • title: 仮のタイトルを英語で
  • ab_name (authors): 仮の著者 (登録者と同じで可) を略記

また、データ登録後に論文が公表された際は、登録データの修正・更新にて論文が公開されましたをご参照の上、論文情報を 登録データの修正・更新申し込みの「論文が公開されました」よりご連絡ください。

最終更新日:2014年6月19日
登録者は独りでも問題ありませんか MSS NSSS 書式 登録

塩基配列の修正・更新を行う権利を有するのは登録者のみです。
登録者が一人では、連絡が取れなくなる可能性がありますので、複数の方を登録者に指定いただくことを推奨しております。

参考: 塩基配列データの登録に必要な情報

最終更新日:2014年6月19日
アミノ酸置換を伴う1塩基置換を記述する方法を教えてください NSSS 書式 登録

一般的に variation feature を指定し replacenote qualifier を用いて記述します。
DDBJ 塩基配列登録システムの場合、template で other を選択してください。
書式は登録の見本にて F01) polymorphism and variation を参照してください。

最終更新日:2014年7月6日
SNP のデータを DDBJ に登録すると dbSNP にも反映されますか 書式 登録

SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) を含む配列を DDBJ に登録することはできますが、dbSNP には反映されません。
dbSNP国際塩基配列データベースとは独立しており、NCBI が独自に運用しているデータペースです。
SNP データにつきましては dbSNP に登録されることをお薦めします。

DDBJ に登録する場合の書式に関しましては、登録の見本B13) polymorphism and variation をご参照ください。

参考
単一塩基変異 (SNV)、構造多型 (structural variation)、コピー数変異 (CNV) データなどは どこに登録すれば良いのでしょうか
DNA 多型のデータはどのように記載して登録すれば良いでしょうか
最終更新日:2016年2月26日
環状ゲノムにおいて、ある feature が最後の塩基から最初の塩基につながる場合、location の記載方法を教えてください MSS NSSS 書式 登録

例えば、全長が199035 bp で CDS feature の location が199001-100 までの場合、
join(199001..199035,1..100)
と記載してください。
その他、一般的な書式は Location の記述法をご確認ください。

最終更新日:2014年6月30日
全ゲノム配列を登録する際に、アノテーションは必要でしょうか MSS 書式 登録

アノテーションは feature として、CDS (タンパク質コード配列)rRNAtRNA などを記載していただくようお願いしております。
詳細は Mass Submission System への登録申し込みの際にお問い合わせください。
アノテーションが難しいようでしたら、例えば、MiGAP などのサービスの活用をお勧めします。

最終更新日:2014年6月30日
塩基配列とアミノ酸配列の対応関係が標準的な遺伝暗号表と異なる場合の CDS feature の記載方法を教えてください 書式 登録

まず、The Genetic Codes にて遺伝暗号表が適切に選択されているか、ご確認ください。
通常は /transl_table qualifier に上記で示される番号が適切に記載されていれば、塩基配列からアミノ酸配列へ問題なく翻訳されます。

例外的に、遺伝暗号表と異なった翻訳を受けるコドン (selenocysteine など) がある場合、/transl_except を、適宜、記載してください。

RNA editing,ribosomal frameshiftmitochondrial TAA stop codon の場合は、登録の見本をご参照の上、それぞれ、/exception と /translation, /ribosomal_slippage, /transl_except を適切に記載してください。

非常に特殊な翻訳開始機構により、アミノ酸翻訳開始点がメチオニン以外のアミノ酸として翻訳されるタンパク質の場合は CDS の location を入力する際、便宜的に 5'end not complete を示す "<" を location に記載してください。あわせて、/note に それがメチオニンと異なる開始アミノ酸であることの説明を英語で入力してください。

最終更新日:2014年6月30日
contact person は誰にすべきでしょうか 書式 登録

コンタクトパーソン (contact person) をご参照ください。
配列を決定した時点の所属と現在の所属が異なる場合、複数の機関に所属している場合などは、適宜、連絡が可能な代表を1つ記載してください。

最終更新日:2014年6月30日
first name のみの登録者、論文著者は どのように記載すれば よいでしょうか MSS NSSS 書式 登録
MSS の場合
first name のみ記載してください。
登録の際、関連する警告 warning が出力されますが、問題はありませんので無視してください。
塩基配列登録システムの場合
first name に加えてダミーの頭文字を記載してください。
最終確認画面の通信欄 (Submission Information) において、その旨、お知らせください。
最終更新日:2014年7月6日
LOCUS 行の日付は何を表していますか 書式 検索

そのデータの最終公開日を表します。 DDBJのデータ公開形式 (flat file) の説明LOCUS をご覧ください。

最終更新日:2014年7月1日
データ表記に用いられる Feature/Qualifier に関する資料はありますか 書式 検索 登録
データが登録された日付を知りたい 書式 検索 登録

受付日 (Accept Date) としてデータ公開形式 (flat file)REFERENCE 1 の JOURNAL 行に記載されます。
ただし、この形式が採用される前に登録された古いデータに関しては記載がない場合があります。

最終更新日:2014年7月1日
論文に掲載されているアクセッション番号が検索できません 書式 検索

DDBJ では、データ公開原則 に従い、公開予定日とともに登録された配列データの公開作業を行なっています。

論文に掲載されている ID が 国際塩基配列データベースのアクセッション番号 かどうか、 今一度ご確認ください。

アクセッション番号が論文に公表されている場合、必要な確認作業を行ないますので、DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」より、以下の情報をお知らせください。

  • 論文に掲載されているアクセッション番号
  • 論文タイトル
  • 論文著者名
  • 雑誌名
  • 巻・頁・年
  • DOI・PMID
最終更新日:2014年6月16日
DDBJ から公開されたデータは EMBL-Bank, GenBank ではどのように公開されますか 書式 検索

DDBJ は EMBL-Bank,GenBank と国際塩基配列データベースを共同構築しています。
DDBJ に登録されたデータは DDBJ から公開されますと、EMBL-Bank と GenBank に送られます。
配列データの遷移をご参照ください。
ただし、送られたデータは各データバンクの書式に変換して公開されます。

最終更新日:2014年7月3日
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか MSS NSSS 書式 登録
最終更新日:2014年7月7日
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか 書式 検索 登録

アミノ酸翻訳の仕様は国際塩基配列データベースの規約で決まっています。
当該 CDS feature がアミノ酸翻訳される際の遺伝暗号表は /transl_table qualifier に The Genetic Codes の番号で示されます。
よく誤解される点を3つ挙げておきます。

  • オルガネラ; /organelle qualifier を指定しなければ、ミトコンドリアなどの genetic code が正しく反映されません。
  • 開始コドンと扱う場合は M Met メチオニンと扱います。G あるいは V にはなりません。
        参照; Start codon, N-Formylmethionine
  • コドン縮重により、2塩基でも翻訳アミノ酸が一意に決定可能な場合は出力します。

また、RNA editing に代表される特殊な例外の記載もあります。

最終更新日:2014年7月3日
セカンダリアクセッション番号とは何ですか 更新 書式 検索 登録

DDBJ を含む国際塩基配列データベース が、登録された塩基配列データに対して発行する番号をアクセッション番号 (accession number) と呼んでいます。
DDBJ 公開形式 (flat file) においては ACCESSION 行に記載されています。

複数エントリの統合、大幅な内容変更など、既に登録された塩基配列の更新に相当する場合でも、新規に登録し直して アクセッション番号を発行することがあります。 この際に、新規のアクセッション番号 (プライマリアクセッション番号) に対して、既存のアクセッション番号をセカンダリアクセッション番号とすることがあります。

flat file には、先頭にプライマリアクセッション番号、2つ目以降にセカンダリアクセッション番号を記載します。


ACCESSION   AB999999 AB888888 AB777777
AB999999 -- primary accession number
AB888888 AB777777 -- secondary accession number

通常は、プライマリアクセッション番号とセカンダリアクセッション番号のどちらで検索しても、変更後のデータが返ります。

ただし、セカンダリアクセッション番号のエントリが既に公開済みの場合、データベース上から抹消される訳ではありませんので、getentry では、直接番号を指定することで検索と閲覧が可能です。

参考
最終更新日:2014年7月7日
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