最終更新日:2015.6.1.

FAQ

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タグで検索(NSSS:DDBJ Nucleotide Sequence Submission System , MSS:Mass Submission System)

FAQs 31 : Tag = 検索
現在公開されている配列の更新前の内容を参照できますか getentry 更新 検索

getentry webAPI を使用して検索することが可能です。

検索方法は getentry ヘルプgethistory に関する説明をご参照ください。

最終更新日:2014年6月25日
論文に DDBJ を利用したことについて引用したいと思います。文献を紹介してください。 利用 検索 解析

学術論文などで DDBJ について引用いただける場合、通常は、Nucleic Acids Res. Database issue における DDBJ に関する最新論文の引用をお願いいたします。

ただし、以下の点についてご注意ください。

個別の配列データを引用する場合
通常はアクセッション番号を引用することで十分です。
個別のデータに関して詳細な内容について言及する場合は各配列データの primary citation を引用することが適切です。
DDBJが提供する個別のサービスについて引用する場合
通常は各サービスに関するオリジナル論文を引用する方が適切です。
参考:
論文に DDBJ を利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。
論文に遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。
最終更新日:2017年6月28日
配列の登録者に連絡を取りたいのですが format 検索

個人情報保護の観点から、登録者が公開を希望しない限り、2007年末より連絡先を秘匿しております。
対象エントリの DDBJ フラットファイル上で REFERENCE 行に記載されている文献が確認可能でしたら、登録者の連絡先、あるいは、疑問点に対する回答が論文内に記載されている可能性がありますので、ご確認ください。
また、お問い合わせページの DDBJ エントリ登録者へのご質問・ご要望の転送フォーム に必要な情報を入力していただければ、登録者へご連絡内容を転送いたします。

最終更新日:2014年6月30日
論文にアクセッション番号を記載するときのフォーマットはありますか 検索 登録

投稿を予定している雑誌などの規定に従っていただければ、通常は問題はありません。
国際塩基配列データベースでは、論文のタイトルページの footnote に以下のような記載をすすめています。
Note: Nucleotide sequence data reported are available in the DDBJ/EMBL/GenBank databases under the accession number(s)----'.

最終更新日:2014年7月1日
LOCUS 行の日付は何を表していますか 書式 検索

そのデータの最終公開日を表します。 DDBJのデータ公開形式 (flat file) の説明LOCUS をご覧ください。

最終更新日:2014年7月1日
REFERENCE1 の TITLE 行にある「Direct Submission」とは何ですか 検索 登録

これは、旧運用の journal scan の対義語で、登録者から直接登録を受け付けたデータであることを示しています。
REFERENCE 1 は登録者情報であり、文献情報ではありません。
文献相当の REFERENCE 2 以降では、タイトル欄に「Direct Submission」と入力しないようお願いいたします。

最終更新日:2014年7月1日
データ表記に用いられる Feature/Qualifier に関する資料はありますか 書式 検索 登録
データが登録された日付を知りたい 書式 検索 登録

受付日 (Accept Date) としてデータ公開形式 (flat file)REFERENCE 1 の JOURNAL 行に記載されます。
ただし、この形式が採用される前に登録された古いデータに関しては記載がない場合があります。

最終更新日:2014年7月1日
未公開のデータを公開する条件を教えてください 検索 登録
最終更新日:2014年7月1日
公開されているはずのデータが検索できません 更新 検索

以下の可能性があります。

1) 公開途中の場合
DDBJ で公開作業を行ったデータは、作業後、原則として 2日以内 (休業日を除く) に getentryanonymous FTP から取得可能になり、GenBankと EMBL に転送され、GenBank と EMBL からも閲覧・取得が可能になります。
ただし、DDBJ で公開されてから GenBank/EMBL にデータが反映されるまでには、時間差があります。
getentry で公開を確認した後、週末・祝日を除き、2週間以上経過しても、GenBank/EMBL でデータ公開を確認できない場合、DDBJ にお問合せください。
2) DDBJ の休業期間中に公開予定日が到来した場合
休業明けに、順次、データを公開いたします。
3) 当該アクセッション番号が論文等で公表された事を未確認のため、公開されていない場合
公表された論文等をお知らせください。
4)1998年1月1日以前に登録されたデータの場合
公開予定日到来後も非公開である可能性があります。

3) と 4) の場合は 問い合わせフォームから「塩基配列データの修正と更新について」 または 宛にメールでお知らせください。

参考
データ公開原則
論文に掲載されているアクセッション番号が検索できません
最終更新日:2017年6月16日
公開を取り消したデータが現在も参照できるのはなぜですか 検索 登録

一度公開されたエントリに対して一定の利用制限をかけることは、条件つきで可能です。
その場合は、次回以降に作成する定期リリースに当該データを含めないこととし、DDBJ 配下の通常検索サービスから削除することになります。
しかしながら、getentry を利用してアクセッション番号で検索した場合には、永久に閲覧が可能な状態になります。
# ただし,国際塩基配列データベース側の作業ミスにより誤って公開された場合は,その限りではありません。
これは国際塩基配列データベースの諮問機関である国際諮問委員会が作成した 登録データの取扱いについて の中で,次のように明文化されています。


INSD に登録されたデータは,科学資料として永久に保存され公開される。登録者によるデータの訂正や更新は歓迎するし, 誤った部分は次のデータリリースで訂正されるべきであるが,全てのデータは永久に保存され,アクセッション番号で検索できるものとする。


また、不特定多数の機関が国際塩基配列データベースを随時コピーして独自のデータベースを構築しております。
これらのデータベースからの削除は DDBJ ではサポートできかねます。それぞれの管理者へ直接、ご依頼いただくことになります。

参考
INSDC Status Document
最終更新日:2017年6月16日
論文に掲載されているアクセッション番号が検索できません 書式 検索

DDBJ では、データ公開原則 に従い、公開予定日とともに登録された配列データの公開作業を行なっています。

論文に掲載されている ID が 国際塩基配列データベースのアクセッション番号 かどうか、 今一度ご確認ください。

アクセッション番号が論文に公表されている場合、必要な確認作業を行ないますので、DDBJ へのお問い合わせ の「塩基配列データの更新・修正」より、以下の情報をお知らせください。

  • 論文に掲載されているアクセッション番号
  • 論文タイトル
  • 論文著者名
  • 雑誌名
  • 巻・頁・年
  • DOI, PubMed ID, URL
最終更新日:2017年6月16日
最新データが最も早く参照できる検索サービスは何ですか getentry 検索

getentry です。
getentry はアクセッション番号等によりエントリを検索するシステムです。
通常、公開作業を行なった日の翌日にデータベース上に反映されます。

最終更新日:2014年6月25日
DDBJ から公開されたデータは EMBL-Bank, GenBank ではどのように公開されますか 書式 検索

DDBJ は EMBL-Bank,GenBank と国際塩基配列データベースを共同構築しています。
DDBJ に登録されたデータは DDBJ から公開されますと、EMBL-Bank と GenBank に送られます。
配列データの遷移をご参照ください。
ただし、送られたデータは各データバンクの書式に変換して公開されます。

最終更新日:2014年7月3日
DDBJ/EMBL/GenBank で最新データが公開される時間的な差はどのくらいですか 検索

EMBL-Bank と GenBank から DDBJ に送られたデータは、通常、そのデータを受け取った当日に DDBJ で公開されます。
DDBJ から EMBL-Bank と GenBank に送ったデータは、通常、DDBJ で公開された日の、翌日か翌々日には EMBL-Bank と GenBank で公開されます。
ただし、各バンクとも大量件数のデータを受け取った場合やネットワークトラブル、システム保守等により公開が遅れることがあります。 また、公開のタイミングは各バンクで独立に管理しているため、時間差や公開日時を明確に示すことはできません。

最終更新日:2014年7月3日
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか 書式 検索 登録

アミノ酸翻訳の仕様は国際塩基配列データベースの規約で決まっています。
当該 CDS feature がアミノ酸翻訳される際の遺伝暗号表は /transl_table qualifier に The Genetic Codes の番号で示されます。
よく誤解される点を3つ挙げておきます。

  • オルガネラ; /organelle qualifier を指定しなければ、ミトコンドリアなどの genetic code が正しく反映されません。
  • 開始コドンと扱う場合は M Met メチオニンと扱います。G あるいは V にはなりません。
        参照; Start codon, N-Formylmethionine
  • コドン縮重により、2塩基でも翻訳アミノ酸が一意に決定可能な場合は出力します。

また、RNA editing に代表される特殊な例外の記載もあります。

最終更新日:2014年7月3日
セカンダリアクセッション番号とは何ですか 更新 書式 検索 登録

DDBJ を含む国際塩基配列データベース が、登録された塩基配列データに対して発行する番号をアクセッション番号 (accession number) と呼んでいます。
DDBJ 公開形式 (flat file) においては ACCESSION 行に記載されています。

複数エントリの統合、大幅な内容変更など、既に登録された塩基配列の更新に相当する場合でも、新規に登録し直して アクセッション番号を発行することがあります。 この際に、新規のアクセッション番号 (プライマリアクセッション番号) に対して、既存のアクセッション番号をセカンダリアクセッション番号とすることがあります。

flat file には、先頭にプライマリアクセッション番号、2つ目以降にセカンダリアクセッション番号を記載します。


ACCESSION   AB999999 AB888888 AB777777
AB999999 -- primary accession number
AB888888 AB777777 -- secondary accession number

通常は、プライマリアクセッション番号とセカンダリアクセッション番号のどちらで検索しても、変更後のデータが返ります。

ただし、セカンダリアクセッション番号のエントリが既に公開済みの場合、データベース上から抹消される訳ではありませんので、getentry では、直接番号を指定することで検索と閲覧が可能です。

参考
最終更新日:2014年7月7日
「DDBJ 定期リリース後」とは具体的にいつですか ARSA getentry リリース 検索

「DDBJ 定期リリース後」とは,DDBJ リリースの締め日の翌日以降のことを指します。リリースの締め日は,DDBJ リリースノートの文中に記述されています。例えば,Release 67 の場合,以下のように2006年8月25日が締め日ですので,「DDBJ 定期リリース後」は,8月26日以降のことになります。

The present release contains the newest data prepared by the DNA Data Bank of Japan (DDBJ), GenBank (*), and European Molecular Biology Laboratory/European Bioinformatics Institute (EMBL/EBI) as of August 25, 2006. (Rel.67 のリリースノートより抜粋,以下省略)

最終更新日:2017年10月4日
期待している検索結果が得られません。検索方法が誤っているのでしょうか ARSA BLAST getentry 検索
DDBJ/EMBL/GenBank は各データバンクに登録された配列を相互に交換しており, 総合的には基本的に同じデータを持っています。 ただし,各データバンクが公開したデータを互いに交換し合う際の時間差,更に各バンク内でそのデータを 検索サービスへ反映させる際の時間差により,同じ日の近い時間であっても検索サービスのデータには 微妙な差が存在している可能性があります。 期待している検索結果が得られないのは,これら時間差に負うところが大きいと思いますが, さらに詳細な調査が必要な場合はDDBJ へのお問い合わせ の「その他」から以下の情報をお知らせ下さい。
  • 検索プログラム名や検索を行なった URL
  • 検索条件
  • 検索を行った日時
  • 検索されるはずのエントリのアクセッション番号
  • 検索結果の URL
  • その他
また,FAQ の以下の質問もご参照下さい。
最終更新日:2017年9月8日
DDBJ ではデータの検索・解析サービスを行なっていますか 検索 解析
データの検索・解析は,下記の2つの方法がありますので,どうぞご利用下さい。
最終更新日:2017年7月5日
DDBJ の検索・解析ソフトを用いた結果を論文に載せるときの記載形式はありますか 利用 検索
記載形式は雑誌により異なりますので,出版者にお問い合わせ下さい。 論文には各ツールの原著論文,DDBJ の遺伝子配列データ検索・解析ソフトを利用した旨を記載して下さい。

各ツールの原著論文,関連論文は,DDBJ HP の DDBJ 利用の手引き の References をご覧下さい。
最終更新日:2017年7月19日
DDBJ の検索・解析ソフトの原著論文,関連論文を紹介して下さい BLAST ClustalW 利用 検索
DDBJ HP の 利用の手引き の References をご覧下さい。
最終更新日:2017年7月19日
[BLAST] 検索結果を後で見ることは可能ですか? BLAST 検索

ブラウザを閉じてしまっても、Result Viewer を用いて Request ID から結果を閲覧することができます。

詳細は、BLAST ヘルプの "Result Viewer" をご参照下さい。
なお、検索結果閲覧期間は実行後7日間です。

最終更新日:2017年10月4日
[BLAST] 検索結果の見方を教えてください BLAST 検索
検索結果は下記の順に出力されます。
  1. 相同性スコアの高い配列の順位表
  2. 相同な配列とのアラインメント
  3. パラメータと統計
BLAST の検索結果では,塩基配列の場合は,"|" は塩基配列が一致していることを意味します。 アミノ酸配列の場合は,一致しているアミノ酸が表示されます。 また,類似しているアミノ酸は "+" で表示されます。

詳細は BLAST の原著論文をご参照下さい。

BLAST 原著論文,関連論文および参考文献
最終更新日:2015年6月15日
[BLAST] 入力した配列の一部が「N」(X) に置き換わってしまいました BLAST 検索
入力した配列が,BLAST プログラムによりフィルタリングされたためです。 フィルタリングにより,入力した配列のうち構造の複雑度が低い領域は "N"(アミノ酸配列の場合は "X")に 置き換わります。 フィルタリングの詳細は,BLAST HELP の フィルター をご覧下さい。 フィルタリング機能を OFF にする場合は,設定画面の下の方にある「フィルター」オプションの ラジオボタンで OFF を選択して下さい。 なお,このオプションを OFF にすると検索時間が通常よりかかる場合がありますので,ご注意下さい。
最終更新日:2015年6月3日
[BLAST] 検索結果の表示数が少ない(No Hit Found になってしまう) BLAST 検索
「検索結果一覧の表示数」,「アラインメント表示数」で指定した数より少ない場合,表示数を増やすには,”より詳細な設定” 欄の「期待値」の値を大きくしてお試し下さい。 このような場合は,期待数の値を10000 などと極端に大きくして下さい。 なお,配列が短すぎる場合(配列長が10 前後),BLAST では見つけられないことがよくあります。
最終更新日:2015年6月1日
BLAST の検索結果の表示順にはどのようなルールがありますか? BLAST 検索
BLAST の検索結果は相同性のスコアが高い順に表示されます。スコアが同じ配列には優劣がつけられませんので,表示順に規則性はありません。
最終更新日:2015年6月1日
BLAST の解析結果で表示される E Value は,どのように計算されていますか? BLAST 検索
クエリ配列の長さを l 、データベースに保存されている配列の本数を n 、核酸あるいはアミノ酸同士の相似度を表すスコアを S としたとき、E value は次の式によって書き表さされます。(ただし、k 、m は正の定数です)

E=k*l*n*exp^(-mS)

この式から、BLASTの出力結果は、1E-Xと表示されている場合は、10-X という意味になります。
最終更新日:2017年4月13日
WGS、TSA、TLSデータのFASTA形式のファイルを取得するにはどうしたらいいですか? getentry 検索

WGS、TSA、TLSデータのFASTA形式のファイルを取得するには、getentry で以下を指定し、検索を行ってください。

 ID:検索対象の Accession 番号を指定します。
 出力形式"全塩基配列 FASTA" を選択します。
 取得方法:以下から選択します。

  • html
  • テキスト
  • 圧縮ファイル(gz)
 上限:データの取得上限を設定します。
            0を指定すると上限なしの設定となります。

各項目の詳細は、getentry ヘルプ をご覧ください。

動画もあわせてご覧ください。

最終更新日:2017年9月8日
論文に遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。 書式 検索 解析

遺伝研スーパーコンピュータシステムの活動は皆様の謝辞で評価されています。
遺伝研スーパーコンピュータシステムの資源を利用して得られた成果を発表される際には、以下の例文の内容を謝辞などにてご記載ください。
文章のつながりから改変することはかまいません。


日本語:本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所が有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。
英 語:Computations were partially performed on the NIG supercomputer at ROIS National Institute of Genetics.


最終更新日:2017年6月26日
論文に DDBJ を利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。 書式 検索 解析

DDBJ のデータベースや検索・解析ツールを利用して得られた成果を発表される際、よろしければ、論文の引用 をお願いいたします。
論文の引用には相当しないとお考えの場合、以下の例文の内容を謝辞などにてご記載いただければ幸いです。
文章のつながりから改変することはかまいません。


日本語:本研究は、DDBJ(DNA Data Bank of Japan)の [データベース、検索・解析ツール名]を利用しました。
英 語:This research was performed using "name of DDBJ Service, analytical tools".


最終更新日:2017年6月27日
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