最終更新日:2014.7.7.

FAQ

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FAQs 70 : Tag = 登録
DDBJ 塩基配列登録システムを使って登録済みデータを修正できますか NSSS 更新

DDBJ 塩基配列登録システム はデータ登録専用のツールですので、登録済みデータの修正には対応していません。
修正・更新に関しましては 登録データの修正・更新 をご参照ください。

最終更新日:2014年7月6日
DDBJ に登録したデータを抹消したい 更新 登録

原則として、下記を満たす場合に限り対応可能です。
1) 配列データが、かつて一度も公開されたことがない
2) そのアクセッション番号が公表されていない

依頼者のお名前、ご所属を明記の上、以下の項目についてお知らせください。
宛先: ddbjupdt#64;ddbj.nig.ac.jp

  • アクセッション番号:
  • 抹消理由: (簡単で結構です)

なお、すでに公開されているデータの利用を制限することは、条件次第で可能な場合があります。
以下もご参照ください。

参考
公開されたデータを非公開に戻したい
公開を取り消したデータが現在も参照できるのはなぜですか
INSDC Status Document
最終更新日:2017年6月15日
登録を受け付けているデータの種類を教えてください 登録 種別

登録を受け付けているデータの種類は 登録データ種別 にて、ご確認ください。

登録予定の塩基配列データをどのように登録すべきか不明な場合は

などを ご参照下さい。

不明点は、DDBJ へのお問い合わせの「塩基配列データの登録」よりお問い合わせください。

最終更新日:2014年6月16日
既報の配列に対するアノテーション情報のみを登録することは可能でしょうか 登録 種別

TPA (Third Party Data)登録基準を満たす場合は登録可能です。

最終更新日:2014年8月27日
DDBJ にアノテーションを付加した塩基配列データを登録する窓口はどこでしょうか MSS NSSS 書式 登録

以下の登録方法があります。

通常は DDBJ 塩基配列登録システムによる登録を推奨しています。
登録件数が非常に多い場合、多数の Feature を持つ場合、長大な配列の場合には MSS での登録が適しています。

最終更新日:2014年7月6日
アミノ酸配列の登録方法を教えてください 登録 種別

通常、塩基配列データに CDS feature を記載することにより、アミノ酸配列を登録することが可能です。
ただし、塩基配列データに基づかないアミノ酸配列は DDBJ では受け付けておりません。
その場合は、UniProt へご登録ください。
UniProt への登録は,EBI のサイトから提供されている SPIN を利用して行うことができます。
登録に関する問い合わせ先は,datasubs@ebi.ac.uk です。

最終更新日:2014年11月26日
protein_id を取得するには、どうすればよいでしょうか 登録

CDS feature によるアノテーションを記載した塩基配列データを登録することで、protein_id はデータ公開時に、DDBJ 側で自動的に割り当てられます。

最終更新日:2014年7月3日
EST アセンブルによって得られた配列データは登録可能でしょうか 登録 種別

EST アセンブルのみの登録は受け付けておりませんが、アセンブル前後のデータのセットであれば、TSA として登録を受け付けております。Transcriptome Project のデータ登録 をご参照ください。
アセンブル前の配列データ (primary entries) が、いわゆる次世代シークエンサに由来する場合は DDBJ sequence Read Archive (DRA) に、従来のシークエンサに由来する場合はMass Submission System (MSS) から EST として登録してください。
その上で、de novo でも、map ベースでもアセンブル後の配列データを TSA として、MSS にて登録を受け付けます。

最終更新日:2014年6月16日
配列の由来する生物種が特定できない場合、どのように記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

Organism qualifier に記載する生物名 の全般的な説明をご確認ください。
2. 種が同定されていない場合 (新種提唱も含む)
3. 環境サンプル (environmental sample)
の何れかであろうと思われます。適宜、ご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
海水や土壌などの環境から取得したデータは、どのように登録すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

海水や土壌などから生物個体の単離・培養の過程を経ず,PCR, DGGE, あるいは,その他の方法で直接 分子を単離・決定された塩基配列は、ENVとは? – 環境サンプル をご参照ください。
organism qualifier に記載する生物名に関しましては、環境サンプル (environmental sample) をご参照ください。

なお、よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。配列の由来が単離・培養されている個体であれば、環境サンプルとは扱いません。

最終更新日:2014年6月16日
人為的に構築した塩基配列を登録する場合、どのような生物名を記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

organism qualifier に記載する生物名に関しましては、人工的に構築した配列 をご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
feature を推測した根拠を記載するには、どのような方法がありますか MSS NSSS 書式 登録

各 feature に experiment または inference という qualifier を用いて記載することが可能です。

最終更新日:2014年6月16日
次世代シークエンサによって決定された配列は、どのように登録すればよいでしょうか 登録 種別

登録データ種別 をご参照ください。
次世代シークエンサによって決定された配列 (raw reads) については DDBJ sequence Read Archive への登録をお願いします。
また、適宜、Genome Project のデータ登録Transcriptome Project のデータ登録 もご参照ください。
必要に応じて、アセンブル後の配列データを Mass Submission System にて、ご登録ください。

最終更新日:2014年6月16日
RNA seq など配列による発現定量のデータは、どのように登録すればよいですか 登録 種別

配列による発現定量のデータにつきましては、raw reads を DDBJ Sequence Read Archive に ご登録ください。

最終更新日:2014年6月16日
Barcode of Life (BoL) に登録予定の配列は、どのように登録すればよいでしょうか 書式 登録

Barcode of Life project に関連する塩基配列データは DDBJ 塩基配列登録システム または Mass Submission System でご登録をお願いいたします。
波形データにつきましては、DDBJ Trace Archive へのご登録をお願いいたします。

最終更新日:2014年7月6日
別刷りを送る必要はありますか 更新 登録

通常は別刷りをお送りいただく必要はありません。
ただし、作業上、必要な場合には別刷りの送付をお願いすることがあります。

最終更新日:2014年6月18日
同じ遺伝子のゲノム配列と mRNA 配列は別な配列として登録するべきでしょうか 登録

ゲノム配列と mRNA 配列は決定した配列毎に独立に ご登録ください。
実験的に決定した配列を、その決定した連続性の単位で登録していただくことが基本です。
ゲノム配列側に mRNA feature, CDS feature などを記載することは可能ですが、一般的に feature 記載では mRNA 配列を決定したという意味にはなりません。
mRNA 配列を決定されているのでしたら、mRNA 配列のご登録をお願いします。DDBJ に登録可能なデータもご参照ください。

最終更新日:2014年6月19日
塩基配列データの登録は論文が公開されていない場合、作成中・投稿中・投稿予定なし などでも可能ですか MSS NSSS 登録

可能です、というよりも多くの雑誌の投稿規定において、投稿前に塩基配列登録を求められています。
論文の出版・公開に関する欄は下記のように選択してください。

  • 論文投稿の予定がない場合、あるいは、論文作成中・投稿中の場合には [Unpublished]
  • 論文が受理されて印刷中の場合には [In Press]

文献情報は DDBJ のデータ公開形式 (flat file)REFERENCE 2 以降に表示されます。

最終更新日:2014年6月19日
論文の投稿予定がありませんが、どのように REFERENCE を入力すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

DDBJ では、学術論文の投稿予定の有無に関わらず、塩基配列データ の登録を受け付けております。
投稿予定がない場合にも、REFERENCE には以下の項目が入力必須です。

  • status (論文の出版・公開等): [Unpublished]
  • year (年): 仮の西暦年号 (入力中の年号)
  • title: 仮のタイトルを英語で
  • ab_name (authors): 仮の著者 (登録者と同じで可) を略記

また、データ登録後に論文が公表された際は、論文情報を 登録データの修正・更新申し込みの「論文が公開されました」よりご連絡ください。

最終更新日:2017年6月16日
投稿する雑誌には、塩基配列を登録することを義務付けた投稿規程がありませんが、登録は必要でしょうか 登録

論文の投稿規程に塩基配列登録の指定がない場合でも、読者の利便性を高めるという視点から、DDBJ を含む国際塩基配列データベースへ登録していただきますよう お願いいたします。

参照
最終更新日:2014年6月19日
登録者は独りでも問題ありませんか MSS NSSS 書式 登録

塩基配列の修正・更新を行う権利を有するのは登録者のみです。
登録者が一人では、連絡が取れなくなる可能性がありますので、複数の方を登録者に指定いただくことを推奨しております。

参考: 塩基配列データの登録に必要な情報

最終更新日:2014年6月19日
GenBank へ登録しないといけませんか 登録

公開された塩基配列データは DDBJ, EMBL-Bank, GenBank で共有されますので、登録は何れかへ1度のみで 必要十分です。
既に DDBJ に登録した配列を GenBank に登録した場合、重複登録になりますので 登録しないでください。

雑誌によっては「GenBank へ塩基配列を登録するように」と案内されている場合もありますが、DDBJ が発行したアクセッション番号は GenBank を含む 国際塩基配列データベースに共通です。

最終更新日:2014年6月19日
特許出願に関連する塩基配列を DDBJ に登録できますか 登録

JPO への特許出願の際に提出された塩基配列は、出願している特許案件の内容公開、いわゆる出願公開の際に DDBJ へ転送・登録・公開される仕組が確立していますので、通常は、DDBJ へご登録いただく必要はありません。

もし、論文投稿の関係などで、特許出願と並行してアクセッション番号の取得が必要な場合は、特許取得に支障がないか、まずは特許庁へ直接ご確認をお願いいたします。その後でDDBJ へその旨を添えてご登録ください。

塩基配列データがDDBJ から公開された場合、「公知」の扱いになりますので注意が必要です。

参考
特許出願に含まれる配列データの提供
特許・知的所有権と優先権
DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介
最終更新日:2015年5月26日
DDBJ に登録すればデータに関する優先権は確保されますか 登録

DDBJ に登録しても優先権は生じません。特許などの権利も生じません。
DDBJ では特許に関する業務を行う資格はありません。特許申請に関しましては、特許庁 にお問い合わせください。

参考
最終更新日:2015年5月26日
DDBJ へ登録の際に遺伝子名・タンパク質名などを記載すれば、公式に命名したことになりますか 登録

DDBJ には遺伝子命名などに関する権限ありません。また、特定の遺伝子命名管理団体との公式な協調も行っておりません。特に問題がない限り、登録者の意向に基づいて記述しています。
DDBJ への登録データで何らかの名称を記載しても、それぞれの生物または生物群を研究するコミュニティに受け入れられる保証はありません。

参考

例えば、ヒトならば HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC), マウスならば MGI - Mouse Nomenclature などへご相談ください。

最終更新日:2015年5月26日
アミノ酸置換を伴う1塩基置換を記述する方法を教えてください NSSS 書式 登録

一般的に variation feature を指定し replacenote qualifier を用いて記述します。
DDBJ 塩基配列登録システムの場合、template で other を選択してください。
書式は登録の見本にて F01) polymorphism and variation を参照してください。

最終更新日:2014年7月6日
SNP のデータを DDBJ に登録すると dbSNP にも反映されますか 書式 登録

SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) を含む配列を DDBJ に登録することはできますが、dbSNP には反映されません。
dbSNP国際塩基配列データベースとは独立しており、NCBI が独自に運用しているデータペースです。
SNP データにつきましては dbSNP に登録されることをお薦めします。

DDBJ に登録する場合の書式に関しましては、登録の見本B13) polymorphism and variation をご参照ください。

参考
単一塩基変異 (SNV)、構造多型 (structural variation)、コピー数変異 (CNV) データなどは どこに登録すれば良いのでしょうか
DNA 多型のデータはどのように記載して登録すれば良いでしょうか
最終更新日:2016年2月26日
環状ゲノムにおいて、ある feature が最後の塩基から最初の塩基につながる場合、location の記載方法を教えてください MSS NSSS 書式 登録

例えば、全長が199035 bp で CDS feature の location が199001-100 までの場合、
join(199001..199035,1..100)
と記載してください。
その他、一般的な書式は Location の記述法をご確認ください。

最終更新日:2014年6月30日
全ゲノム配列を登録する際に、アノテーションは必要でしょうか MSS 書式 登録

アノテーションは feature として、CDS (タンパク質コード配列)rRNAtRNA などを記載していただくようお願いしております。
詳細は Mass Submission System への登録申し込みの際にお問い合わせください。

最終更新日:2017年6月15日
塩基配列とアミノ酸配列の対応関係が標準的な遺伝暗号表と異なる場合の CDS feature の記載方法を教えてください 書式 登録

まず、The Genetic Codes にて遺伝暗号表が適切に選択されているか、ご確認ください。
通常は /transl_table qualifier に上記で示される番号が適切に記載されていれば、塩基配列からアミノ酸配列へ問題なく翻訳されます。

例外的に、遺伝暗号表と異なった翻訳を受けるコドン (selenocysteine など) がある場合、/transl_except を、適宜、記載してください。

RNA editing,ribosomal frameshiftmitochondrial TAA stop codon の場合は、登録の見本をご参照の上、それぞれ、/exception と /translation, /ribosomal_slippage, /transl_except を適切に記載してください。

非常に特殊な翻訳開始機構により、アミノ酸翻訳開始点がメチオニン以外のアミノ酸として翻訳されるタンパク質の場合は CDS の location を入力する際、便宜的に 5'end not complete を示す "<" を location に記載してください。あわせて、/note に それがメチオニンと異なる開始アミノ酸であることの説明を英語で入力してください。

最終更新日:2014年6月30日
contact person は誰にすべきでしょうか 書式 登録

コンタクトパーソン (contact person) をご参照ください。
配列を決定した時点の所属と現在の所属が異なる場合、複数の機関に所属している場合などは、適宜、連絡が可能な代表を1つ記載してください。

最終更新日:2014年6月30日
first name のみの登録者、論文著者は どのように記載すれば よいでしょうか MSS NSSS 書式 登録
MSS の場合
first name のみ記載してください。
登録の際、関連する警告 warning が出力されますが、問題はありませんので無視してください。
塩基配列登録システムの場合
first name に加えてダミーの頭文字を記載してください。
最終確認画面の通信欄 (Submission Information) において、その旨、お知らせください。
最終更新日:2014年7月6日
アクセッション番号の連絡がありませんが、データ送付後 番号発行まで何日かかりますか NSSS 登録

原則として、アクセッション番号は DDBJ がデータを受け取りましてから、休日 を除く、5業務日以内 に コンタクトパーソンのメールアドレス宛に Subject: [DDBJ] Assigned Accession No. で通知されます。
業務日に関しましては、DDBJ Calendar をご参照ください。
それを過ぎても アクセッション番号の通知、あるいは、登録内容に関する問い合わせなどがない場合は、コンタクトパーソンのメールアドレスを明記の上、DDBJへのお問い合わせ よりご連絡ください。

念のため、ご自身の迷惑メール対策機能をご確認ください。

DDBJ 塩基配列登録システムをご利用の場合は,まず "DDBJ: Web submission completed" という subject のメールが届いているかどうかを確認してください。 このメールはデータを受け付けた際にコンタクトパーソンのメールアドレス宛に自動送信されます。

メールが届いていない場合
登録が完了していない可能性があります。登録途中ということですので登録を完了させてください。
メールが届いている場合
データが受け付けられているにもかかわらず、DDBJ から何の連絡もない場合はコンタクトパーソンのメールアドレスと [EntryID] を明記の上 DDBJへのお問い合わせ よりご連絡ください。
最終更新日:2014年7月6日
送付した配列データが登録されないということはあるのですか 登録

DDBJ に登録可能なデータ をご参照ください。
不明な点はDDBJ へのお問い合わせ よりお願いいたします。

参考
登録する塩基配列の長さに制限はありますか
最終更新日:2016年2月26日
アクセッション番号を紛失してしまいました 更新 登録

EntryID などデータを特定できる ID がわかる場合、コンタクトパーソン (contact person)のメールアドレスと共に DDBJへのお問い合わせ の「塩基配列の更新・修正」よりご連絡ください。
不明な場合、以下の情報をわかる範囲で お知らせいただければ調査します。

  • 氏名
  • 登録時の所属
  • 現在の所属
  • 登録時のメールアドレス
  • 現在のメールアドレス
  • 登録した時期
  • 登録にご利用のツール
  • 塩基配列、多数の場合、代表数件
  • 生物学的特徴を示す情報

該当するデータが不明の場合、新規に登録いただくこともあります。

最終更新日:2014年7月1日
論文にアクセッション番号を記載するときのフォーマットはありますか 検索 登録

投稿を予定している雑誌などの規定に従っていただければ、通常は問題はありません。
国際塩基配列データベースでは、論文のタイトルページの footnote に以下のような記載をすすめています。
Note: Nucleotide sequence data reported are available in the DDBJ/EMBL/GenBank databases under the accession number(s)----'.

最終更新日:2014年7月1日
REFERENCE1 の TITLE 行にある「Direct Submission」とは何ですか 検索 登録

これは、旧運用の journal scan の対義語で、登録者から直接登録を受け付けたデータであることを示しています。
REFERENCE 1 は登録者情報であり、文献情報ではありません。
文献相当の REFERENCE 2 以降では、タイトル欄に「Direct Submission」と入力しないようお願いいたします。

最終更新日:2014年7月1日
データ表記に用いられる Feature/Qualifier に関する資料はありますか 書式 検索 登録
データが登録された日付を知りたい 書式 検索 登録

受付日 (Accept Date) としてデータ公開形式 (flat file)REFERENCE 1 の JOURNAL 行に記載されます。
ただし、この形式が採用される前に登録された古いデータに関しては記載がない場合があります。

最終更新日:2014年7月1日
未公開のデータを公開する条件を教えてください 検索 登録
最終更新日:2014年7月1日
論文が公表されるまでデータを非公開にしたいのですが、その場合も公開予定日は必要ですか 更新 登録

公開予定日が必要な理由をご参照ください。登録後データを一定期間非公開にする場合は,必ず具体的な公開予定日を設定してください。
公開予定日に特に制限は設けておりませんが、1年から2年程度までを目安に余裕をもった日付をご指定ください。 指定しない場合は即時公開となりますのでご注意ください。
なお、一度指定した公開予定日を変更する、または公開予定日前に公開することも可能です。
登録データの修正・更新申し込み の「公開予定日を変更したい」より お知らせください。

参考
公開予定日を延期したい
データ公開原則
最終更新日:2017年6月16日
公開予定日を設定して登録したデータが公開される際、DDBJ から何か連絡はありますか 更新 登録

登録の際に公開予定日 (Hold Date) を設定した場合、データ公開原則 に従い公開されます。
公開作業が完了しますと、公開をお知らせするメールがコンタクトパーソンのメールアドレス宛に Subject: [DDBJ] Publicized your data で送信されます。
DDBJ からのメールを迷惑メールとしないように設定をお願いいたします。

なお、登録時に記載されたコンタクトパーソンの情報が無効な場合、公開のお知らせなど重要な連絡ができないことがあります。
登録データの修正・更新申し込みの「コンタクトパーソン情報,住所,所属情報を変更したい」より お知らせください。

最終更新日:2017年6月19日
公開を取り消したデータが現在も参照できるのはなぜですか 検索 登録

一度公開されたエントリに対して一定の利用制限をかけることは、条件つきで可能です。
その場合は、次回以降に作成する定期リリースに当該データを含めないこととし、DDBJ 配下の通常検索サービスから削除することになります。
しかしながら、getentry を利用してアクセッション番号で検索した場合には、永久に閲覧が可能な状態になります。
# ただし,国際塩基配列データベース側の作業ミスにより誤って公開された場合は,その限りではありません。
これは国際塩基配列データベースの諮問機関である国際諮問委員会が作成した 登録データの取扱いについて の中で,次のように明文化されています。


INSD に登録されたデータは,科学資料として永久に保存され公開される。登録者によるデータの訂正や更新は歓迎するし, 誤った部分は次のデータリリースで訂正されるべきであるが,全てのデータは永久に保存され,アクセッション番号で検索できるものとする。


また、不特定多数の機関が国際塩基配列データベースを随時コピーして独自のデータベースを構築しております。
これらのデータベースからの削除は DDBJ ではサポートできかねます。それぞれの管理者へ直接、ご依頼いただくことになります。

参考
INSDC Status Document
最終更新日:2017年6月16日
該当する feature がわかりません MSS NSSS 登録

念のため、feature の説明Feature Table Definition をご参照ください。
feature が不明な場合、misc_feature を選択し、/note qualifier に必要な情報を入力してください。

たとえば、DDBJ は塩基配列のデータベースですので、アミノ酸配列モチーフのような情報は独立した入力項目を準備していません。
しかしながら、misc_feature の /note qualifier へ情報を記載することは可能です。

最終更新日:2014年6月9日
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか MSS NSSS 書式 登録
最終更新日:2014年7月7日
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか 書式 検索 登録

アミノ酸翻訳の仕様は国際塩基配列データベースの規約で決まっています。
当該 CDS feature がアミノ酸翻訳される際の遺伝暗号表は /transl_table qualifier に The Genetic Codes の番号で示されます。
よく誤解される点を3つ挙げておきます。

  • オルガネラ; /organelle qualifier を指定しなければ、ミトコンドリアなどの genetic code が正しく反映されません。
  • 開始コドンと扱う場合は M Met メチオニンと扱います。G あるいは V にはなりません。
        参照; Start codon, N-Formylmethionine
  • コドン縮重により、2塩基でも翻訳アミノ酸が一意に決定可能な場合は出力します。

また、RNA editing に代表される特殊な例外の記載もあります。

最終更新日:2014年7月3日
塩基配列登録システム と Mass Submission System どちらを使う方が良いか迷っています MSS NSSS 登録

塩基配列登録システム (Nucleotide Sequence Submission System) は 画面の指示に従って逐次入力し、登録完了します。
Mass Submission System (MSS)では 登録者に全件の登録ファイルを作成していただきます。 また、塩基配列登録システムと異なりファイル作成の段階で DDBJ の記述ルールに照らして査定しますので、DDBJ の担当者と直接やり取りをしていただくことになります。 多件数でも 塩基配列登録システムの template を使用した登録の方が容易という方も、数件でも MSS をご利用される方もおられます。
双方の特徴をご理解いただき、登録システムをご選択ください。

最終更新日:2014年7月3日
Mass Submission System は何件から利用できるのですか MSS 登録

件数に制限はありません。
件数が多い場合は もちろん、1件でも多数の feature を持つ場合、長大な配列の場合に適しています。
登録をご希望の場合は,Mass Submission System をご参照ください。

最終更新日:2014年7月3日
vector 配列のコンタミを除くには どうすればよいでしょうか MSS NSSS 登録

塩基配列登録の前にをご参照ください。
ご登録の前に VecScreen にてご確認をお願いいたします。

最終更新日:2014年7月3日
[塩基配列登録システム] 登録作業を中断したり再開したりするには、どうすれば良いですか NSSS 登録

入力を中断・再開するには をご参照ください。

最終更新日:2014年7月4日
[塩基配列登録システム] 1つの塩基配列に複数の feature を記載する方法は? NSSS 登録

6. template において a) other を選択して [Input annotation] をクリックするか、b) [Upload annotation file] をクリックしてください。
a) の場合、7.Annotation (Template で other を選択した際のアノテーション入力について) をご参照ください。
b) の場合、7.Annotation: annotation file のアップロードによるsubmit をご参照ください。

最終更新日:2014年7月4日
[塩基配列登録システム] DEFINITION に相当する入力欄が見つかりません NSSS 登録

DEFINITION は記述ルールに従って DDBJ 側で作成しますので、入力欄はありません。

最終更新日:2014年7月6日
[塩基配列登録システム] 入力画面上に入力したい qualifier の欄がありません NSSS 登録

[Select Qualifier] をクリックし、必要な qualifier にチェックを入れて [Save] することで qualifier 入力欄が 7.Annotation の入力画面に追加されます。

関連で 6. template において "other" を選択した場合、source 以外の feature は登録者ご自身で選択して追加する必要があります。
[Add feature] をクリックし、リストから選択してください。

参考
7.Annotation (Templateでotherを選択した際のアノテーション入力について)
最終更新日:2014年7月4日
[塩基配列登録システム] "First codon [***] is not a start codon." / "Final codon [***] is not a stop codon." というエラーが表示されました NSSS 登録

これらの error message は CDS (protein coding sequence) feature のアミノ酸翻訳の結果が、5'末端 または 3'末端において適切ではなかったことを示しています。
当該 CDS が全長ではなく部分配列の場合、その feature location には部分配列であることを示すフラグが必要です。
部分配列の場合、location の記述法に示されている記載ルールに従い、5' end not complete を示す "<"、3' end not complete を示す ">" のフラグを適切に加えて入力してください。

例: CDS が 1..295 である場合の部分配列記述
location 状況
<1..295 開始コドンで始まらない、かつ、終止コドンで終わる
1.. >295 開始コドンで始まり、かつ、終止コドンで終わらない
<1.. >295 開始コドンで始まらない、かつ、終止コドンで終わらないとき
参照
[塩基配列登録システム] “Stop codon ‘*’ is found in the range.” というエラーが表示されました
codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正
最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] "To use [translation] qualifier, [exception] qualifier is required in the [CDS] feature." というエラーが表示されました NSSS 登録

この error message は CDS feature において [Select Qualifier] で /translation を選択した場合に出力されます。
通常、/translation qualifier は CDS feature の情報を基に自動翻訳した結果を出力しますので、登録者側で記載する必要はありません。
/translation qualfier を削除することで、エラーは解消します。

参考までに /translation qualifier は、/exception qualifier を記載した際にのみ記載します。
典型的には RNA editing が原因でゲノム配列を元に自動翻訳したアミノ酸配列と 実際の mRNA 分子から翻訳されるアミノ酸配列 が異なる場合に記載します。

参考
登録の見本: B09) RNA editing
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか
[塩基配列登録システム] CDS feature の翻訳アミノ酸配列 (/translation qualifier) を確認する方法は?
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか
最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] "Invalid value [***] for [transl_table] qualifier." というエラーが表示されました NSSS 登録

このエラーは genetic code が正しく指定されていない場合に起こります。
7.Annotation – 生物名の入力について をご参照ください。
genetic code には数値を入力して指定してください。
CDS feature を入力する際の /transl_table qualifier に反映されます。

なお、既報の生物の場合、Scientific name (/organism qualifier) と /organelle qualifier が正しく記載されていれば、自動的に genetic code が補完されて設定されます。
配列が核以外の organelle に由来する場合、organelle を正しく指定してください。

参考
7.Annotation
7.Annotation – 生物名の入力について
The Genetic Codes
/transl_table qualifier について
最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] 次の入力画面に進もうとしたところ、しばらく待ってもページが表示されません。 NSSS 登録

まず、作業途中のページの URL を保存してください。

次に、ブラウザのキャッシュを削除してから、再度、保存した URL にアクセスし直してください。
状況が改善されることがあります。

また、ご利用のブラウザが 推奨している Firefox、または、Chrome ではない可能性が高いと思われますので、ご確認ください。
該当する場合、ブラウザを Firefox、または、Chrome に変更して、保存した URL にアクセスし直してください。

それでも状況が改善されない場合、あるいは、上記に該当しない場合は、お問い合わせ の「DDBJ 塩基配列登録システム」から 以下の情報を お知らせください。

  • URL
  • 配列の数
  • OS: Windows, MacOSX, Linux の別とそのバージョン
  • ブラウザとそのバージョン
最終更新日:2017年6月15日
[塩基配列登録システム] "Value of [ codon_start ] is not 1, but [###..###] is 5' complete type." というエラーが表示されました NSSS 登録

Location、または、/codon_start の記述が正しくない可能性があります。
/codon_start の値が「2」 または「3」 の場合、CDS feature location は 5' 側が部分配列指定になっている必要があります。
Location の記述法 に従い、5' 側が not complete であることを示す、例えば <1..300 のような、書式に修正してください。
CDS feature が開始コドンで始まっている場合は、/codon_start を「1」 に修正してください。

参考: codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正

最終更新日:2014年7月6日
[塩基配列登録システム] 画面を戻って入力済の内容を修正可能でしょうか NSSS 登録

登録を完了させる前であれば、可能です。
画面上部のプログレスバー内の 1.Contact person 2.Hold date 3.Submitter 4.Reference 5.Sequence 6.Template 7.Annotation を それぞれ クリックすることで各画面に戻り、修正することができます。


注意
7.Annotation の画面でアノテーションを入力後、以下の操作を行うと入力したアノテーションが消去される仕様になっております。
  • 5.Sequence 画面に戻って配列を変更する
  • 6.Template 画面に戻ってテンプレートを変更する
最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] アノテーションファイルを upload することができません NSSS 登録

以下の点を確認の上、修正を行ってください

  • 塩基配列の entry name と annotation file 中の entry name が一致していなければなりません
  • アノテーションファイルの書式は 5カラムで構成されたタブ区切りテキスト でなければなりません
  • 使用できない改行コードを使用している場合、改行コードを LF (unix 形式)、もしくは、CR-LF (windows 形式) に統一してください
  • featurequalifier に誤りがある場合、修正してください # 余計な space が含まれている場合も認識できません

問題が解決しない場合、問い合わせフォーム より、"Data Submission" を選択して お知らせください。.

最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] 複数の塩基配列を入力する方法は? NSSS 登録

5.Sequence において、複数の塩基配列を multi-FASTA format で入力してください。連続したアクセッション番号を発行いたします。
7.Annotation に遷移した際に、各塩基配列に対する annotation をまとめて入力できるようになります。

注意
※ 次の各情報については塩基配列ごとに異なる内容を記載することができなくなります。すべて同一であることが必要です。
  • コンタクトパーソン情報
  • 公開予定日
  • 登録者
  • 論文情報
6.Template において各塩基配列に異なるアノテーション入力用テンプレートを指定することはできません。選択できるテンプレートは1つのみです。
最終更新日:2017年6月16日
[塩基配列登録システム] "Stop codon ‘*’ is found in the range." というエラーが表示されました NSSS 登録

一般的な対応方法については 途中に出現する終止コドンへの対応 をご確認ください。
タンパク質コード配列; CDS feature について も ぜひ ご覧ください。
以下では代表的な事例について説明しています。

1. CDS の読み枠 (フレーム) を示す /codon_start は正しく記載されているでしょうか。
  1, 2, 3 から適切な読み枠を選択してください。

参考:
codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正
[塩基配列登録システム] “First codon [***] is not a start codon.” / “Final codon [***] is not a stop codon.” というエラーが表示されました
[塩基配列登録システム] “Value of [ codon_start ] is not 1, but [###..###] is 5′ complete type.” というエラーが表示されました

2. genetic code が /transl_table に正しく記載されているでしょうか。
下記をご参照の上、genetic code を適切に設定してください。

参考:
The Genetic Codes
/transl_table qualifier について
[塩基配列登録システム] “Invalid value [***] for [transl_table] qualifier.” というエラーが表示されました

3. フレームシフトやナンセンス変異などで、stop codon が実際に生じているでしょうか。
3-1. pseudogene の場合
CDS 横の "Select Qualifier" から /pseudogene を追加してください。/pseudogene には 規定値 でタイプを指定する必要があります。
詳細は b) pseudogene と見做される場合 をご参照ください。

3-2. pseudogene とは断言できない場合、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程、その他理由が不明で stop codon が生じている場合
CDS feature ではなく、misc_feature を用いて記載してください。
詳細は a) nonsense mutation、frame shift などと推定されるが理由不明、または、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程の場合 をご参照ください。

その他ribosomal slippageRNA editing例外的なアミノ酸翻訳IS や Tn などの挿入などでも、このエラーメッセージが出力されることがあります。

最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] CDS feature の翻訳アミノ酸配列 (/translation qualifier) を確認する方法は? NSSS 登録

CDS features のアミノ酸配列を確認するには、以下の操作を行ってください。

1. Mass Submission System より UME_win.zip (Windows 用) または UME_mac.zip (MacOSX 用) をダウンロードしてください。
2. DDBJ 塩基配列登録システムの 8. Finishで、アノテーションファイルと塩基配列ファイルをダウンロードしてください。
3. UME を起動し、アノテーションファイルと塩基配列ファイルを UME に読み込ませ、transChecker Execute をクリックしてください。

この機能については、今後、システムを改良する際に対応していく予定です。

参考
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか
最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] "MGA:No entry name is found other than [ COMMON ], without feature [ DATATYPE/type=MGA ]." というエラーが表示されました NSSS 登録

annotation table に /organism, /mol_type を未入力の状態で [Confirm] をクリックした場合に表示されます。
必要な annotation (feature, location, qualifier) を入力後、[Confirm] をクリックしてください。

7.Annotation で、source 横の [Select Qualifier] をクリックして必要な qualifier を選択したのち、Entry name の横にある [Edit] をクリックし、/organism 等の情報を入力してください。source 以外のアノテーションの入力についても必ず行っていただくようお願いいたします。
参考: 生物名の入力について

最終更新日:2014年7月4日
セカンダリアクセッション番号とは何ですか 更新 書式 検索 登録

DDBJ を含む国際塩基配列データベース が、登録された塩基配列データに対して発行する番号をアクセッション番号 (accession number) と呼んでいます。
DDBJ 公開形式 (flat file) においては ACCESSION 行に記載されています。

複数エントリの統合、大幅な内容変更など、既に登録された塩基配列の更新に相当する場合でも、新規に登録し直して アクセッション番号を発行することがあります。 この際に、新規のアクセッション番号 (プライマリアクセッション番号) に対して、既存のアクセッション番号をセカンダリアクセッション番号とすることがあります。

flat file には、先頭にプライマリアクセッション番号、2つ目以降にセカンダリアクセッション番号を記載します。


ACCESSION   AB999999 AB888888 AB777777
AB999999 -- primary accession number
AB888888 AB777777 -- secondary accession number

通常は、プライマリアクセッション番号とセカンダリアクセッション番号のどちらで検索しても、変更後のデータが返ります。

ただし、セカンダリアクセッション番号のエントリが既に公開済みの場合、データベース上から抹消される訳ではありませんので、getentry では、直接番号を指定することで検索と閲覧が可能です。

参考
最終更新日:2014年7月7日
DDBJ のサービスが推奨するOSとブラウザについて ARSA BLAST NSSS 広報
DDBJ の各サービスは以下の環境で動作確認を行っています。
DDBJ HP
OS:Windows7 以降 , Mac OSX10.9 以降
ブラウザ:Firefox 最新版, Chrome 最新版
塩基配列登録システム
ブラウザ:Firefox , Chrome
D-way 登録システム
ブラウザ:Firefox 最新版, Chrome 最新版
BLAST / ARSA
OS:Windows7 以降 , Mac OSX10.6 以降
ブラウザ:IE10.X , IE9.X , Firefox , Chrome , Safari5.X 以降
尚、上記で推奨するOS・ブ ラウザ等の環境は、予告なく変更する場合があります。
最終更新日:2017年4月5日
登録する塩基配列の長さに制限はありますか MSS NSSS 登録
上限
実際に観測される連続した配列であるならば、塩基配列長の上限はありません。
ただし、染色体を操作的に連結した配列のような場合は受け付けません。染色体毎に個別の配列として受け付けます。
500 kbases より長い配列の場合は、塩基配列登録システム (NSSS) ではなく、Mass Submission System (MSS) から登録をお願いします。
下限
塩基配列長の下限に関してはシステム的な制限は設けていませんが、20 塩基より短い場合は警告しています。
生物学的に意味のある配列ならば、短くても受け付けますが、small RNA 転写産物の全長、特異的なタグ配列などの場合でも 15 塩基程度の長さは必要と考えます。
参考
送付した配列データが登録されないということはあるのですか
DDBJ に登録可能なデータ
最終更新日:2016年2月26日
単一塩基変異 (SNV)、構造多型 (structural variation)、コピー数変異 (CNV) データなどは どこに登録すれば良いのでしょうか 登録 種別

DDBJ では、SNV, CGH analysis, microarray, variation といったデータを扱う公的データベースが存在しませんが、NCBI または EBI にて登録が可能です。
適宜、下記へご登録ください。詳細は各データベースにお尋ねください。

NCBI: Gene Expression Omnibus (GEO), dbSNP, dbVar, ClinVar
EBI: ArrayExpress, European Variation Archive (EVA), Database of Genomic Variants archive (DGVa)

なお、ヒトに由来するデータの場合、下記の何れかのアクセス制限データベースへの登録が必要になることがあります。 The database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP)
European Genome-phenome Archive (EGA)
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)

参考
SNP のデータを DDBJ に登録すると dbSNP にも反映されますか
DNA 多型のデータはどのように記載して登録すれば良いでしょうか
最終更新日:2016年2月26日
Submission可能な塩基配列の形式 (FASTA、multi-FASTA) について MSS NSSS 登録

DDBJ塩基配列登録システム (NSSS)では、FASTA 形式(登録数が1配列の場合)または multi-FASTA 形式(登録数が複数配列の場合)の塩基配列を入力してください。
関連ページ: NSSS入力可能な塩基配列について

MSS から submission を行う場合には、終端子として配列情報終了フラグ(//)の挿入が必要です。MSS 配列ファイル作成概説を参照してください。

参考
ウィキペディア "FASTAフォーマット"

最終更新日:2017年6月16日
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