最終更新日:2014.11.26.

FAQ

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FAQs 7 : Tag = 種別
登録を受け付けているデータの種類を教えてください 登録 種別

登録を受け付けているデータの種類は 登録データ種別 にて、ご確認ください。

登録予定の塩基配列データをどのように登録すべきか不明な場合は

などを ご参照下さい。

不明点は、DDBJ へのお問い合わせの「塩基配列データの登録」よりお問い合わせください。

最終更新日:2014年6月16日
既報の配列に対するアノテーション情報のみを登録することは可能でしょうか 登録 種別

TPA (Third Party Data)登録基準を満たす場合は登録可能です。

最終更新日:2014年8月27日
アミノ酸配列の登録方法を教えてください 登録 種別

通常、塩基配列データに CDS feature を記載することにより、アミノ酸配列を登録することが可能です。
ただし、塩基配列データに基づかないアミノ酸配列は DDBJ では受け付けておりません。
その場合は、UniProt へご登録ください。
UniProt への登録は,EBI のサイトから提供されている SPIN を利用して行うことができます。
登録に関する問い合わせ先は,datasubs@ebi.ac.uk です。

最終更新日:2014年11月26日
EST アセンブルによって得られた配列データは登録可能でしょうか 登録 種別

EST アセンブルのみの登録は受け付けておりませんが、アセンブル前後のデータのセットであれば、TSA として登録を受け付けております。Transcriptome Project のデータ登録 をご参照ください。
アセンブル前の配列データ (primary entries) が、いわゆる次世代シークエンサに由来する場合は DDBJ sequence Read Archive (DRA) に、従来のシークエンサに由来する場合はMass Submission System (MSS) から EST として登録してください。
その上で、de novo でも、map ベースでもアセンブル後の配列データを TSA として、MSS にて登録を受け付けます。

最終更新日:2014年6月16日
次世代シークエンサによって決定された配列は、どのように登録すればよいでしょうか 登録 種別

登録データ種別 をご参照ください。
次世代シークエンサによって決定された配列 (raw reads) については DDBJ sequence Read Archive への登録をお願いします。
また、適宜、Genome Project のデータ登録Transcriptome Project のデータ登録 もご参照ください。
必要に応じて、アセンブル後の配列データを Mass Submission System にて、ご登録ください。

最終更新日:2014年6月16日
RNA seq など配列による発現定量のデータは、どのように登録すればよいですか 登録 種別

配列による発現定量のデータにつきましては、raw reads を DDBJ Sequence Read Archive に ご登録ください。

最終更新日:2014年6月16日
単一塩基変異 (SNV)、構造多型 (structural variation)、コピー数変異 (CNV) データなどは どこに登録すれば良いのでしょうか 登録 種別

DDBJ では、SNV, CGH analysis, microarray, variation といったデータを扱う公的データベースが存在しませんが、NCBI または EBI にて登録が可能です。
適宜、下記へご登録ください。詳細は各データベースにお尋ねください。

NCBI: Gene Expression Omnibus (GEO), dbSNP, dbVar, ClinVar
EBI: ArrayExpress, European Variation Archive (EVA), Database of Genomic Variants archive (DGVa)

なお、ヒトに由来するデータの場合、下記の何れかのアクセス制限データベースへの登録が必要になることがあります。 The database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP)
European Genome-phenome Archive (EGA)
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)

参考
SNP のデータを DDBJ に登録すると dbSNP にも反映されますか
DNA 多型のデータはどのように記載して登録すれば良いでしょうか
最終更新日:2016年2月26日
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