最終更新日:2017.7.5.

FAQ

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FAQs 6 : Tag = 解析
論文に DDBJ を利用したことについて引用したいと思います。文献を紹介してください。 利用 検索 解析

学術論文などで DDBJ について引用いただける場合、通常は、Nucleic Acids Res. Database issue における DDBJ に関する最新論文の引用をお願いいたします。

ただし、以下の点についてご注意ください。

個別の配列データを引用する場合
通常はアクセッション番号を引用することで十分です。
個別のデータに関して詳細な内容について言及する場合は各配列データの primary citation を引用することが適切です。
DDBJが提供する個別のサービスについて引用する場合
通常は各サービスに関するオリジナル論文を引用する方が適切です。
参考:
論文に DDBJ を利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。
論文に遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。
最終更新日:2017年6月28日
DDBJ ではデータの検索・解析サービスを行なっていますか 検索 解析
データの検索・解析は,下記の2つの方法がありますので,どうぞご利用下さい。
最終更新日:2017年7月5日
ClustalW での解析時に BOOTSTRAP を指定することはできますか ClustalW 解析
ClustalW では,全ての解析時に BOOTSTRAP の計算を実行致します。
出力ファイルの最後にある [Download Tree File] を選択して頂くと, .phb ファイルをダウンロードすることができます。

ただし,入力フォームで [FORMAT] と [CLUSTERING] の選択が以下の様な組み合わせのときには .phb ファイルは作成されません。
[FORMAT] [CLUSTERING]
PHYLIP NJ
NEXUS NJ
PHYLIP UPGMA
NEXUS UPGMA
最終更新日:2017年7月5日
ClustalW で3種類の記号 "*", ".", ":" の意味は何ですか ClustalW 解析
そのマークのついているサイトにアラインメントされているアミノ酸が,
"*"では,完全に一致している
":"では,強い類似性のあるグループに属している
"."では,弱い類似性のあるグループに属している
ということを示しています。 強い弱いの基準は,PAM250 MATRIX において,アミノ酸間のスコアが0.5より大きいか,0.5以下かで分けています。 README 抜粋中の
     STA
     NEQK
     :
は,横一行がその印がつくときのアミノ酸のグループを現しています(アミノ酸の一文字記号で書かれています)。

ClustalW のソースパッケージに含まれる README に,以下のような記述があります。
---------------------------------------------------------------------------
12. The conservation line output in the clustal format alignment file has been changed.
Three characters are now used:
'*' indicates positions which have a single, fully conserved residue
':' indicates that one of the following 'strong' groups is fully conserved:-
       STA       NEQK
       NHQK
       NDEQ
       QHRK
       MILV
       MILF
       HY
       FYW
'.' indicates that one of the following 'weaker' groups is fully conserved:-
       CSA
       ATV
       SAG
       STNK
       STPA
       SGND
       SNDEQK
       NDEQHK
       NEQHRK
       FVLIM
       HFY
These are all the positively scoring groups that occur in the Gonnet Pam250
matrix. The strong and weak groups are defined as strong score >0.5 and weak
score =<0.5 respectively.
---------------------------------------------------------------------------
最終更新日:2015年6月8日
論文に遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。 書式 検索 解析

遺伝研スーパーコンピュータシステムの活動は皆様の謝辞で評価されています。
遺伝研スーパーコンピュータシステムの資源を利用して得られた成果を発表される際には、以下の例文の内容を謝辞などにてご記載ください。
文章のつながりから改変することはかまいません。


日本語:本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所が有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。
英 語:Computations were partially performed on the NIG supercomputer at ROIS National Institute of Genetics.


最終更新日:2017年6月26日
論文に DDBJ を利用したことについて謝辞を記載したいと思います。書式を教えてください。 書式 検索 解析

DDBJ のデータベースや検索・解析ツールを利用して得られた成果を発表される際、よろしければ、論文の引用 をお願いいたします。
論文の引用には相当しないとお考えの場合、以下の例文の内容を謝辞などにてご記載いただければ幸いです。
文章のつながりから改変することはかまいません。


日本語:本研究は、DDBJ(DNA Data Bank of Japan)の [データベース、検索・解析ツール名]を利用しました。
英 語:This research was performed using "name of DDBJ Service, analytical tools".


最終更新日:2017年6月27日
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