最終更新日:2015.6.3.

FAQ

キーワードで検索(複数のキーワードを入力する際は,半角スペースで区切って下さい)

タグで検索(NSSS:DDBJ Nucleotide Sequence Submission System , MSS:Mass Submission System)

FAQs 9 : Tag = blast
期待している検索結果が得られません。検索方法が誤っているのでしょうか ARSA BLAST getentry 検索
DDBJ/EMBL/GenBank は各データバンクに登録された配列を相互に交換しており, 総合的には基本的に同じデータを持っています。 ただし,各データバンクが公開したデータを互いに交換し合う際の時間差,更に各バンク内でそのデータを 検索サービスへ反映させる際の時間差により,同じ日の近い時間であっても検索サービスのデータには 微妙な差が存在している可能性があります。 期待している検索結果が得られないのは,これら時間差に負うところが大きいと思いますが, さらに詳細な調査が必要な場合はDDBJ へのお問い合わせ の「その他」から以下の情報をお知らせ下さい。
  • 検索プログラム名や検索を行なった URL
  • 検索条件
  • 検索を行った日時
  • 検索されるはずのエントリのアクセッション番号
  • 検索結果の URL
  • その他
また,FAQ の以下の質問もご参照下さい。
最終更新日:2017年9月8日
DDBJ の検索・解析ソフトの原著論文,関連論文を紹介して下さい BLAST ClustalW 利用 検索
DDBJ HP の 利用の手引き の References をご覧下さい。
最終更新日:2017年7月19日
[BLAST] 検索結果を後で見ることは可能ですか? BLAST 検索

ブラウザを閉じてしまっても、Result Viewer を用いて Request ID から結果を閲覧することができます。

詳細は、BLAST ヘルプの "Result Viewer" をご参照下さい。
なお、検索結果閲覧期間は実行後7日間です。

最終更新日:2017年10月4日
[BLAST] 検索結果の見方を教えてください BLAST 検索
検索結果は下記の順に出力されます。
  1. 相同性スコアの高い配列の順位表
  2. 相同な配列とのアラインメント
  3. パラメータと統計
BLAST の検索結果では,塩基配列の場合は,"|" は塩基配列が一致していることを意味します。 アミノ酸配列の場合は,一致しているアミノ酸が表示されます。 また,類似しているアミノ酸は "+" で表示されます。

詳細は BLAST の原著論文をご参照下さい。

BLAST 原著論文,関連論文および参考文献
最終更新日:2015年6月15日
[BLAST] 入力した配列の一部が「N」(X) に置き換わってしまいました BLAST 検索
入力した配列が,BLAST プログラムによりフィルタリングされたためです。 フィルタリングにより,入力した配列のうち構造の複雑度が低い領域は "N"(アミノ酸配列の場合は "X")に 置き換わります。 フィルタリングの詳細は,BLAST HELP の フィルター をご覧下さい。 フィルタリング機能を OFF にする場合は,設定画面の下の方にある「フィルター」オプションの ラジオボタンで OFF を選択して下さい。 なお,このオプションを OFF にすると検索時間が通常よりかかる場合がありますので,ご注意下さい。
最終更新日:2015年6月3日
[BLAST] 検索結果の表示数が少ない(No Hit Found になってしまう) BLAST 検索
「検索結果一覧の表示数」,「アラインメント表示数」で指定した数より少ない場合,表示数を増やすには,”より詳細な設定” 欄の「期待値」の値を大きくしてお試し下さい。 このような場合は,期待数の値を10000 などと極端に大きくして下さい。 なお,配列が短すぎる場合(配列長が10 前後),BLAST では見つけられないことがよくあります。
最終更新日:2015年6月1日
BLAST の検索結果の表示順にはどのようなルールがありますか? BLAST 検索
BLAST の検索結果は相同性のスコアが高い順に表示されます。スコアが同じ配列には優劣がつけられませんので,表示順に規則性はありません。
最終更新日:2015年6月1日
BLAST の解析結果で表示される E Value は,どのように計算されていますか? BLAST 検索
クエリ配列の長さを l 、データベースに保存されている配列の本数を n 、核酸あるいはアミノ酸同士の相似度を表すスコアを S としたとき、E value は次の式によって書き表さされます。(ただし、k 、m は正の定数です)

E=k*l*n*exp^(-mS)

この式から、BLASTの出力結果は、1E-Xと表示されている場合は、10-X という意味になります。
最終更新日:2017年4月13日
DDBJ のサービスが推奨するOSとブラウザについて ARSA BLAST NSSS 広報
DDBJ の各サービスは以下の環境で動作確認を行っています。
DDBJ HP
OS:Windows7 以降 , Mac OSX10.9 以降
ブラウザ:Firefox 最新版, Chrome 最新版
塩基配列登録システム
ブラウザ:Firefox , Chrome
D-way 登録システム
ブラウザ:Firefox 最新版, Chrome 最新版
BLAST / ARSA
OS:Windows7 以降 , Mac OSX10.6 以降
ブラウザ:IE10.X , IE9.X , Firefox , Chrome , Safari5.X 以降
尚、上記で推奨するOS・ブラウザ等の環境は、予告なく変更する場合があります。
最終更新日:2017年7月5日
問題が解決しない場合はお問い合わせからご連絡下さい。
また,サイト内検索もお試し下さい
ページの先頭へ戻る