最終更新日:2016.4.13.

FAQ

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FAQs 4 : Tag = clustalw
DDBJ の検索・解析ソフトの原著論文,関連論文を紹介して下さい BLAST ClustalW 利用 検索
DDBJ HP の 利用の手引き の Reference をご覧下さい。
最終更新日:2016年4月13日
ClustalW での解析時に BOOTSTRAP を指定することはできますか ClustalW 解析
ClustalW では,全ての解析時に BOOTSTRAP の計算を実行致します。
出力ファイルの最後にある [Download Tree File] を選択して頂くと, .phb ファイルをダウンロードすることができます。

ただし,入力フォームで[FORMAT] と [CLUSTERING] の選択が以下の様な組み合わせのときには .phb ファイルは作成されません。
[FORAMT] [CLUSTERING]
PHYLIP NJ
NEXUS NJ
PHYLIP UPGMA
NEXUS UPGMA
最終更新日:2015年6月8日
ClustalW で3種類の記号 "*", ".", ":" の意味は何ですか ClustalW 解析
そのマークのついているサイトにアラインメントされているアミノ酸が,
"*"では,完全に一致している
":"では,強い類似性のあるグループに属している
"."では,弱い類似性のあるグループに属している
ということを示しています。 強い弱いの基準は,PAM250 MATRIX において,アミノ酸間のスコアが0.5より大きいか,0.5以下かで分けています。 README 抜粋中の
     STA
     NEQK
     :
は,横一行がその印がつくときのアミノ酸のグループを現しています(アミノ酸の一文字記号で書かれています)。

ClustalW のソースパッケージに含まれる README に,以下のような記述があります。
---------------------------------------------------------------------------
12. The conservation line output in the clustal format alignment file has been changed.
Three characters are now used:
'*' indicates positions which have a single, fully conserved residue
':' indicates that one of the following 'strong' groups is fully conserved:-
       STA       NEQK
       NHQK
       NDEQ
       QHRK
       MILV
       MILF
       HY
       FYW
'.' indicates that one of the following 'weaker' groups is fully conserved:-
       CSA
       ATV
       SAG
       STNK
       STPA
       SGND
       SNDEQK
       NDEQHK
       NEQHRK
       FVLIM
       HFY
These are all the positively scoring groups that occur in the Gonnet Pam250
matrix. The strong and weak groups are defined as strong score >0.5 and weak
score =<0.5 respectively.
---------------------------------------------------------------------------
最終更新日:2015年6月8日
ClustalW の解析結果で,"query.ph" や"query.phb" の値が 0 になるのは何故ですか。 ClustalW 解析
考えられる原因として,"query" にしている配列の長さが極端に違う場合や"query" 配列間で重なりがない場合,"query.ph","query.phb" の値がすべて 0 のファイルが作成されます。
(数値がすべて 0 ということは,意味を持たないファイルが作成されたことになります。)
このような場合,"query" 数を減らしたり,重ならない配列を除くなどして,再度実行して下さい。

最終更新日:2014年7月8日
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