最終更新日:2014.7.3.

FAQ

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FAQs 19 : Tag = mss-touroku
DDBJ にアノテーションを付加した塩基配列データを登録する窓口はどこでしょうか MSS NSSS 書式 登録

以下の登録方法があります。

通常は DDBJ 塩基配列登録システムによる登録を推奨しています。
登録件数が非常に多い場合、多数の Feature を持つ場合、長大な配列の場合には MSS での登録が適しています。

最終更新日:2014年7月6日
配列の由来する生物種が特定できない場合、どのように記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

Organism qualifier に記載する生物名 の全般的な説明をご確認ください。
2. 種が同定されていない場合 (新種提唱も含む)
3. 環境サンプル (environmental sample)
の何れかであろうと思われます。適宜、ご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
海水や土壌などの環境から取得したデータは、どのように登録すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

海水や土壌などから生物個体の単離・培養の過程を経ず,PCR, DGGE, あるいは,その他の方法で直接 分子を単離・決定された塩基配列は、ENVとは? – 環境サンプル をご参照ください。
organism qualifier に記載する生物名に関しましては、環境サンプル (environmental sample) をご参照ください。

なお、よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。配列の由来が単離・培養されている個体であれば、環境サンプルとは扱いません。

最終更新日:2014年6月16日
人為的に構築した塩基配列を登録する場合、どのような生物名を記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

organism qualifier に記載する生物名に関しましては、人工的に構築した配列 をご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
feature を推測した根拠を記載するには、どのような方法がありますか MSS NSSS 書式 登録

各 feature に experiment または inference という qualifier を用いて記載することが可能です。

最終更新日:2014年6月16日
塩基配列データの登録は論文が公開されていない場合、作成中・投稿中・投稿予定なし などでも可能ですか MSS NSSS 登録

可能です、というよりも多くの雑誌の投稿規定において、投稿前に塩基配列登録を求められています。
論文の出版・公開に関する欄は下記のように選択してください。

  • 論文投稿の予定がない場合、あるいは、論文作成中・投稿中の場合には [Unpublished]
  • 論文が受理されて印刷中の場合には [In Press]

文献情報は DDBJ のデータ公開形式 (flat file)REFERENCE 2 以降に表示されます。

最終更新日:2014年6月19日
論文の投稿予定がありませんが、どのように REFERENCE を入力すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

DDBJ では、学術論文の投稿予定の有無に関わらず、塩基配列データ の登録を受け付けております。
投稿予定がない場合にも、REFERENCE には以下の項目が入力必須です。

  • status (論文の出版・公開等): [Unpublished]
  • year (年): 仮の西暦年号 (入力中の年号)
  • title: 仮のタイトルを英語で
  • ab_name (authors): 仮の著者 (登録者と同じで可) を略記

また、データ登録後に論文が公表された際は、論文情報を 登録データの修正・更新申し込みの「論文が公開されました」よりご連絡ください。

最終更新日:2017年6月16日
登録者は独りでも問題ありませんか MSS NSSS 書式 登録

塩基配列の修正・更新を行う権利を有するのは登録者のみです。
登録者が一人では、連絡が取れなくなる可能性がありますので、複数の方を登録者に指定いただくことを推奨しております。

参考: 塩基配列データの登録に必要な情報

最終更新日:2014年6月19日
環状ゲノムにおいて、ある feature が最後の塩基から最初の塩基につながる場合、location の記載方法を教えてください MSS NSSS 書式 登録

例えば、全長が199035 bp で CDS feature の location が199001-100 までの場合、
join(199001..199035,1..100)
と記載してください。
その他、一般的な書式は Location の記述法をご確認ください。

最終更新日:2014年6月30日
全ゲノム配列を登録する際に、アノテーションは必要でしょうか MSS 書式 登録

アノテーションは feature として、CDS (タンパク質コード配列)rRNAtRNA などを記載していただくようお願いしております。
詳細は Mass Submission System への登録申し込みの際にお問い合わせください。

最終更新日:2017年6月15日
first name のみの登録者、論文著者は どのように記載すれば よいでしょうか MSS NSSS 書式 登録
MSS の場合
first name のみ記載してください。
登録の際、関連する警告 warning が出力されますが、問題はありませんので無視してください。
塩基配列登録システムの場合
first name に加えてダミーの頭文字を記載してください。
最終確認画面の通信欄 (Submission Information) において、その旨、お知らせください。
最終更新日:2014年7月6日
該当する feature がわかりません MSS NSSS 登録

念のため、feature の説明Feature Table Definition をご参照ください。
feature が不明な場合、misc_feature を選択し、/note qualifier に必要な情報を入力してください。

たとえば、DDBJ は塩基配列のデータベースですので、アミノ酸配列モチーフのような情報は独立した入力項目を準備していません。
しかしながら、misc_feature の /note qualifier へ情報を記載することは可能です。

最終更新日:2014年6月9日
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか MSS NSSS 書式 登録
最終更新日:2014年7月7日
塩基配列登録システム と Mass Submission System どちらを使う方が良いか迷っています MSS NSSS 登録

塩基配列登録システム (Nucleotide Sequence Submission System) は 画面の指示に従って逐次入力し、登録完了します。
Mass Submission System (MSS)では 登録者に全件の登録ファイルを作成していただきます。 また、塩基配列登録システムと異なりファイル作成の段階で DDBJ の記述ルールに照らして査定しますので、DDBJ の担当者と直接やり取りをしていただくことになります。 多件数でも 塩基配列登録システムの template を使用した登録の方が容易という方も、数件でも MSS をご利用される方もおられます。
双方の特徴をご理解いただき、登録システムをご選択ください。

最終更新日:2014年7月3日
Mass Submission System は何件から利用できるのですか MSS 登録

件数に制限はありません。
件数が多い場合は もちろん、1件でも多数の feature を持つ場合、長大な配列の場合に適しています。
登録をご希望の場合は,Mass Submission System をご参照ください。

最終更新日:2014年7月3日
vector 配列のコンタミを除くには どうすればよいでしょうか MSS NSSS 登録

塩基配列登録の前にをご参照ください。
ご登録の前に VecScreen にてご確認をお願いいたします。

最終更新日:2014年7月3日
登録する塩基配列の長さに制限はありますか MSS NSSS 登録
上限
実際に観測される連続した配列であるならば、塩基配列長の上限はありません。
ただし、染色体を操作的に連結した配列のような場合は受け付けません。染色体毎に個別の配列として受け付けます。
500 kbases より長い配列の場合は、塩基配列登録システム (NSSS) ではなく、Mass Submission System (MSS) から登録をお願いします。
下限
塩基配列長の下限に関してはシステム的な制限は設けていませんが、20 塩基より短い場合は警告しています。
生物学的に意味のある配列ならば、短くても受け付けますが、small RNA 転写産物の全長、特異的なタグ配列などの場合でも 15 塩基程度の長さは必要と考えます。
参考
送付した配列データが登録されないということはあるのですか
DDBJ に登録可能なデータ
最終更新日:2016年2月26日
Submission可能な塩基配列の形式 (FASTA、multi-FASTA) について MSS NSSS 登録

DDBJ塩基配列登録システム (NSSS)では、FASTA 形式(登録数が1配列の場合)または multi-FASTA 形式(登録数が複数配列の場合)の塩基配列を入力してください。
関連ページ: NSSS入力可能な塩基配列について

MSS から submission を行う場合には、終端子として配列情報終了フラグ(//)の挿入が必要です。MSS 配列ファイル作成概説を参照してください。

参考
ウィキペディア "FASTAフォーマット"

最終更新日:2017年6月16日
MSS 利用申し込みフォームが表示されません MSS 登録
国・地域によっては、MSS 利用申し込みフォームが表示されない場合があります。 その際は、以下の内容をメールでお送りください。
件名 : MSS 利用申し込み 宛先 : ad_mass 本文 :(*必須)
MSS の利用について
・以前に MSS を利用されたことがありますか? *  はい / いいえ
コンタクトパーソン情報
・Contact person Name *
・Contact person Email address *
・Contact person Affiliation *
登録者情報(コンタクトパーソン以外の方が登録手続きを行う場合に記入してください。)
・Name
・Email address
・Affiliation
登録データの概略
・公開予定日*(下記から選択してください)   登録完了後 即日公開する / 公開予定日を指定する( 年 月 日)
・件数*
・Sequencing Technology * (下記から選択してください、複数選択可) Sanger (gel/capillary) / Roche 454 / Illumina Solexa AB SOLiD / その他
・データ種別*(下記から選択してください、複数選択可)  EST / full length cDNA (HTC) / TSA*1 / GSS complete genome*2 / draft genome*2 (WGS or HTG) / その他
・生物学的概要*(日本語可) (例: Bacillus 属 16S rRNA gene の配列, 1000 bp~1500 bp)
・補足情報(日本語可)
データ種別とは?
*1, *2 を登録する場合は、MSS での登録に先立ち、以下の順序で手続きを行ってください。
BioProject Database で、 BioProject ID を取得してください。
配列の由来(リソース)情報を BioSample Database に登録し、BioSample ID を取得して下さい。
*2 に該当する場合は、以下の手続きも併せて行ってください。
feature annotation を伴うゲノム配列の場合は、locus tag prefix を取得しておく必要があります。 locus_tag prefix は BioProject Database に登録する際に取得します。
ただし、ゲノム全長相当であっても、virus、phage、organelle、あるいは、plasmid のみのような比較的小規模な配列の場合、BioProject ID および locus_tag prefix を取得する必要はありません。
最終更新日:2017年8月18日
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