最終更新日:2017.11.27.

FAQ

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FAQs 35 : Tag = nsss-touroku
DDBJ 塩基配列登録システムを使って登録済みデータを修正できますか NSSS 更新

DDBJ 塩基配列登録システム はデータ登録専用のツールですので、登録済みデータの修正には対応していません。
修正・更新に関しましては 登録データの修正・更新 をご参照ください。

最終更新日:2014年7月6日
DDBJ にアノテーションを付加した塩基配列データを登録する窓口はどこでしょうか MSS NSSS 書式 登録

以下の登録方法があります。

通常は DDBJ 塩基配列登録システムによる登録を推奨しています。
登録件数が非常に多い場合、多数の Feature を持つ場合、長大な配列の場合には MSS での登録が適しています。

最終更新日:2014年7月6日
配列の由来する生物種が特定できない場合、どのように記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

Organism qualifier に記載する生物名 の全般的な説明をご確認ください。
2. 種が同定されていない場合 (新種提唱も含む)
3. 環境サンプル (environmental sample)
の何れかであろうと思われます。適宜、ご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
海水や土壌などの環境から取得したデータは、どのように登録すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

海水や土壌などから生物個体の単離・培養の過程を経ず,PCR, DGGE, あるいは,その他の方法で直接 分子を単離・決定された塩基配列は、ENVとは? – 環境サンプル をご参照ください。
organism qualifier に記載する生物名に関しましては、環境サンプル (environmental sample) をご参照ください。

なお、よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。配列の由来が単離・培養されている個体であれば、環境サンプルとは扱いません。

最終更新日:2014年6月16日
人為的に構築した塩基配列を登録する場合、どのような生物名を記載すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

organism qualifier に記載する生物名に関しましては、人工的に構築した配列 をご参照ください。

最終更新日:2014年6月16日
feature を推測した根拠を記載するには、どのような方法がありますか MSS NSSS 書式 登録

各 feature に experiment または inference という qualifier を用いて記載することが可能です。

最終更新日:2014年6月16日
塩基配列データの登録は論文が公開されていない場合、作成中・投稿中・投稿予定なし などでも可能ですか MSS NSSS 登録

可能です、というよりも多くの雑誌の投稿規定において、投稿前に塩基配列登録を求められています。
論文の出版・公開に関する欄は下記のように選択してください。

  • 論文投稿の予定がない場合、あるいは、論文作成中・投稿中の場合には [Unpublished]
  • 論文が受理されて印刷中の場合には [In Press]

文献情報は DDBJ のデータ公開形式 (flat file)REFERENCE 2 以降に表示されます。

最終更新日:2014年6月19日
論文の投稿予定がありませんが、どのように REFERENCE を入力すればよいでしょうか MSS NSSS 書式 登録

DDBJ では、学術論文の投稿予定の有無に関わらず、塩基配列データ の登録を受け付けております。
投稿予定がない場合にも、REFERENCE には以下の項目が入力必須です。

  • status (論文の出版・公開等): [Unpublished]
  • year (年): 仮の西暦年号 (入力中の年号)
  • title: 仮のタイトルを英語で
  • ab_name (authors): 仮の著者 (登録者と同じで可) を略記

また、データ登録後に論文が公表された際は、論文情報を 登録データの修正・更新申し込みの「論文が公開されました」よりご連絡ください。

最終更新日:2017年6月16日
登録者は独りでも問題ありませんか MSS NSSS 書式 登録

塩基配列の修正・更新を行う権利を有するのは登録者のみです。
登録者が一人では、連絡が取れなくなる可能性がありますので、複数の方を登録者に指定いただくことを推奨しております。

参考: 塩基配列データの登録に必要な情報

最終更新日:2014年6月19日
アミノ酸置換を伴う1塩基置換を記述する方法を教えてください NSSS 書式 登録

一般的に variation feature を指定し replacenote qualifier を用いて記述します。
DDBJ 塩基配列登録システムの場合、template で other を選択してください。
書式は登録の見本にて F01) polymorphism and variation を参照してください。

最終更新日:2014年7月6日
環状ゲノムにおいて、ある feature が最後の塩基から最初の塩基につながる場合、location の記載方法を教えてください MSS NSSS 書式 登録

例えば、全長が199035 bp で CDS feature の location が199001-100 までの場合、
join(199001..199035,1..100)
と記載してください。
その他、一般的な書式は Location の記述法をご確認ください。

最終更新日:2014年6月30日
first name のみの登録者、論文著者は どのように記載すれば よいでしょうか MSS NSSS 書式 登録
MSS の場合
first name のみ記載してください。
登録の際、関連する警告 warning が出力されますが、問題はありませんので無視してください。
塩基配列登録システムの場合
first name に加えてダミーの頭文字を記載してください。
最終確認画面の通信欄 (Submission Information) において、その旨、お知らせください。
最終更新日:2017年11月27日
アクセッション番号の連絡がありませんが、データ送付後 番号発行まで何日かかりますか NSSS 登録

原則として、アクセッション番号は DDBJ がデータを受け取りましてから、休日 を除く、5業務日以内 に コンタクトパーソンのメールアドレス宛に Subject: [DDBJ] Assigned Accession No. で通知されます。
業務日に関しましては、DDBJ Calendar をご参照ください。
それを過ぎても アクセッション番号の通知、あるいは、登録内容に関する問い合わせなどがない場合は、コンタクトパーソンのメールアドレスを明記の上、DDBJへのお問い合わせ よりご連絡ください。

念のため、ご自身の迷惑メール対策機能をご確認ください。

DDBJ 塩基配列登録システムをご利用の場合は,まず "DDBJ: Web submission completed" という subject のメールが届いているかどうかを確認してください。 このメールはデータを受け付けた際にコンタクトパーソンのメールアドレス宛に自動送信されます。

メールが届いていない場合
登録が完了していない可能性があります。登録途中ということですので登録を完了させてください。
メールが届いている場合
データが受け付けられているにもかかわらず、DDBJ から何の連絡もない場合はコンタクトパーソンのメールアドレスと [EntryID] を明記の上 DDBJへのお問い合わせ よりご連絡ください。
最終更新日:2014年7月6日
該当する feature がわかりません MSS NSSS 登録

念のため、feature の説明Feature Table Definition をご参照ください。
feature が不明な場合、misc_feature を選択し、/note qualifier に必要な情報を入力してください。

たとえば、DDBJ は塩基配列のデータベースですので、アミノ酸配列モチーフのような情報は独立した入力項目を準備していません。
しかしながら、misc_feature の /note qualifier へ情報を記載することは可能です。

最終更新日:2014年6月9日
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか MSS NSSS 書式 登録
最終更新日:2014年7月7日
塩基配列登録システム と Mass Submission System どちらを使う方が良いか迷っています MSS NSSS 登録

塩基配列登録システム (Nucleotide Sequence Submission System) は 画面の指示に従って逐次入力し、登録完了します。
Mass Submission System (MSS)では 登録者に全件の登録ファイルを作成していただきます。 また、塩基配列登録システムと異なりファイル作成の段階で DDBJ の記述ルールに照らして査定しますので、DDBJ の担当者と直接やり取りをしていただくことになります。 多件数でも 塩基配列登録システムの template を使用した登録の方が容易という方も、数件でも MSS をご利用される方もおられます。
双方の特徴をご理解いただき、登録システムをご選択ください。

最終更新日:2014年7月3日
vector 配列のコンタミを除くには どうすればよいでしょうか MSS NSSS 登録

塩基配列登録の前にをご参照ください。
ご登録の前に VecScreen にてご確認をお願いいたします。

最終更新日:2014年7月3日
[塩基配列登録システム] 登録作業を中断したり再開したりするには、どうすれば良いですか NSSS 登録

入力を中断・再開するには をご参照ください。

最終更新日:2014年7月4日
[塩基配列登録システム] 1つの塩基配列に複数の feature を記載する方法は? NSSS 登録

6. template において a) other を選択して [Input annotation] をクリックするか、b) [Upload annotation file] をクリックしてください。
a) の場合、7.Annotation (Template で other を選択した際のアノテーション入力について) をご参照ください。
b) の場合、7.Annotation: annotation file のアップロードによるsubmit をご参照ください。

最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] DEFINITION に相当する入力欄が見つかりません NSSS 登録

DEFINITION は記述ルールに従って DDBJ 側で作成しますので、入力欄はありません。

最終更新日:2014年7月6日
[塩基配列登録システム] 入力画面上に入力したい qualifier の欄がありません NSSS 登録

[Select Qualifier] をクリックし、必要な qualifier にチェックを入れて [Save] することで qualifier 入力欄が 7.Annotation の入力画面に追加されます。

関連で 6. template において "other" を選択した場合、source 以外の feature は登録者ご自身で選択して追加する必要があります。
[Add feature] をクリックし、リストから選択してください。

参考
7.Annotation (Templateでotherを選択した際のアノテーション入力について)
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] "First codon [***] is not a start codon." / "Final codon [***] is not a stop codon." というエラーが表示されました NSSS 登録

これらの error message は CDS (protein coding sequence) feature のアミノ酸翻訳の結果が、5'末端 または 3'末端において適切ではなかったことを示しています。
当該 CDS が全長ではなく部分配列の場合、その feature location には部分配列であることを示すフラグが必要です。
部分配列の場合、location の記述法に示されている記載ルールに従い、5' end not complete を示す "<"、3' end not complete を示す ">" のフラグを適切に加えて入力してください。

例: CDS が 1..295 である場合の部分配列記述
location 状況
<1..295 開始コドンで始まらない、かつ、終止コドンで終わる
1.. >295 開始コドンで始まり、かつ、終止コドンで終わらない
<1.. >295 開始コドンで始まらない、かつ、終止コドンで終わらないとき
参照
[塩基配列登録システム] “Stop codon ‘*’ is found in the range.” というエラーが表示されました
codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正
最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] "To use [translation] qualifier, [exception] qualifier is required in the [CDS] feature." というエラーが表示されました NSSS 登録

この error message は CDS feature において [Select Qualifier] で /translation を選択した場合に出力されます。
通常、/translation qualifier は CDS feature の情報を基に自動翻訳した結果を出力しますので、登録者側で記載する必要はありません。
/translation qualfier を削除することで、エラーは解消します。

参考までに /translation qualifier は、/exception qualifier を記載した際にのみ記載します。
典型的には RNA editing が原因でゲノム配列を元に自動翻訳したアミノ酸配列と 実際の mRNA 分子から翻訳されるアミノ酸配列 が異なる場合に記載します。

参考
登録の見本: B09) RNA editing
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか
[塩基配列登録システム] CDS feature の翻訳アミノ酸配列 (/translation qualifier) を確認する方法は?
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか
最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] "Invalid value [***] for [transl_table] qualifier." というエラーが表示されました NSSS 登録

このエラーは genetic code が正しく指定されていない場合に起こります。
7.Annotation – 生物名の入力について をご参照ください。
genetic code には数値を入力して指定してください。
CDS feature を入力する際の /transl_table qualifier に反映されます。

なお、既報の生物の場合、Scientific name (/organism qualifier) と /organelle qualifier が正しく記載されていれば、自動的に genetic code が補完されて設定されます。
配列が核以外の organelle に由来する場合、organelle を正しく指定してください。

参考
7.Annotation
7.Annotation – 生物名の入力について
The Genetic Codes
/transl_table qualifier について
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] 次の入力画面に進もうとしたところ、しばらく待ってもページが表示されません。 NSSS 登録

まず、作業途中のページの URL を保存してください。

次に、ブラウザのキャッシュを削除してから、再度、保存した URL にアクセスし直してください。
状況が改善されることがあります。

また、ご利用のブラウザが 推奨している Firefox、または、Chrome ではない可能性が高いと思われますので、ご確認ください。
該当する場合、ブラウザを Firefox、または、Chrome に変更して、保存した URL にアクセスし直してください。

それでも状況が改善されない場合、あるいは、上記に該当しない場合は、お問い合わせ の「DDBJ 塩基配列登録システム」から 以下の情報を お知らせください。

  • URL
  • 配列の数
  • OS: Windows, MacOSX, Linux の別とそのバージョン
  • ブラウザとそのバージョン
最終更新日:2017年6月15日
[塩基配列登録システム] "Value of [ codon_start ] is not 1, but [###..###] is 5' complete type." というエラーが表示されました NSSS 登録

Location、または、/codon_start の記述が正しくない可能性があります。
/codon_start の値が「2」 または「3」 の場合、CDS feature location は 5' 側が部分配列指定になっている必要があります。
Location の記述法 に従い、5' 側が not complete であることを示す、例えば <1..300 のような、書式に修正してください。
CDS feature が開始コドンで始まっている場合は、/codon_start を「1」 に修正してください。

参考: codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正

最終更新日:2014年7月6日
[塩基配列登録システム] 画面を戻って入力済の内容を修正可能でしょうか NSSS 登録

登録を完了させる前であれば、可能です。
画面上部のプログレスバー内の 1.Contact person 2.Hold date 3.Submitter 4.Reference 5.Sequence 6.Template 7.Annotation を それぞれ クリックすることで各画面に戻り、修正することができます。


注意
7.Annotation の画面でアノテーションを入力後、以下の操作を行うと入力したアノテーションが消去される仕様になっております。
  • 5.Sequence 画面に戻って配列を変更する
  • 6.Template 画面に戻ってテンプレートを変更する
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] アノテーションファイルを upload することができません NSSS 登録

以下の点を確認の上、修正を行ってください

  • 塩基配列の entry name と annotation file 中の entry name が一致していなければなりません
  • アノテーションファイルの書式は 5カラムで構成されたタブ区切りテキスト でなければなりません
  • 使用できない改行コードを使用している場合、改行コードを LF (unix 形式)、もしくは、CR-LF (windows 形式) に統一してください
  • featurequalifier に誤りがある場合、修正してください # 余計な space が含まれている場合も認識できません

問題が解決しない場合、問い合わせフォーム より、"Data Submission" を選択して お知らせください。.

最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] 複数の塩基配列を入力する方法は? NSSS 登録

5.Sequence において、複数の塩基配列を multi-FASTA format で入力してください。連続したアクセッション番号を発行いたします。
7.Annotation に遷移した際に、各塩基配列に対する annotation をまとめて入力できるようになります。

注意
※ 次の各情報については塩基配列ごとに異なる内容を記載することができなくなります。すべて同一であることが必要です。
  • コンタクトパーソン情報
  • 公開予定日
  • 登録者
  • 論文情報
6.Template において各塩基配列に異なるアノテーション入力用テンプレートを指定することはできません。選択できるテンプレートは1つのみです。
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] "Stop codon ‘*’ is found in the range." というエラーが表示されました NSSS 登録

一般的な対応方法については 途中に出現する終止コドンへの対応 をご確認ください。
タンパク質コード配列; CDS feature について も ぜひ ご覧ください。
以下では代表的な事例について説明しています。

1. CDS の読み枠 (フレーム) を示す /codon_start は正しく記載されているでしょうか。
  1, 2, 3 から適切な読み枠を選択してください。

参考:
codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正
[塩基配列登録システム] “First codon [***] is not a start codon.” / “Final codon [***] is not a stop codon.” というエラーが表示されました
[塩基配列登録システム] “Value of [ codon_start ] is not 1, but [###..###] is 5′ complete type.” というエラーが表示されました

2. genetic code が /transl_table に正しく記載されているでしょうか。
下記をご参照の上、genetic code を適切に設定してください。

参考:
The Genetic Codes
/transl_table qualifier について
[塩基配列登録システム] “Invalid value [***] for [transl_table] qualifier.” というエラーが表示されました

3. フレームシフトやナンセンス変異などで、stop codon が実際に生じているでしょうか。
3-1. pseudogene の場合
CDS 横の "Select Qualifier" から /pseudogene を追加してください。/pseudogene には 規定値 でタイプを指定する必要があります。
詳細は b) pseudogene と見做される場合 をご参照ください。

3-2. pseudogene とは断言できない場合、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程、その他理由が不明で stop codon が生じている場合
CDS feature ではなく、misc_feature を用いて記載してください。
詳細は a) nonsense mutation、frame shift などと推定されるが理由不明、または、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程の場合 をご参照ください。

その他ribosomal slippageRNA editing例外的なアミノ酸翻訳IS や Tn などの挿入などでも、このエラーメッセージが出力されることがあります。

最終更新日:2014年7月7日
[塩基配列登録システム] CDS feature の翻訳アミノ酸配列 (/translation qualifier) を確認する方法は? NSSS 登録

CDS features のアミノ酸配列を確認するには、以下の操作を行ってください。

1. Mass Submission System より UME_win.zip (Windows 用) または UME_mac.zip (MacOSX 用) をダウンロードしてください。
2. DDBJ 塩基配列登録システムの 8. Finishで、アノテーションファイルと塩基配列ファイルをダウンロードしてください。
3. UME を起動し、アノテーションファイルと塩基配列ファイルを UME に読み込ませ、transChecker Execute をクリックしてください。
参考
アミノ酸配列 (/translation qualifier) は どのようにして入力するのでしょうか
/translation qualifier で示されるアミノ酸配列の翻訳は間違いではないでしょうか
最終更新日:2017年11月27日
[塩基配列登録システム] "MGA:No entry name is found other than [ COMMON ], without feature [ DATATYPE/type=MGA ]." というエラーが表示されました NSSS 登録

annotation table に /organism, /mol_type を未入力の状態で [Confirm] をクリックした場合に表示されます。
必要な annotation (feature, location, qualifier) を入力後、[Confirm] をクリックしてください。

7.Annotation で、source 横の [Select Qualifier] をクリックして必要な qualifier を選択したのち、Entry name の横にある [Edit] をクリックし、/organism 等の情報を入力してください。source 以外のアノテーションの入力についても必ず行っていただくようお願いいたします。
参考: 生物名の入力について

最終更新日:2017年11月27日
DDBJ のサービスが推奨するOSとブラウザについて ARSA BLAST NSSS 広報
DDBJ の各サービスは以下の環境で動作確認を行っています。
DDBJ HP
OS:Windows7 以降 , Mac OSX10.9 以降
ブラウザ:Firefox 最新版, Chrome 最新版
塩基配列登録システム
ブラウザ:Firefox , Chrome
D-way 登録システム
ブラウザ:Firefox 最新版, Chrome 最新版
BLAST / ARSA
OS:Windows7 以降 , Mac OSX10.6 以降
ブラウザ:IE10.X , IE9.X , Firefox , Chrome , Safari5.X 以降
尚、上記で推奨するOS・ブラウザ等の環境は、予告なく変更する場合があります。
最終更新日:2017年7月5日
登録する塩基配列の長さに制限はありますか MSS NSSS 登録
上限
実際に観測される連続した配列であるならば、塩基配列長の上限はありません。
ただし、染色体を操作的に連結した配列のような場合は受け付けません。染色体毎に個別の配列として受け付けます。
500 kbases より長い配列の場合は、塩基配列登録システム (NSSS) ではなく、Mass Submission System (MSS) から登録をお願いします。
下限
塩基配列長の下限に関してはシステム的な制限は設けていませんが、20 塩基より短い場合は警告しています。
生物学的に意味のある配列ならば、短くても受け付けますが、small RNA 転写産物の全長、特異的なタグ配列などの場合でも 15 塩基程度の長さは必要と考えます。
参考
送付した配列データが登録されないということはあるのですか
DDBJ に登録可能なデータ
最終更新日:2016年2月26日
Submission可能な塩基配列の形式 (FASTA、multi-FASTA) について MSS NSSS 登録

DDBJ塩基配列登録システム (NSSS)では、FASTA 形式(登録数が1配列の場合)または multi-FASTA 形式(登録数が複数配列の場合)の塩基配列を入力してください。
関連ページ: NSSS入力可能な塩基配列について

MSS から submission を行う場合には、終端子として配列情報終了フラグ(//)の挿入が必要です。MSS 配列ファイル作成概説を参照してください。

参考
ウィキペディア "FASTAフォーマット"

最終更新日:2017年11月27日
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