BLAST ヘルプ

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• ブラウザについて
• Data Sets について
• 検索のオプション（パラメータの指定）
• 検索結果表示について
• 結果中のアクセッション番号の検索・表示
• ClustalW Set up
• Result Viewer
• 原著論文，関連論文および参考文献

ブラウザについて

本システムは、以下のブラウザで動作確認を行なっております。その他のブラウザでは動作不良となる場合がありますのでご注意下さい。
（表中の　* は，2013.04.08 時点での最新版です）

Program：プログラム

解析の用途に合わせ，以下のプログラムのいずれかを左カラムより選択します。
デフォルトでは，blastn が設定されてます。megablast は新たに追加されたプログラムです。

Query：検索配列名，検索配列データ

• FASTA 形式で検索配列を入力して下さい。
• データを直接テキストボックスに入力するか，データを格納したファイルを指定（ファイルアップロード機能）します。
• 検索する配列が複数の場合は，各配列を区別するために配列名が必要です。先頭に「>」をつけた配列名の行を各配列の前においてください (multi FASTA 形式)。
• 検索する配列がひとつの場合は，配列名は必要ありません。配列名をつける場合は，先頭に「>」をつけた配列名の行を配列の前において下さい。

 
配列サイズが巨大な場合，配列数が多い場合など，以下のような理由で結果を正常に取得出来ない場合があります。
    ・結果が巨大になりブラウザで表示出来ない
    ・メモリ枯渇で異常終了となる
    ・検索時間が長くなり過ぎてタイムアウトする
そのような場合は，配列数を少なくするか配列を短くする等して再度お試し下さい。

結果の受け取り方法

検索結果を WWW 画面に表示するか、E-Mailで取得するかを選択します。
 

Result Viewer

ブラウザを閉じてしまっても、Request ID から結果を閲覧することができます。

Data Sets

塩基配列    （データベース，DIVISION）

検索対象となるデータベースを指定します。 以下の選択肢からひとつを選びます。

検索対象とする DIVISION を指定します。以下の選択肢から指定が可能です(複数可)。デフォルトでは、Standard divisions のうち　SYN, ENV を除いた 10 divisions が選択されています。 EST については登録数の多い21種のデータから選択することが出来ます。

*特許データの利用に際しては，特許データ利用に関する注意をご参照ください。
**DDBJ 定期リリース+ 新着データ

アミノ酸配列    （データベース）

デフォルトは　UniProt (Swiss-Prot + TrEMBL)　です。

Optional Parameters

SCORES：検索結果一覧の表示数

相同性スコアの順位表を，第何位まで表示するかを指定します。
デフォルトは100位までです。
検索結果に期待される対象が含まれない場合，この値をより大きな値にすると，結果が改善される可能性があります。

ALIGNMENTS：整列 （アライメント）

相同な配列との整列を，相同性スコアの順で第何位まで表示させるかを指定します。
検索結果に期待される対象が含まれない場合，この値をより大きな値にすると，結果が改善される可能性があります。

EXPECT：期待値

出力される配列に関して統計的な閾値を指定します。デフォルトは１０ですが，これは偶然に一致する配列が１０本あるという条件を意味しており，この条件よりも偶然に一致する配列が少ないと統計的に計算された配列が出力されます。
多くの相同な配列を出力させるには，この値を大きく指定します。逆に，非常に高い相同性を持つ配列だけを出力させるには，この値を小さく指定します。
また，指数表記で指定可能です。(例：1.0E+1)

SCORING MATRIX：アミノ酸置換表

アミノ酸配列の置換行列の表を指定します。
blastx, blastp, tblastn, tblastx で指定可能です。指定可能な置換行列は以下のとおりです。
デフォルトでは BLOSUM62 が設定されます。

FILTER：フィルター

検索配列データのフィルタリング(マスキング)を指定します。デフォルトではフィルタリングを行います。
フィルタリングにより，問い合わせ配列のうち構造の複雑度が低い領域を無視することができます。
一般に proline-rich 領域や poly-A tail などの領域は構造的な偏りが反映されて異常に高いスコアで一致する傾向がありますが，フィルタリングによりそのような有意でない一致を結果から除くことができます。
blastn 使用時には Tatusov and Lipman によるDUSTプログラムにより，他の場合は Wootton & Federhen (Computers and Chemistry, 1993) による SEG プログラムによりフィルタリングされます。
フィルタプログラムによって見つけられた低複雑度領域は，塩基配列の場合 "N"，アミノ酸配列の場合 "X" の文字で置き換えられます。

WORD SIZE

自然数を入力します。デフォルトでは blastn の megablast の場合は 28，blastn の blastn の場合は11，
blastp，blastx，tblastn，tblastx の場合は 3 です。
blastn の場合は，wordsize を 11 以外の数に変えるべきではありません。

Request ID，検索結果表示

Request ID

検索実行後の画面に Request ID が表示されますので，必ず控えて下さい。（問い合わせや Result Viewer （後述）で結果を見たい時などに必要です）
（注意：2013.03 の改訂により、結果画面の URL に Request ID が含まれなくなりました）



例）　　Request ID: wabi_blast_2013-0314-1407-23-16-946732
 

結果中のアクセッション番号の検索・表示

該当するアクセッション番号にチェックを入れて、"getentry"　ボタンをクリックすると、getentry　の結果が表示されます。

Result Viewer

ブラウザを閉じてしまっても、Request ID から結果を閲覧することができます。

 

検索結果閲覧期間

実行後，７日間です。
 

ClustalW Set up

チェックボックスで ClustalW で解析を行いたい配列を選択して"ClustalW"　ボタンをクリックすると、選択した配列が入力された状態でClustalW 画面が開きます。

 

原著論文，関連論文および参考文献

原著論文

• Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402.

関連論文

• Zhang J, Madden TL. (1997) PowerBLAST: A New Network BLAST Application for Interactive or Automated Sequence Analysis and Annotation. Genome Res.7(6):649-656.
• Madden TL, Tatusov RL, Zhang J. (1996) Applications of network BLAST server. Methods Enzymol. 266:131-141.
• Gish W, States DJ. (1993) Identification of protein coding regions by database similarity search. Nat Genet. 3(3):266-272.
• Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 215(3):403-10.
• Karlin S, Altschul SF. (1990) Methods for assessing the statistical significance of molecular sequence features by using general scoring schemes. Proc Natl Acad Sci U S A. 87(6):2264-2268.

参考文献

• 「改訂　第２版　バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法」（羊土社）
  編集／中村保一，石川　淳，磯合　敦，平川美夏，坊農秀雅      ISBN978-4-7581-0811-9
• [BLAST] Ian Korf, Mark Yandell and Joseph Bedell, OREILLY