最終更新日:2015.8.31.

TXSearch ヘルプ

TXSearch について

TXSearch は、DDBJ が提供する NCBI Taxonomy の検索システムです。国際塩基配列データベース(INSD) にデータを登録する際には、NCBI Taxonomy に基づいた生物名の表記を使用する必要があります。

TXSearch でできること

新TXSearch の使用方法(ウェブ検索フォームから)

検索する

トップページ(Tree画面):http://ddbj.nig.ac.jp/tx_search/

txhelp01_top-j

検索フォームへの入力方法

検索フォームのテキスト入力欄に検索したい名前や数字を入力し、「送信」をクリックまたはリターンキーを押します。

txhelp03-searchbox

  • テキスト入力欄にスペースで区切った複数の単語を入力すると、AND検索されます。
  • Example を利用することもできます。
  1. 検索ボックス下の"Example" をクリックすると、いくつか簡単な例が表示されます。(1)
  2. 例の中から1つを選んでクリックすると、検索ボックスに入力されます。(2)
  3. 生物名やtaxonomy_id などを、検索したいものに変更します。(3)

    txhelp02-search

  • デフォルトでは以下のフィールドを検索します。
    tax_id
    scientific_name
    common_name
    synonym
    acronym
    anamorph
    teleomorph
    authority
    blast_name
    equivalent_name

    in_part
    includes
    misnomer
    misspelling
    type_material
  • 特定のフィールドに限定して検索する場合には、フィールド名を指定します。
  • 結果が1000件を超える場合は最初(scientific_name で昇順)の 1000件分のみ結果を返します。この表示件数の上限を変更することはできません。結果が 1000件以下になるように絞り込み検索を行ってください。
  • 1文字のワイルドカード"?"と複数文字のワイルドカード"*"が使用できます。
  • 論理演算子(AND, OR, NOT)は以下のように入力します。
  • AND スペース または AND または &&
    OR OR または ||
    NOT NOT

絞り込み検索

複数フィールドの組み合わせや、フィールド名を指定して絞り込み検索を行います。

  • 結果が1000件を超える場合は最初(scientific_name で昇順)の 1000件分のみ結果を返します。この表示件数の上限を変更することはできませんので、絞り込み検索を行って1000件以下になるようにしてください。
  • テキスト入力欄に solr の standard query parser parameters の q パラメータを入力することで、より詳細な検索ができます
  • フィールドの指定方法
    フィールド名:値(例 tax_id:9606)
  • 複数フィールドの指定方法
    "フィールド名:値" を論理演算子をはさんで並べます(例 scientific_name:(Homo Sapiens) && rank:species)
  • 検索に使用できるフィールド名は以下の通りです
  • 検索に使用できるフィールド名
    tax_id
    scientific_name
    common_name
    synonym
    acronym
    anamorph
    teleomorph
    authority
    blast_name
    equivalent_name
    in_part
    includes
    misnomer
    misspelling
    type_material
    フィールド名を指定すれば絞り込み検索が可能となります。
    フィールド名を指定しない場合、これらのフィールド全てを検索します。
    lineage
    rank
    フィールド名の指定が必要です。

  • 完全一致検索の場合には、フィールド名を以下のように指定します。
  • scientific_name_ex
    common_name_ex
    synonym_ex
    acronym_ex
    anamorph_ex
    teleomorph_ex
    authority_ex
    blast_name_ex
    equivalent_name_ex
    in_part_ex
    includes_ex
    misnomer_ex
    misspelling_ex
    type_material_ex

検索の入力例

入力文字列 検索内容
human AND lineage:Mammalia デフォルト検索フィールドに "human "を含み linage が Mammalia であるものを検索
human AND rank:subspecies デフォルト検索フィールドに "human "を含み rank: が subspecies であるものを検索
human AND NOT(lineage:Eukaryota) デフォルト検索フィールドに "human "を含み linage が Eukaryota でないものを検索
tax_id:9606 tax_id が 9606 を検索
Homo Sapiens デフォルト検索フィールド内で Homo (AND) Sapiens を検索
scientific_name:"Homo sapiens" scientific_name が "Homo sapiens" を検索
scientific_name:(Homo sapiens) scientific_name に "Homo”と "sapiens" を含むものを検索
scientific_name:Homo sapiens scientific_name に"Homo" を含み、デフォルト検索フィールドに "sapiens" を含むものを検索
scientific_name_ex:"Homo sapiens" scientific_name が "Homo sapiens" であるものを検索(完全一致)
(注意)名前にスペースが含まれる場合、前後に " (ダブルクォート) をつけることが必須です。
50000 デフォルト検索フィールドに "50000" を含むものを検索
("Crinipellis sp. GDGM 50000" のように 名前に"50000" を含むものと、tax_id が "50000" の "Sarracenia alabamensis" がヒットします。どちらか一方のみを検索したい場合には、フィールド名を指定します。)
tax_id:(741158 OR 63221)
または
tax_id:(741158 || 63221)
tax_id が 741158 または 63221 を検索
scientific_name:(Acetobacter c*) scientific_name に "Acetobacter" と "C で始まる0文字以上の任意の文字列" を含むものを検索
scientific_name:(Acetobacter sp*) scientific_name に "Acetobacter" と "spで始まる0文字以上の任意の文字列" を含むものを検索
tax_id:960? tax_id が 960? (? は任意の1文字)を検索

検索結果

Search Result(Taxon Information 画面)

検索フォームから検索した場合の結果表示画面です。
txhelp04-result02

  • 指定した taxonomy id の taxon の scientific name, taxonomy id, rank, division code, genetic code, mitochondrial genetic code, scientific name 以外の name class の名前, lineage が表示されます。
  • taxonomy id は NCBI Taxonomy Browser へリンクしています。
  • genetic code id, mitochondrial genetic code id は Genetic code table へリンクしています。
  • lineage 中の名前は、その taxon をトップにしたツリー画面へリンクしています。

Tree 画面

Search Result/Taxon Information 画面で lineage 中の名前をクリックすると、その taxon をトップにしたツリー画面が表示されます。

txhelp05result_tree-j

  • scientific name はTaxon Information画面へのリンク。(1)
    taxonomy id は NCBI Taxonomy Browser へのリンクになっています。(2)
  • scientific name の左にある三角形のアイコンをクリックすると、その taxon の下の階層のツリーを開閉します。(3)
  • ツリーのトップの scientific name の右にある↑をクリックすると、1階層上がったツリーを表示します。この時、表示する階層数が1つ増やされます。(4)
  • URL 中の depth パラメータの値を変更すると表示する階層数が変更されます。

taxonomy_id や検索語 をURL に含めた表示方法

taxonomy_id や検索語を含んだ URL を指定して、検索結果を直接表示したり Taxon Information ページ、またはツリー画面にリンクを張ることができます。

taxonomy_id をURL に含める場合

使用できるパラメータ

  • id(必須):taxonomy_id
  • view:表示画面の指定
  • depth:ツリー画面で表示する階層

パラメータの詳細


id(必須): 検索対象の taxonomy_id を指定します。

入力例


view: 表示画面を指定します。省略した場合は ツリー画面 が指定されます。

入力例


depth: 表示するツリーの階層数を指定します。省略した場合は 2 が指定されます。

入力例

検索語をURL に含める場合

URL の指定方法

http://ddbj.nig.ac.jp/tx_search/search?query=xxx&lang=en
(xxxの部分に検索語が入ります。)

入力例

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