データベース検索
- getentry
- アクセッション番号などによるエントリの検索
- ARSA
- 高速なキーワード検索
- TXSearch
- 生物分類データベース検索
- BLAST
- 相同性検索
- DDBJ Vector Screening System
- ベクター配列データベースを対象にした相同性検索サービス
系統解析
- ClustalW
- 塩基配列・アミノ酸配列の多重整列と系統樹作成
遺伝子発現データの登録
- CIBEX ※一時中断
- 遺伝子発現 DB・国際標準の MIAME 形式によるデータ登録と検索
ゲノム解析
- GIB ※一時中断
- 真正細菌・古細菌・真核生物ゲノムの統合検索
- GIB-V ※一時中断
- ウィルスゲノムの統合検索
- MiGAP
- 微生物ゲノム配列のアノテーションツール
（ご利用には申請が必要です） - MiGAP-OLD (2012年２月以前の解析結果利用)
- 微生物ゲノム配列のアノテーションツール
（ご利用時のDBCLS のOpenID が必要です） - GTPS
- 共通プロトコルに基づくバクテリアゲノムの再アノテーション
- GTOP
- ゲノム配列からタンパク質の構造へ
次世代 Sequence 解析
- DDBJ Read Annotation Pipeline
- 次世代シークセンサ出力データの解析システム
（ご利用には申請が必要です）
タンパク質データベース及び構造解析
- PMD
- 変異タンパク質データベース
CIB-DDBJ で開発したソフトウエア
- WINA
- 同義置換数・非同義置換数のウィンドウ解析プログラム