第28回 国際実務者会議 2015年5月19-21日 米国ベセスダ

2015

第28回 国際実務者会議 2015年5月19-21日 米国ベセスダ

DDBJ, EBI, NCBI で構成される International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) は、その共同事業の運営・推進を図るために、国際実務者会議を年１回開催しています。
2015年は 5月19日-21日に NCBI で開催され、DDBJ、ENA、GenBank、Sequence Read Archive (SRA)、Trace Archive を運営する上での実務的な問題を討論しました。
会議の報告を以下に まとめました。

検討事項と今後の課題

ヒトに由来するデータの扱い

HeLa 細胞に由来するデータ、Genomic Data Sharing (GDS) ポリシー、クラウドにおけるデータ解析の扱いなど NIH における取り組みについて紹介を受け、ヒトに由来するデータの登録について話し合いました。

INSDC Data Status

各拠点間のデータ交換について、特に公開状態を示す status の情報交換、拠点間の replaced と SRA における suppressed の扱いについて検討しました。

Assembly (Genomic Collection)

2012年から続く連携について実務上の課題を話し合いました。

SRA データ増大への対応

データ増加に対応するためのデータ圧縮手法として cSRA (compressed SRA) と CRAM の取り組みが それぞれ、NCBI と EBI から紹介されました。 これを受けて lossy/lossless な手法によるデータ圧縮の適正な適用などについて話し合いました。

微生物ゲノムの種同定の間違い

Federhen S (2015) の論文と GenBank microbial genomic taxonomy workshop (12-13 May 2015) を受けて、種同定に問題がある登録への対応について話し合いました。

Feature と Qualifier の記載則改訂

以下に挙げる項目は、特に断り書きがない限り、2015年10月以降 Feature Table Definition の改訂後に適用されます。

• unsure feature の定義を sequencing gap と混同しないように改訂します。
• /rpt_type qualifier の規定値を増やす方向で修正を検討しています。
  これに伴い、LTR feature は repeat_region feature に統合予定です。
• 2013年から引き続き、type strain, type specimen などを指定するために、新規に /type_material qualifier を使用することを検討しています。
  仕様の詳細と DDBJ における正式な適用時期は未定です。