第28回 INSDC meeting report 2015年5月19-21日 米国ベセスダ

2015

第28回 INSDC meeting report 2015年5月19-21日 米国ベセスダ

DDBJ, EBI, NCBI で構成される International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) は、その共同事業の運営・推進を図るために、年１回、会議を開催しています。
2015年は 5月19日-21日に NCBI で開催され、DDBJ、ENA、 GenBank、 Sequence Read Archive (SRA)、Trace Archive を運営する上での実務的な問題を討論しました。
会議の報告を以下に まとめました。

検討事項と今後の課題

ヒトに由来するデータの扱い

HeLa 細胞に由来するデータ、 Genomic Data Sharing (GDS) ポリシー、 クラウドにおけるデータ解析の扱いなど NIH における取り組みについて紹介を受け、ヒトに由来するデータの登録について話し合いました。

INSDC Data Status

各拠点間のデータ交換について、特に公開状態を示す status の情報交換、 拠点間の replaced と SRA における suppressed の扱いについて検討しました。

Assembly (Genome Collection)

2012年から続く連携について実務上の課題を話し合いました。

SRA データ増大への対応

データ増加に対応するためのデータ圧縮手法として cSRA (compressed SRA) と CRAM の取り組みが それぞれ、NCBI と EBI から紹介されました。
これを受けて lossy/lossless な手法によるデータ圧縮の適正な適用などについて話し合いました。

微生物ゲノムの種同定の間違い

Federhen S (2015) の論文と GenBank microbial genomic taxonomy workshop (12-13 May 2015) を受けて、種同定に問題がある登録への対応について話し合いました。

Feature と Qualifier の記載則改訂

以下に挙げる項目は、特に断り書きがない限り、2015年10月以降 Feature Table Definition の改訂後に適用されます。

• unsure feature の定義を sequencing gap と混同しないように改訂します。
• /rpt_type qualifier の規定値を増やす方向で修正を検討しています。
  これに伴い、LTR feature は repeat_region feature に統合予定です。
• 2013年から引き続き、type strain, type specimen などを指定するために、新規に /type_material qualifier を使用することを検討しています。
  仕様の詳細と DDBJ における正式な適用時期は未定です。