2006
金城玲 , 西川建 (2006) 使ってみよう!バイオデータベース:Protein Data Bank(PDB).『細胞工学』25, 293-296
五條堀孝 (2006) 生命現象の再表現と再構築.『蛋白質核酸酵素』51(12), 1688-1689 (共立出版)
五條堀孝 , 野田彰子 (2006) 遺伝子レパートリーの進化 - 脳・神経系の進化過程.『生体の科学 生物進化の分子マップ』57(5), 344-346 ((財)金原一郎記念医学医療振興財団/医学書院)
小笠原理 (2006) BodyMap-Xsとは―それが目指すもの.『生体の科学 生物進化の分子マップ』57(5), 364-365 ((財)金原一郎記念医学医療振興財団/医学書院)
五條堀孝 (2006) 結び 進化学と生命情報―生命情報の統合化としての進化学.『シリーズ進化学2 遺伝子とゲノムの進化』239-258 (岩波書店)
五條堀孝 (2006) バイオインフォマティクス・生命情報科学.『医学大事典』(南山堂)
牧野能士, 五條堀孝 (2006) ゲノミクスの現状と展望.『ファルマシア』42(1), 17-20 (日本薬学会)
新村芳人, Roberto Barrero , 五條掘孝 (2006)
真核生物におけるmRNA翻訳制御のインフォマティクス:開始コドン周辺の塩基パターン解析とマイクロRNAの標的遺伝子予測.『機能性Non-coding RNA』189-202 (クバプロ)
西川建 , 峯崎善章, 福地佐斗志 (2006)
長大な不規則領域をもつ蛋白質―ヒト転写因子を例として.『蛋白質核酸酵素』51(13), 1827-1835 (共立出版)
2005
五條堀孝 , 菅原英明 編著 (2005)『DDBJの利用法―配列データの登録・検索・解析』(共立出版)
大久保公策 , 日紫喜光良 (2005) ポストゲノム時代に高まるバイオ自然言語処理への期待:バイオ自然言語処理最新事情 5.ゲノムデータの機械解釈.『情報処理』46(2), 137-142
鈴木善幸 , 池尾一穂 , 五條堀孝 (2005) ゲノムネットワーク.『日本薬理学雑誌』126(1), 55-59
金城玲 , 西川建 (2005) タンパク質の構造予測. 後藤祐児, 桑島邦博, 谷澤克行編『タンパク質科学-構造・物性・機能』87-100 (化学同人)
舘野義男 (2005) 韓国のバイオインフォマティクスをリードする人たち.『総研大ジャーナル』7, 8-9
ロベルト・バレロ , 櫻井仁美 (2005) miRNA のターゲット同定の現状.『バイオテクノロジージャーナル』5(4), 403-405
舘野義男 (2005) 88 国際DNAデータベース.『予防医学事典』(松島綱治・酒井敏行・石川晶・稲寺秀邦編集) 201-202(朝倉書店)
舘野義男 (2005) バイオインフォマティックス. プロテオーム.『細胞生物学事典』(石川統・黒岩常祥・永田和宏編集) 338-339, 375-376(朝倉書店)
舘野義男 (2005) 遺伝子情報解析部会 学術情報ネットワーク (スーパーSINET平成16年度版・成果報告集) 国立情報学研究所 127-131
櫻井仁美, ロベルト・バレロ , 五條堀孝 (2005) miRNAと標的遺伝子の予測.『RNA工学の最前線』113-125 (シーエムシー出版)
2004
池尾一穂 , 舘野義男 (2004) マイクロアレイ遺伝子発現データベース.『ゲノミクス・プロテオミクスの新展開』828-836 (NTS出版)
伊藤剛, 五條堀孝 (2004) 比較ゲノム(進化) 微生物のゲノム進化解析.『ゲノミクス・プロテオミクスの新展開』897-903 (NTS出版)
大久保公策 , 川本祥子 (2004) ゲノム語とオントロジーという名の形而上学―進化と医学.『科学』74(10), 1254-1257 (岩波書店)
小笠原倫大, 五條堀孝 (2004) 第一部 16.バイオインフォマティクス.『病理診断における分子生物学 病理と臨床 臨時増刊号』91-97
五條堀孝 (2004) 総合化生命科学としての現代進化学.『科学』10月号:1203
五條堀孝 (2004) バイオインフォマティクス-生命の多様性と進化に基づく生命科学の統合化にむけて.『総研大ジャーナル』5, 26-28
舘野義男 , 池尾一穂 (2004) 国際公共遺伝子発現データベース(CIBEX)とデータの登録.『蛋白質核酸酵素』49, 2678-2683
田中剛, 五條堀孝 (2004) 特集 分子進化学の現在-ゲノムの比較解析と分子進化.『生体の科学』55(3), 241-246
花田耕介, 五條堀孝 (2004)「ゲノムの再編成」第一章ヒトゲノムの全貌『Molecular Medicine』増刊号 101-109 (中山書店)
福地佐斗志 , 西川建 (2004) 蛋白質構造解析プログラム・データベース.『蛋白質核酸酵素-増刊バイオ高性能機器・新技術利用マニュアル』49(11), 1944-1948 (共立出版)
溝上雅史, 花田耕介, 五條堀孝 (2004) ウイルス性肝炎 (上)-C型肝炎ウイルスの分子進化 - 正の選択圧を受けるコドンサイトの検出 -.『日本臨床』62, 76-80
吉宗一晃, 福地佐斗志 , 森口充瞭, 西川建 (2004) タンパク質から見た極限微生物の環境適応戦略.『バイオサイエンスとインダストリー』62, 17-22
2003
Alvis Brazma, 池尾一穂 , 舘野義男 (2003) マイクロアレイデータの標準化.『蛋白質核酸酵素』48(3), 280-285
池尾一穂 , 鈴木善幸 , 五條堀孝 監訳 (2003)『生命情報学キーノート』(シュプリンガー・フェアラーク東京)
伊藤剛, 五條堀孝 (2003) シリーズ・あなたにも役立つバイオインフォマティクス II 大規模解析に完全長cDNAを活用する.『蛋白質核酸酵素』11, 1962-1967
五條堀孝 編 (2003)『生命情報学』(シュプリンガーフェアラーク東京)
五條堀孝 (2003) ポストゲノムシーケンシング時代の生命情報科学.『学術月報』8月号
五條堀孝 (2003) 比較ゲノム学と機能ゲノム学への招待ム統合生命科学へのプレリュード.『実験医学』8月号 (羊土社)
五條堀孝 (2003) バイオインフォマティクス・情報生物学.『医学大事典』(南山堂)
五條堀孝 編 (2003)『ゲノムからみた生物の多様性と進化』(シュプリンガー・フェアラーク東京)
五條堀孝 (2003) ヒトゲノム解読完了, その先は?-私が考える未来:情報から.『科学』73(4), 364-365 (岩波書店)
新村芳人 , 五條堀孝 (2003) 理論生物学:バイオインフォマティクス.『シリーズ・ニューバイオフィジックスII-10-生物物理学とはなにか』125-140 (共立出版)
鈴木善幸 (2003) 分子系統樹.『生命情報学』75-94 (シュプリンガー・フェアラーク東京)
中村洋路 , 鈴木善幸 , 五條堀孝 (2003) 細菌の遺伝子学 一般細菌 グラム陰性桿菌 ヘモフィルス属 (インフルエンザ桿菌).『日本臨床』61, 716-721 (日本臨床社)
中島広志, 福地佐斗志 , 西川建 (2003) 好熱菌の熱安定性への戦略.『ゲノムからみた生物の多様性と進化』五條堀孝編 41-49 (シュプリンガー・フェアラーク東京)
菅原秀明 編 (2003)『バイオインフォマティクスがわかる』(羊土社) ISBN: 4-89706-998-X
菅原秀明 (2003) 生命科学における大規模システム.『これからの大学等研究施設 第2編』(文教施設協会・科学新聞社) ISBN: 4-938787-16-4
2002
池尾一穂 (2002)『あなたにも役立つバイオインフォマティクス』(共立出版)
太田元規 (2002) アミノ酸配列から2次構造を予測する.『蛋白質核酸酵素』47(1), 85-90
太田元規 (2002) アミノ酸配列から立体構造を予測する.『蛋白質核酸酵素』47(2), 181-186
斎藤成也 (2002) 意識の進化と遺伝子進化.『総研大ジャーナル』1, 48-53
斎藤成也 (2002) 遺伝子から見た東ユーラシア人.『地學雑誌』111(6), 832-839
斎藤成也 (2002) ゲノム進化. 田村・山本編『分子生物学イラストレイテッド 改訂第2版』348-350 (羊土社)
斎藤成也 (2002) 自分自身を知りたい.ネクスト編集部国語教育研究会編『じゅにあセレクション:10代のためのアンソロジー Part 5』96-99 (ネクスト)
斎藤成也 (2002) 第3章:ヒトゲノムと類人猿ゲノムの比較から人間の独自性を探る.『ヒト, この不思議な生き物はどこから来たのか』201-221 (ウェッジ選書)
斎藤成也 (2002)『にんげん進化考』1~15 日本経済新聞, 4/7/2~7/14/2連載
斎藤成也 (2002) 配列から遺伝子の進化を探る. 菅原秀明編『あなたにも役立つバイオインフォマティクス』32-36 (共立出版)
斎藤成也 (2002) 配列からの遺伝子系統樹解析を役立てるには?.『蛋白質核酸酵素』47(9), 1240-1242
斎藤成也 (2002) ヒトと類人猿の違いをゲノムから探る.『日経サイエンス』36-43
斎藤成也 (2002) 霊長類の比較ゲノム解析−現状と展望−.『学術月報』55(12), 1163-1166
菅原秀明 編 (2002)『あなたにも役立つバイオインフォマティクス』 (共立出版)
菅原秀明 (2002) 公共データベースDDBJは何を提供できるのか.『ゲノム医学』2(3), 279-287
菅原秀明 (2002) 生命科学とITの融合-バイオインフォマティクス.『生物資源アクセス』205-228 (東洋経済新報社)
舘野義男 (2002) 根井正利先生を語る.『学術月報』55(12), 1196-1197
西川建 (2002) ゲノム情報解析への応用.『化学フロンティア:生体系のコンピュータ・シミュレーション』110-117 (化学同人)
西川建 (2002) ゲノム情報からタンパク質立体構造予測へ-GTOPデータベースの構築とそれを利用した応用研究-.『生物物理』42(5), 224-229
深海−小林薫 (2002) CLUSTALWを役立てるには?.『蛋白質核酸酵素』47(9), 1237-1239
福地佐斗志 , 西川建 (2002) 全ゲノム配列からのタンパク質立体構造の予測.『実験医学増刊 プロテオミクス時代のタンパク質研究』18/23
宮崎智 (2002) XML: はじめの一歩.『蛋白質核酸酵素』47(15), 2068-2070
宮崎智 (2002)『あなたにも役立つバイオインフォマティクス』(共立出版)
宮崎智 , 菅原秀明 , 五條掘孝 (2002) ゲノムデータベースと遺伝学.『生物の科学 遺伝 別冊』15, 113-120
宮崎智 (2002) 公共データベースに登録する DDBJへの登録.『蛋白質核酸酵素』47(6), 733-736
2001
池尾一穂 (2001) 配列に共通のパターンを探す.『蛋白質核酸酵素』46(9), 1299-1305
池尾一穂 (2001) アミノ酸配列から既知のパターンを探す.『蛋白質核酸酵素』46(12), 1893-1898
磯貝泰弘, 太田元規 (2001) 2-2章 人工タンパク質の合理的設計. 城所俊一編『シリーズ・ニューバイオフィジックス9巻「生体ナノマシンの分子設計」』102-121 (共立出版)
今西規 , 宮崎智 (2001) 既知の配列と比較する:相同性検索.『蛋白質核酸酵素』46(7), 856-862
岩間久和, 五條堀孝 (2001) 神経伝達にかかわる蛋白質分子の進化.『蛋白質核酸酵素』46(11):1586-1593
岩間久和, 五條堀孝 (2001) 研究資源としてのバイオインフォマティックス.『財団会報 ヒューマンサイエンス』12(1), 19-21 (ヒューマンサイエンス振興財団)
遠藤高帆, 五條堀孝 (2001) 比較ゲノムによる機能予測.『実験医学』19(11), 1357-1362.
太田元規 (2001) 相関係数, モンテカルロ法. 複雑系の事典編集委員会編『複雑系の事典-適応複雑系のキーワード150-』(朝倉書店)
太田元規 , 西川建 (2001) タンパク質高次構造の予測. 綱沢進,平野久編『プロテオミクスの基礎』82-111 (講談社サンエンティフイク)
川端猛, 西川建 (2001) 蛋白質立体構造予測データベースGTOP.『蛋白質核酸酵素 増刊ゲノムサイエンスの新たなる挑戦』46, 2592-2597
五條堀孝 監訳,遠藤俊徳代表訳 (2001)『分子生物学のためのバイオインフォマティクス入門-生物情報解析の理論とアリゴリズム』J.C.Setubal, J.Meidanis著 (共立出版)
五條堀孝 (2001) 遺伝子から見た生物の進化.『Computer Today』104, 30-37
五條堀孝 (2001) ゲノム比較から見えるもの.『biohistory』8(3), 8-9 (JT生命誌研究館)
斎藤成也 (2001) 類人猿ゲノム計画.平凡社ネットで百科 デジタル百科 10月号
斎藤成也 (2001) 霊長類ゲノムの比較解析.『蛋白質核酸酵素』46(16), 2481-2485
斎藤成也 (2001) ルーツを明かすDNAの世界. NHKスペシャル「日本人」プロジェクト編『日本人はるかなる旅(1)マンモスハンター, シベリアからの旅立ち』133-147
斎藤成也 (2001) 配列から遺伝子の進化を探る.『蛋白質核酸酵素』46(10), 1410-1413
斎藤成也 (2001) ヒトにいたるゲノム進化. 榊佳之, 小原雄治編『ゲノムから個体へ』180-192 (中山書店)
斎藤成也 (2001) ヒトと類人猿のゲノム比較から人間の独自性を探る. 特集:ゲノム研究から見た21世紀の生命科学『細胞工学』20(1), 65-69
菅原秀明 (2001) ゲノム情報から多様性情報まで.『情報知識学会誌』10(4), 1-3
菅原秀明 (2001) バイオインフォマティクス「ツール」から「学」へ.『生体の科学』52(4), 347-53
菅原秀明 (2001) 数値分類. 鈴木健一朗, 平石明, 横田明編集『微生物の分類・同定実験法』231-248(シュプリンガー・フェアラーク東京)
菅原秀明 (2001) バイオインフォマティクスへの期待.『蛋白質核酸酵素』46(6), 761-763
菅原秀明, 宮崎智 (2001) ヒトゲノムデータが DNA Data Bank of Japan (DDBJ) に与えた影響.『ゲノムサイエンスニュース』5(2), 2-7
舘野義男, 五條堀孝 (2001) 国際DNAデータバンクとバイオインフォマティクス.『ESTRELA』88, 11-17 ((財)統計情報研究開発センター)
舘野義男, 五條堀孝 (2001) DNAデータバンクとゲノム研究.『わかる実験医学シリーズ:ゲノム医科学がわかる』86-92(羊土社)
西川建 (2001) 配列空間の“島モデル”再考.『物性研究』75, 790-792
西川建 (2001) タンパク質立体構造の予測問題.『Computer Today』18(7), 10-5
深海-小林薫 (2001) アミノ酸配列の保存領域から蛋白質を知る.『蛋白質核酸酵素』46(14), 2098-2103
松澤史子, 西川建 (2001) 機能モチーフと機能ドメイン. 綱沢進, 平野久編『プロテオミクスの基礎』65-82 (講談社サンエンティフイク)
宮崎智 (2001) 配列を手に入れる DDBJが提供する SRS システムにより検索の仕方.『蛋白質核酸酵素』46(6), 764-770
宮崎智 , 菅原秀明 , 五條堀孝 (2001) ゲノム情報学.『最新医学』56(1), 64-71 (最新医学社)
2000
秋篠宮文仁, 秋篠宮紀子, 赤木功, 秋道智弥, 五條堀孝 , 高田勝, 佐々木高明 (2000) 総合討論「家禽化の諸問題をめぐって」. 秋篠宮文仁編『鶏と人』193-242 (小学館)
今西規 , 五條堀孝 (2000) HLA多型の生成と分子進化 ゲノム多様性と機能解析−MHC多型と疾患感受性.『Molecular Medicine』37(5), 540-547
太田元規 , 西川建 (2000) 6.2章 タンパク質高次構造の予測. 綱沢進, 平野久編『プロテオミクスの基礎』82-111 (講談社サイエンティフィク)
川端猛, 西川建 (2000) タンパク質構造予測コンテストCASP3.『生物物理』40, 52-56
五條堀孝 (2000) プラナリアに脳の起源をみる.『科学』70(4), 239-241
五條堀孝 (2000) 情報生物学の時代に向けて-情報の流れとしての生命と進化. 井川洋二編『続・ロマンチックな科学者』174-184 (羊土社)
五條堀孝 (2000) ウイルスの進化.第9回日本組織適合性学会大会シンポジウムII.ウイルス感染とHLA.MHC.7(1), 35
五條堀孝 (2000) バイオインフォマティクスの展望と将来.『学術月報』53(8), 669:865-870
五條堀孝 (2000) 散歩道:もう一つのY2K問題-生命情報研究の新世紀に向けて-.『学術月報』53(1), 662:93-94
五條堀孝 , 新村芳人 (2000) 情報生物学の発展へ向けて.『生物物理誌』40(5), 231:318-331
五條堀孝 , 鈴木善幸 (2000) インフルエンザの生態学 3 ウイルスの進化と予測.『治療学』34(1), 22-26
斎藤成也 (2000) 類人猿ゲノム-Silver計画.『科学』70, 231-233
斎藤成也 (2000) トピックス:日本進化学会の設立.『遺伝』54(2), 11-12
斎藤成也 ,五條堀孝 (2000) 日本DNAデータバンクの「フィールドワーク」.『サイアス』5(2), 64-65
新井理, 五條堀孝 (2000) 15. DNA情報解析. 木村彰方編『医学・薬学研究者のためのバイオテクノロジー概論』307-319 (医薬ジャーナル社)
鈴木善幸, 五條堀孝 (2000) 病原性ウイルスの遺伝子型分類について.『治療学』34(9), 30-31
舘野義男 , 菅原秀明 , 五條堀孝 (2000) 日本DNAデータバンク(DDBJ)とゲノム医学.『現代医療』 32, 89-96
西川建 (2000) ゲノム情報からの立体構造予測.『生物物理』40, 307-308
西川建 (2000) 構造ゲノム学と立体構造予測.「大学と科学」組織委員会編『生物の働きを生み出すタンパク質のかたち』43-56 (クバプロ)
松尾洋, 西川建 (2000) タンパク質の配列解析と構造予測.『廣川有機薬科学実験講座第1巻』92-109 (廣川書店)
斎藤成也 (2000) ヒトゲノム計画はいま.『化学』55(4), 12-17
1999
Kitano T. and Saitou N. (1999) Sequence Analyses Using DDBJ Home Page. DDBJのホームページを用いた配列解析.『Trends in Glycoscience and Glycotechnology』11(59), 119-127
北上始, 森康真, 太田聡, 斎藤成也 (1999) 異種系統間の調停のためのゼロ交差制約の充足.『情報処理学会論文誌 データベース』40(SIG 5; TOD2), 1-14
五條堀孝 (1999) ゲノム情報からみた新しい生物学.『遺伝』53(7), 14-15
五條堀孝 (1999)「つぎはぎ」だらけの生き物のゲノム.『サイアス』4(7), 20-23
斎藤成也 (1999) 遺伝子系統樹.『遺伝子医学』3(3), 541-545
斎藤成也 (1999) 分子系統樹作成法と統計的評価法. 杉山純多ら編『新版 微生物実験法』252-255 (講談社)
斎藤成也 (1999) 人類集団の系統関係.NHKスペシャル驚異の小宇宙・人体III遺伝子DNA 3 日本人のルーツを探れ-人体の設計図-.日本放送出版協会 29-30
斎藤成也 (1999) 生命現象の二面性-モノとコト.『FINIPED』91, 31-34
斎藤成也 , 太田聡史 (1999) 生命システムの進化-分子進化学におけるシステム思考の試み-.『bit』31(6), 24-28
斎藤成也 , 北野誉 (1999) ABO式およびRh式血液型遺伝子の進化.『細胞工学』18(7), 1039-1047
菅原秀明 (1999) 情報生物学の提案.『遺伝』53(7), 39-43
菅原秀明 (1999) 微生物株系統保存とデータ活動.『蛋白質核酸酵素』44(2), 175-180
鈴木善幸, 五條掘孝 (1999) C型肝炎ウイルスの分子進化.『医学のあゆみ』188(7), 764-765
中澤真澄, 五條掘孝 (1999) 研究室・研究所めぐり(17) 国立遺伝学研究所・生命情報研究センター 遺伝情報分析研究室.『遺伝』53(8), 69-70
宮崎智 , 後藤康丞 , 菅原秀明 (1999) 大規模配列データの解析に対する情報論的アプローチ (第24回学術講演会講演要旨集).『Viva Origino』27(1), 47
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Mori H, Sugawara , H. and Uchiyama I. (1998) E. coli genome.『蛋白質核酸酵素』43, 1381-1387
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秋篠宮文仁, 大野乾, 秋道智彌, 五條掘孝 (1998) 遺伝子と文化の接点.『実験医学』16(1), 38-48
斎藤成也 (1998) 人類進化. アエラムック『生命科学がわかる』40-43 (朝日新聞社)
斎藤成也 (1998) トピックス:ABO式血液型遺伝子の系統ネットワーク解析.『遺伝』52(3), 9-10
斎藤成也 監訳 (1998)『DNAから見た生物進化』(日経サイエンス社)
斎藤成也 (1998) 近隣結合法と最大節約法.宮田隆編『分子進化-解析の技法とその応用-』54-63 (共立出版)
斎藤成也 (1998) 今月の解説:系統樹と進化.『遺伝』52(10), 65-69
舘野義男 , 山崎正明, 猪子英俊 (1998) ゲノム情報活動とゲノム解析.『遺伝子医学』2(3), 113-120
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石田英実・河合雅雄・斎藤成也 ・諏訪元・仲谷英夫 (1997) ヒトは、いつ、どこから来たか (座談).『創造の世界』102, 22-49
五條掘孝 (1997) 科学技術情報振興賞を受賞して.『情報管理』40(4), 279
五條掘孝 , 舘野義男 (1997) 生物情報データベースの構築と国際協力.『学術月報』50, 34-39
斎藤成也 (1997)『遺伝子は35億年の夢を見る-バクテリアからヒトの進化まで-』(大和書房)
斎藤成也 (1997) 環太平洋人類集団の過去と未来. 福田一郎・劉剛編著『文明と遺伝』84-104 (勉誠社)
斎藤成也 (1997) 遺伝子からたどった日本人の祖先.『歴史街道』10月号, 130-131
斎藤成也 (1997) 遺伝子の進化とは-ABO式血液型を中心に-.『BIOClinica』12(11), 830-834
斎藤成也 (1997) DNAから日本人の祖先をたどる.『日本人と日本文化』2, 7-9
斎藤成也 (1997) 眠れる遺伝子進化論. 四方哲也著『科学』67(8), 633-634 (講談社)
舘野義男 , 五條堀孝 (1997) ゲノム生物学とデータバンク.『蛋白質核酸酵素』42(7), 3052-3061
宮田隆, 五條掘孝 編 (1997)『ネオ生物シリーズ2 ゲノム情報を読む』(共立出版)
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Tateno Y. (1996) Evolution of DNA and protein structures. In Structural Biology. 130-143, Nagata K., Nakanishi Y. and Shirakawa M., eds., Kyouritsu Publishing Company, Tokyo.
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遠藤俊徳,五條掘孝 (1996) 分子進化.『遺伝別冊』8, 139-147
五條掘孝 (1996) ゲノムから生物を考える.『細胞工学』15, 485-490
五條掘孝 , 田村卓郎 (1996) 生物分野における学術情報システムの現状.『学術月報』49, 47-52
斎藤成也 (1996) 遺伝子から見た東ユーラシア人.『遺伝』50(1), 41-46
斎藤成也 (1996) 第5章:ヒトさまざま-遺伝子でたどる地球上の人間模様-. 片山一道編著『人類史をたどる−自然人類学入門−』144-155 (朝倉書店)
斎藤成也 (1996) 第6章:遺伝子でたどる人間への道-突然変異から意識の進化まで-. 片山一道編著『人類史をたどる−自然人類学入門−』156-188 (朝倉書店)
山口由美, 五條掘孝 (1996) AIDSウイルスと分子進化.『医学のあゆみ』177, 852-856
山口由美, 五條掘孝 (1996) ウイルスの分子進化.『ウイルス』46, 1-6