DRA データファイルはどのように処理されますか？

アップロードされたデータファイルは Run 単位で処理されます。Run にリンクしている全てのデータファイルから SRA toolkit によりバイナリーの SRA ファイルが作成されます。この過程でリード長やリード名の書式などが全ての配列に渡ってチェックされます。
元々のリード名は Run 単位でユニークである必要があります。

リード名は編集され、DRR アクセッション番号に連番が付された ID が自動的に挿入されます。ファイル名には DRR アクセッション番号が付与されます (例: DRR000001)。filetype に fastq を指定した場合、リード名は DRR 番号に連番が付された ID で置換されます (例: DRR030615)。

Experiment で PAIRED が指定されている場合、Run 単位でペアリードが自動的にまとめられます。

DRA では SRA toolkit を使い SRA ファイルから汎用されている fastq ファイルを生成し、SRA ファイルとともにダウンロード提供しています。

ペアリードの場合二種類以上の fastq ファイルが生成されます。ペアリードはファイル名に _1 (例 DRR000001_1.fastq.bz2) と _2 (例 DRR000001_2.fastq.bz2) が付いた fastq ファイルに分けて出力されます。ペアが見付からなかったリードは _1 や _2 が付いていないファイル (例 DRR000001.fastq.bz2) にまとめられます。