ストレージ容量節約のため、2019年12月11日以降、DRA では NCBI/ENA SRA データの fastq ファイル生成を停止しております。DRA データの fastq 生成は継続しており、今後も継続します。
- NCBI SRA: sra ファイルのみ
- ENA SRA: sra と fastq ファイル
- DDBJ SRA: 2019年12月10日以前は sra と fastq ファイル。2019年12月11日以降、fastq は DRA 分のみ
| Archive | sra files | NCBI SRA fastq | ENA SRA fastq | DDBJ SRA fastq |
|---|---|---|---|---|
| NCBI SRA | O | X | X | X |
| ENA SRA | O | O | O | O |
| DDBJ SRA | O | X (since 2019-12-10) | X (since 2019-12-10) | O |
fastq が生成されていない NCBI/ENA SRA の fastq は以下の手順で入手することができます。
ENA からダウンロード
Run データ（例 ERR3350433）の fastq が生成されている場合、ENA からダウンロードすることができます。
DRA でミラーしている sra ファイルから fastq を生成
DDBJ Search で検索します。
例 ERR3350433
sra ファイルパス
- https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/sralite/ByExp/litesra/ERX/ERX337/ERX3374941/ERR3350433/ERR3350433.sra
- ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/sralite/ByExp/litesra/ERX/ERX337/ERX3374941/ERR3350433/ERR3350433.sra
sra ファイルから SRA toolkit で fastq を生成する方法は How to use prefetch and fasterq-dump to extract FASTQ-files from SRA-accessions をご覧ください。