Location、または、/codon_start の記述が正しくない可能性があります。
/codon_start の値が「2」 または「3」 の場合、CDS feature location は 5' 側が部分配列指定になっている必要があります。
Location の記述法 に従い、5' 側が not complete であることを示す、例えば <1..300 のような、書式に修正してください。
CDS feature が開始コドンで始まっている場合は、/codon_start を「1」 に修正してください。

参考: codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正