Location の記述法

国際塩基配列データベースでは、配列上の Feature の位置情報 (以下、Location) を以下のルールで記述しています。

Location記述例	意味
340..565	登録配列の340番目から565番目までの連続した領域
complement(261..457)	登録配列の261番目から457番目までの連続した相補鎖の領域
<345..500	登録配列には、そのFeatureの開始点が含まれない。あるいは、345番目の塩基より5’側に関して、そのFeatureの正確な開始点が不明である。
345..>500	登録配列には、そのFeatureの終了点が含まれない。あるいは、500番目の塩基より3’側に関して、そのFeatureの正確な終了点が不明である。
<345..>500	登録配列には、そのFeatureの開始点、終了点が共に含まれない。あるいは、345番目の塩基より5’側と500番目の塩基より3’側に関して、そのFeatureの正確な開始点、終了点が共に不明である。
join(12..78,134..202)	登録配列の12番目から78番目、ならびに134番目から202番目までの不連続な領域
complement(join(12..78,134..202))	登録配列の12番目から78番目、ならびに134番目から202番目までの不連続な相補鎖の領域
467	登録配列の467番目の塩基
123^124	登録配列の123番目と124番目の間

以下の Location の記述法は、塩基配列登録システムでは入力することができません。
塩基配列登録システムの”Submission Information”の入力欄にその旨を説明していただくか、Mass Submission Systemをご利用下さい。

Location記述例	意味
join(AB000000.1:100..202,134..222)	関連するエントリーAB000000 (version 1) の配列の100番目から202番目までの領域，ならびに当該エントリーの134番目から222番目までの不連続な領域

これらの Location 記述法を組み合わせることによって、これ以外の様々な位置情報を記述することができます。

より詳しい Location の記述ルールに関する情報は、Feature Table Definition: 3.4 Location をご参照ください。