HTC
DDBJ/ENA/GenBank の HTC division は 主として 完全長の cDNA (mRNA) を cloning する手法を用いて作製された cDNA library から得られたドラフト配列データです。
ゲノム配列の場合 (HTG) と同様、finished level であれば、HTC ではなく、 taxonomic lineage に基づく division に移行します。
HTC 登録には、Mass Submission System (MSS) をご利用ください。
- HTC/full length insert cDNA の登録における注意事項
-
- 登録前に cloning vector に由来する領域は配列から取り除いておいてください。
- clone qualifier の記載が必須です。
- 発現条件に相当する 組織 (tissue_type)、発生段階 (dev_stage)、性別 (mating_type または sex)、などの qualifier の記載を推奨します。
- 上述のように単なる EST assemble とは異なります。
TSA: Transcriptome Shotgun Assembly と混同しないように、ご注意ください。
DDBJ フォーマットの例
HTC/full length insert cDNA の特徴
- 配列が finished level と見做せる場合、LOCUS 行に表示される DIVISION は taxonomic lineage に基づいて、"HUM", "PRI", "ROD", "MAM", "VRT", "INV", "PLN" の何れかになります。
配列が finished level ではない場合、DIVISION は "HTC" です。 - 配列が finished level と見做せる場合は、KEYWORDS 行には "FLI_CDNA" が表示されます。
配列が finished level ではない場合、KEYWORDS には "HTC" が表示されます。HTC で全長性が高い場合、 "HTC_FLI" が表示されます。 - 可能であれば、 KEYWORDS 行に "oligo capping", "CAP trapper" などの手法を示す語句が表示されます。
LOCUS AK000000 1450 bp mRNA linear HTC 15-OCT-2008 DEFINITION Mus musculus mRNA for hypothetical protein, complete cds, clone: 2310009A01, full insert sequence. ACCESSION AK000000 VERSION AK000000.1 KEYWORDS HTC; HTC_FLI; CAP trapper. SOURCE Mus musculus (house mouse) ORGANISM Mus musculus Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciurognathi; Muroidea; Muridae; Murinae; Mus; Mus. REFERENCE 1 (bases 1 to 1450) AUTHORS Mishima,H., Yamada,T. and Liu,G.Q. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (30-SEP-2008) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases. Contact:Hanako Mishima National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111, Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan REFERENCE 2 AUTHORS Mishima,H., Yamada,T., Park,C.S. and Liu,G.Q. TITLE Mus musculus full-length enriched cDNA JOURNAL Unpublished (2008) FEATURES Location/Qualifiers source 1..1450 /clone="2310009A01" /clone_lib="full-length enriched mouse cDNA library A01" /db_xref="taxon:10090" /dev_stage="adult" /mol_type="mRNA" /organism="Mus musculus" /sex="male" /tissue_type="tongue" CDS 124..1230 /codon_start=1 /product="hypothetical protein" /protein_id="BAA12348.1" /transl_table=1 /translation=""--- omitted ---" BASE COUNT 399 a 323 c 398 g 330 t ORIGIN 1 agtcgcacga aggtttcggc cttatgggcg gacgggtgag taacgcgtag gaatctatcc : -- The rest of nucleotide sequence is omitted -- : //