Transcriptome Project のデータ登録

Transcriptome の各段階と登録データの種別の対応を示します。
下図では典型的な手法の各段階を模式的に示しています。
なお、次世代シークエンサをご使用の際は、BioProject と BioSample にもご登録ください。

[DRA] Raw outputs 次世代シークエンサの出力: 次世代シークエンサからの出力データは DDBJ Sequence Read Archive (DRA)へご登録ください。
[DTA] Chromatograms, Sequences, Qualities: Sanger 法の出力: single-path read の DNA sequence chromatograms (traces), base calls, quality estimates は、DDBJ Trace Archive (DTA) へご登録ください。
[TSA] Contigs: assemblies (overlapping reads) と Scaffolds: アセンブルされた cDNA 配列データは、TSA として Mass Submission System からご登録ください。
[EST] Expressed Sequence Tags: single-pass read の cDNA 配列は、EST として Mass Submission System からご登録ください。
[HTC] draft sequences of full length insert cDNA clones: 完全長の cDNA (mRNA) を cloning する手法を用いて作製された cDNA library から得られた概要配列データは HTC として Mass Submission System からご登録ください。
Finished sequences of cDNA clones: 一般的なデータ、または、full length insert cDNA として Mass Submission System からご登録ください。