Transcriptome Project のデータ登録

Transcriptome の各段階と登録データの種別の対応を示します。
下図では典型的な手法の各段階を模式的に示しています。
なお、次世代シークエンサをご使用の際は、BioProject と BioSample にも ご登録ください。

重要:ヒトを対象とした研究データの登録について

[DRA] Raw outputs 次世代シークエンサの出力

次世代シークエンサからの出力データは DDBJ Sequence Read Archive (DRA)へご登録ください。 <!– [DTA] Chromatograms, Sequences, Qualities: Sanger 法の出力

single-path read の DNA sequence chromatograms (traces), base calls, quality estimates は、DDBJ Trace Archive (DTA) へご登録ください。 –> [TSA] Contigs: assemblies (overlapping reads) と Scaffolds

アセンブルされた cDNA 配列データは、TSA として Mass Submission System から ご登録ください。

[EST] Expressed Sequence Tags

single-pass read の cDNA 配列は、EST として Mass Submission System から ご登録ください。

[HTC] draft sequences of full length insert cDNA clones

完全長の cDNA (mRNA) を cloning する手法を用いて作製された cDNA library から得られた概要配列データは HTC として Mass Submission System から ご登録ください。

Finished sequences of cDNA clones

一般的なデータ、または、full length insert cDNA として Mass Submission System から ご登録ください。