DDBJ Annotated/Assembled Sequences
Single amplified genome
Single amplified genome (SAG) は一細胞を単離、溶解し、全ゲノムを増幅してシークエンスすることで得られます。SAG は1～数コピーのゲノムを出発材料としているため、極微量のDNAのコンタミネーションがデータ品質に大きな影響を与えます。そのため DDBJ センターでは SAG を区別できるように登録方法を定めています。
一細胞の場合
DDBJ
source feature
- metagenome や uncultured を冠した生物名は記載できません。
- /note=”single amplified genome” を所定属性として記載します。
- /isolation_source にサンプルの単離源を記載します。例 “one of ten single-cell amplified genomes of the same hot spring water; single-cell genome amplified by MDA (multiple displacement amplification)”
BioSample
パッケージと属性
- MISAG パッケージを選択します。
- metagenome や uncultured を冠した生物名は記載できません。DDBJ の SAG エントリと同じ生物名を記載します。
複数細胞の場合
DDBJ
source feature
- metagenome や uncultured を冠した生物名は記載できません。
- /note=”single amplified genome” を所定属性として記載します。
- /note に複数サンプル・ゲノムに由来する SAG であることを記載します。例 “co-assembly of 10 single-cell amplified genomes”
- /isolation_source にサンプルの単離源を記載します。
BioSample
パッケージと属性