ENV
DDBJ/ENA/GenBank の ENV division は 環境サンプル (environmental sample) 由来の配列と その付帯情報からなるデータです。
よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。
環境サンプルとは、生物種が同定できない大量の環境DNAサンプルに由来した配列です。PCR、DGGE、あるいは、その他の方法で直接、分子を単離した場合などが該当します。
環境サンプルには以下を含みますが、下記で全てを網羅している訳ではありません。
- 土壌、海水などから、直接、分子を単離したサンプル
- 臨床系サンプル、腸の内容物、表皮上、その他、特定宿主に関連すると推測される種を同定できない生物
- 環境サンプル由来の混合培養系
ただし、特定宿主から確実に回収できる内部共生生物、多くの cyanobacteria のように容易に同定可能であるが培養ができない生物、純粋培養は不可能でも罹患植物から確実に回収できる phytoplasmas といった対象は環境サンプルとは扱いません。
- 環境サンプルの登録における注意事項
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- 例外もありますが、原則、判明している範囲での lineage に "uncultured" を冠して「生物名」を記載します。 詳しくは、Organism Qualifier について 3. 環境サンプルを ご参照ください。
- source feature に environmental_sample qualifier の記載が必須です。
- source feature に isolation_source qualifier の記載してサンプルの由来の概略を示す必要があります。
- clone あるいは isolate qualifier に識別子の記載が必要です。
- strain qualifier を記載することはできません。
DDBJ フォーマットの例
環境サンプル(ENV)の特徴
- LOCUS 行に表示される DIVISION は、"ENV" です。
- KEYWORDS 行には "ENV" が表示されます。
- 例外もありますが、多くの場合、ORGANISM 行の lineage には "environmental samples" が表示されます。
LOCUS AB000000 450 bp mRNA linear ENV 16-DEC-2012 DEFINITION Uncultured Acetobacter sp. gene for 16S ribosomal RNA, partial sequence, clone: M12-34. ACCESSION AB000000 VERSION AB000000.1 KEYWORDS ENV. SOURCE uncultured Acetobacter sp. ORGANISM uncultured Acetobacter sp. Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Acetobacteraceae; Acetobacter; environmental samples. REFERENCE 1 (bases 1 to 450) AUTHORS Mishima,H. and Shizuoka,T. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (15-DEC-2012) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases. Contact:Hanako Mishima National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111, Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan REFERENCE 2 AUTHORS Mishima,H., Shizuoka,T. and Fuji,I. TITLE Phylogenetic Profile of Sediment in Japan JOURNAL Env Biol 12, 34-36 (2013) COMMENT FEATURES Location/Qualifiers source 1..450 /clone="M12-34" /country="Japan:Osaka" /db_xref="taxon:114714" /environmental_sample /isolation_source="PCR-derived sequence from sediment" /mol_type="genomic DNA" /organism="uncultured Acetobacter sp." rRNA <1..>450 /product="16S ribosomal RNA" BASE COUNT 199 a 223 c 198 g 230 t ORIGIN 1 agtcgcacga aggtttcggc cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtag gaatctatcc : -- The rest of nucleotide sequence is omitted -- : //