ENV

DDBJ/ENA/GenBank の ENV division は環境サンプル (environmental sample) 由来の配列とその付帯情報からなるデータです。
よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。
環境サンプルとは、生物種が同定できない大量の環境DNAサンプルに由来した配列です。PCR、DGGE、あるいは、その他の方法で直接、分子を単離した場合などが該当します。
環境サンプルには以下を含みますが、下記で全てを網羅している訳ではありません。

土壌、海水などから、直接、分子を単離したサンプル
臨床系サンプル、腸の内容物、表皮上、その他、特定宿主に関連すると推測される種を同定できない生物
環境サンプル由来の混合培養系

ただし、特定宿主から確実に回収できる内部共生生物、多くの cyanobacteria のように容易に同定可能であるが培養ができない生物、純粋培養は不可能でも罹患植物から確実に回収できる phytoplasmas といった対象は環境サンプルとは扱いません。

環境サンプルの登録における注意事項

例外もありますが、原則、判明している範囲での lineage に “uncultured” を冠して「生物名」を記載します。詳しくは、Organism Qualifier について 3. 環境サンプルをご参照ください。
source feature に environmental_sample qualifier の記載が必須です。
source feature に isolation_source qualifier の記載してサンプルの由来の概略を示す必要があります。
clone あるいは isolate qualifier に識別子の記載が必要です。
strain qualifier を記載することはできません。

DDBJ フォーマットの例

環境サンプル(ENV)の特徴

LOCUS 行に表示される DIVISION は、”ENV” です。
KEYWORDS 行には “ENV” が表示されます。
例外もありますが、多くの場合、ORGANISM 行の lineage には “environmental samples” が表示されます。

LOCUS       AB000000              450 bp    mRNA    linear   ENV 16-DEC-2012
DEFINITION  Uncultured Acetobacter sp. gene for 16S ribosomal RNA, partial
            sequence, clone: M12-34.
ACCESSION   AB000000
VERSION     AB000000.1
KEYWORDS    ENV.
SOURCE      uncultured Acetobacter sp.
  ORGANISM  uncultured Acetobacter sp.
            Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales;
            Acetobacteraceae; Acetobacter; environmental samples.
REFERENCE   1  (bases 1 to 450)
  AUTHORS   Mishima,H. and Shizuoka,T.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (15-DEC-2012) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
            Contact:Hanako Mishima
            National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
            Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
REFERENCE   2
  AUTHORS   Mishima,H., Shizuoka,T. and Fuji,I.
  TITLE     Phylogenetic Profile of Sediment in Japan
  JOURNAL   Env Biol 12, 34-36 (2013)
COMMENT
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..450
                     /clone="M12-34"
                     /country="Japan:Osaka"
                     /db_xref="taxon:114714"
                     /environmental_sample
                     /isolation_source="PCR-derived sequence from sediment"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /organism="uncultured Acetobacter sp."
     rRNA            <1..>450
                     /product="16S ribosomal RNA"
BASE COUNT          199 a          223 c          198 g           230 t
ORIGIN
        1 agtcgcacga aggtttcggc cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtag gaatctatcc
        :
        -- The rest of nucleotide sequence is omitted --
        :
//