Finished level genomic sequences

Finished level genomic sequences (non-WGS)

Finished level genomic sequences として登録可能な配列データ

Finished level genomic sequencesとは、ゲノムを構成する各レプリコンの全長配列であり、レプリコンにつき、1エントリーであることが必要です。シーケンシングギャップが含まれていても構いません。一般的には、chromosome の全長配列を指します。
各chromosomeのエントリは、一つながりの連続した配列です。Finished level genomic sequences にはchromosomeに加えて、オルガネラやプラスミドの配列も含めることができます。
ゲノムを構成する各エントリは、chromosome、オルガネラ、プラスミドの何れかでなければならない。また、エントリはchromosome番号が割り当てられない（unanchored など）も、Finished level genomic sequences セットの一部に含めることができます。
原核生物では、レプリコン単位（ゲノム及びプラスミド）の全長配列が読み取られていることが期待されます。
真核生物では、各chromosomeの配列にシーケンシングギャップ（セントロメア、テロメア、繰り返し配列が連続する部分などの読み取りが困難領域）を含む一つながりの配列を、Finished level として登録可能です。シーケンシングギャップ領域のアノテーションが、必須です。

データ登録の要点

Finished level genomic sequences の登録は Mass Submission System (MSS) から申し込んで下さい。
Finished level genomic sequences の登録に先立ち、BioProject と BioSample への登録を完了し、それらアクセッション番号をFinished level genomic sequences エントリに記載をします。
Raw read sequences は、DDBJ Sequence Read Archive (DRA)に登録可能です。アセンブリの構築に使用した run data のアクセッション番号は、 Finished level genomic sequences エントリに記載をします。
source以外のCDS、tRNA、rRNA等の biological feature を記載する場合には、BioSample の登録時にlocus_tag prefix を必ず取得して下さい。
biological feature の記載は任意ですが、過去に登録例がない生物種のゲノムデータには、記載が必要です。

以下のサイトも併せてご覧下さい。

DDBJ フォーマットの例

Finished level genomic sequences 配列エントリの特徴

アクセッション番号はAccession prefix 2 文字と数字 6 桁を基本とします。
DEFINITION 行には以下の各項目が表示されます。
- 原核生物では、chromosomeが1本で構成されるゲノム配列エントリの場合、全長ゲノム配列であることを示す “complete genome”が表示されます。
真核生物では、一つながりの chromosomeの配列エントリにchromosome番号が表示されます。
COMMENT ブロックには以下の各項目が表示されます。

タグ名	値（内容）
Assembly Method	アセンブルに使用したアルゴリズムの名称とバージョン
Assembly Name	生物名を含まないゲノムアセンブリの名称・バージョン。真核生物ゲノムの場合は必須
Genome Coverage	ゲノム配列決定の深度、被覆度。ゲノム全体推定塩基の被覆率として算出
Sequencing Technology	配列解析に使用された sequencing platform 名

原核生物ゲノムエントリのフラットファイルの例
- Accession: AP025277-AP025279
- Example: Aeromonas hydrophila strain; NUITM-VA1, chromosome and plasmid
真核生物ゲノムエントリのフラットファイルの例
- Accession: AP023152-AP023171
- Example: Felis catus, chromosome genome assemblies
- AP023152 chromosome A1 エントリ