Environmental sequence の登録

種、あるいは、個体を特定しない手法により得られた配列データの種別の対応を示します。

環境サンプル (environmental sample) 由来の配列とその付帯情報からなるデータです。
よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。
環境サンプルとは、生物種が同定できない環境 DNA サンプルに由来した配列です。PCR、DGGE、あるいは、その他の方法で直接、分子を単離した場合などが該当します。
環境サンプルには以下を含みますが、下記で全てを網羅している訳ではありません。

土壌、海水などから、直接、分子を単離したサンプル
臨床系サンプル、腸の内容物、表皮上、その他、特定宿主に関連すると推測される種を同定できない生物
環境サンプル由来の混合培養系
参照: メタゲノムアセンブリ

環境サンプルに該当しないデータ

単離培養を経た (cultured) な微生物
- よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。
培養が困難でも再現性の高い対象 (下記で全てを網羅しているという意味ではありません。)
- 特定宿主から確実に回収できる内部共生生物
- 多くの cyanobacteria のように容易に同定可能であるが培養ができない生物
- 純粋培養は不可能でも罹患植物から確実に回収できる phytoplasma

登録における注意事項

例外もありますが、原則、判明している範囲での lineage に “uncultured” を冠して「生物名」を記載します。
詳しくは、Organism Qualifier について 3. 環境サンプルをご参照ください。
source feature に /environmental_sample qualifier の記載が必須です。
source feature に /isolation_source qualifier の記載してサンプルの由来の概略を示す必要があります。
/isolate, /clone あるいは /submitter_seqid qualifier に識別子の記載が必要です。詳しくは、識別子についてをご参照ください。
/strain qualifier を記載することはできません。

小規模な配列データ

ENV division と扱います。

大規模な配列データ

特に NGS データを用いた研究などは BioProject と BioSample にもご登録ください。

特定の標的遺伝子を大規模解析した場合は Targeted Locus Study と扱います。

種・個体の再構成を意図した解析の場合、対象がゲノムか RNA 転写産物かに依り、適宜、Genome Project あるいは Transcriptome Project に則った登録が必要です。