DDBJ Annotated/Assembled Sequences
Environmental sample 由来配列データ
Environmental sample 由来配列データ
種、あるいは、個体を特定しない手法により得られた配列データの種別の対応を示します。
環境サンプル (environmental sample) 由来の配列と その付帯情報からなるデータです。
よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。
環境サンプルとは、生物種が同定できない環境 DNA サンプルに由来した配列です。PCR、DGGE、あるいは、その他の方法で直接、分子を単離した場合などが該当します。
環境サンプルには以下を含みますが、下記で全てを網羅している訳ではありません。
- 土壌、海水などから、直接、分子を単離したサンプル
- 臨床系サンプル、腸の内容物、表皮上、その他、特定宿主に関連すると推測される種を同定できない生物
- 環境サンプル由来の混合培養系
- 参照: メタゲノムアセンブリ
環境サンプルに該当しないデータ
- 単離培養を経た (cultured) な微生物
- よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。
- 培養が困難でも再現性の高い対象 (下記で全てを網羅しているという意味ではありません。)
- 特定宿主から確実に回収できる内部共生生物
- 多くの cyanobacteria のように容易に同定可能であるが培養ができない生物
- 純粋培養は不可能でも罹患植物から確実に回収できる phytoplasma
登録における注意事項
- 例外もありますが、原則、判明している範囲での lineage に “uncultured” を冠して「生物名」を記載します。
詳しくは、Organism Qualifier について 3. 環境サンプルを ご参照ください。 - source feature に /environmental_sample qualifier の記載が必須です。
- source feature に /isolation_source qualifier の記載してサンプルの由来の概略を示す必要があります。
- /isolate, /clone あるいは /submitter_seqid qualifier に識別子の記載が必要です。 詳しくは、識別子についてを ご参照ください。
- /strain qualifier を記載することはできません。
小規模な配列データ
ENV division と扱います。
大規模な配列データ
特に NGS データを用いた研究などは BioProject と BioSample にも ご登録ください。
特定の標的遺伝子を大規模解析した場合は Targeted Locus Study と扱います。
種・個体の再構成を意図した解析の場合、対象がゲノムか RNA 転写産物か に依り、適宜、Genome Project あるいは Transcriptome Project に則った登録が必要です。