Environmental sequence の登録

種、あるいは、個体を特定しない手法により得られた配列データの種別の対応を示します。

環境サンプル (environmental sample) 由来の配列と その付帯情報からなるデータです。
よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません
環境サンプルとは、生物種が同定できない環境 DNA サンプルに由来した配列です。PCR、DGGE、あるいは、その他の方法で直接、分子を単離した場合などが該当します。
環境サンプルには以下を含みますが、下記で全てを網羅している訳ではありません。

  • 土壌、海水などから、直接、分子を単離したサンプル
  • 臨床系サンプル、腸の内容物、表皮上、その他、特定宿主に関連すると推測される種を同定できない生物
  • 環境サンプル由来の混合培養系

ただし、特定宿主から確実に回収できる内部共生生物、多くの cyanobacteria のように容易に同定可能であるが培養ができない生物、純粋培養は不可能でも罹患植物から確実に回収できる phytoplasmas といった対象は環境サンプルとは扱いません。

登録における注意事項
小規模な配列データ
ENV division と扱います。
大規模な配列データ
特に NGS データを用いた研究などは BioProjectBioSample にも ご登録ください。
特定の標的遺伝子を大規模解析した場合は Targeted Locus Study と扱います。
種・個体の再構成を意図した解析の場合、対象がゲノムか RNA 転写産物か に依り、適宜、Genome Project あるいは Transcriptome Project に則った登録が必要です。