DDBJ Annotated/Assembled Sequences
Environmental sequence の登録
Environmental sequence の登録
種、あるいは、個体を特定しない手法により得られた配列データの種別の対応を示します。
環境サンプル (environmental sample) 由来の配列と その付帯情報からなるデータです。
よく混同されますが、環境サンプルとは「野生型」という意味ではありません。
環境サンプルとは、生物種が同定できない環境 DNA サンプルに由来した配列です。PCR、DGGE、あるいは、その他の方法で直接、分子を単離した場合などが該当します。
環境サンプルには以下を含みますが、下記で全てを網羅している訳ではありません。
- 土壌、海水などから、直接、分子を単離したサンプル
- 臨床系サンプル、腸の内容物、表皮上、その他、特定宿主に関連すると推測される種を同定できない生物
- 環境サンプル由来の混合培養系
ただし、特定宿主から確実に回収できる内部共生生物、多くの cyanobacteria のように容易に同定可能であるが培養ができない生物、純粋培養は不可能でも罹患植物から確実に回収できる phytoplasmas といった対象は環境サンプルとは扱いません。
- 登録における注意事項
-
- 例外もありますが、原則、判明している範囲での lineage に “uncultured” を冠して「生物名」を記載します。 詳しくは、Organism Qualifier について 3. 環境サンプルを ご参照ください。
- source feature に environmental_sample qualifier の記載が必須です。
- source feature に isolation_source qualifier の記載してサンプルの由来の概略を示す必要があります。
- clone, isolate あるいは submitter_seqid qualifier に識別子の記載が必要です。
- strain qualifier を記載することはできません。
- 小規模な配列データ
- ENV division と扱います。
- 大規模な配列データ
- 特に NGS データを用いた研究などは BioProject と BioSample にも ご登録ください。
- 特定の標的遺伝子を大規模解析した場合は Targeted Locus Study と扱います。
- 種・個体の再構成を意図した解析の場合、対象がゲノムか RNA 転写産物か に依り、適宜、Genome Project あるいは Transcriptome Project に則った登録が必要です。