DDBJ Annotated/Assembled Sequences
MGA
[重要] MGA データの新規登録は終了しました。
INSDC では,ゲノム配列・アセンブルのアノテーションに有用な情報を提供する大規模な配列群を受け入れるために新たなデータカテゴリーを創設しました。この新規データカテゴリーの名称は MGA (Mass sequence for Genome Annotation) です。MGA データの定義は以下となっております。
- MGA データの定義
- MGA is defined as those sequences which are produced in large quantity in view of genome annotation.
- MGA データとして登録可能なデータ
- ゲノムアノテーションに役立つ生物学的特徴を有する配列データ (転写物の末端部分など) 。
- 大量なデータセット (原則的に,1リソース* 当たり1万以上のユニークな配列セット) 。
DDBJ フォーマットの例
MGA データの公開形式は1エントリごとではなく,リソースを単位に行われます。公開ファイルは以下に示す Master record および Variable record から構成されています。MGA の公開データには,KEYWORDS 行に必ず “MGA” が記載されています。
Master record
リソース毎に作成されるファイルで,各リソースの共通情報が記載されています。
Master record の例
LOCUS ZZZZZ0000000 mRNA linear ROD 24-JAN-2005
DEFINITION Mus musculus 1 month adult cerebellum short transcripts tag.
ACCESSION ZZZZZ0000000
VERSION ZZZZZ0000000.1
KEYWORDS MGA; CAGE (Cap Analysis Gene Expression).
SOURCE Mus musculus (house mouse)
ORGANISM Mus musculus
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia;
Sciurognathi; Muroidea; Muridae; Murinae; Mus; Mus.
REFERENCE 1 (bases 1 to 1450)
AUTHORS Mishima,H., Yamada,T. and Liu,G.Q.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (30-NOV-2009) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
Contact:Hanako Mishima
National Institute of Genetics, DNA Data Bank of Japan; Yata 1111,
Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
REFERENCE 2
AUTHORS Mishima,H., Shizuoka,T. and Fuji,I
TITLE The gene expression analysis of short transcripts tags
JOURNAL Unpublished (2010)
COMMENT The CAGE (cap analysis gene expression) is based on preparation
and sequencing of concatamers of DNA tags deriving from the
initial 20/21 nucleotides from 5' end mRNAs.
Full-length cDNAs were at first selected with the Cap-Trapper
method. Then, a specific linker (Linker1, some linker contain 5 bp
sequences that have 15 variations for each rna sample) containing
the ClassIIs restriction enzyme site MmeI was then ligated to the
single-strand cDNA and then the second strand of cDNA synthesized.
(中略)
FEATURES Location/Qualifiers
source
/db_xref="taxon:10090"
/dev_stage="1 month adult"
/mol_type="mRNA"
/organism="Mus musculus"
/strain="C57BL/6J"
/tissue_type="cerebellum"
MGA ZZZZZ0000001-ZZZZ0340780
total number of count : 856609
Header Format
>[ACC#]|[submitter's identifier]|[number of sequence
count]|[map]|[free text]|[db_xref1(,db_xref2,...)]|
//
Variable record
リソース毎に各エントリの塩基配列およびアクセッション番号,マップ情報,配列のカウント数など関連情報が記載されています。
Variable record の例
>ZZZZZ0000001|ABC1004AA60F1902|10|9B|lipidosis-related protein Lipidosin|
GI:2385656|
gactgtcttcggtgaatgca
>ZZZZZ0000002|ABC1003AE78G1607|5||||
gcggaagtcggaccggtcgca
>ZZZZZ0000003|ABC1003AE72P1806|6||||
gggagaccgatccgggatct
>ZZZZZ0000004|ABC1003AE30G1801|91||||
gagtcgggtcggtggggctgt
>ZZZZZ0000005|ABC1003AA45J1501|55||||
ggggaatctgcagcctgggc
>ZZZZZ0000006|ABC1003AE67B0902|152||||
gagccgtccccgacgccgcca
(以下略)
書式: | >[ACC#]|[submitter’s identifier]|[number of sequence count]|[map]|[free text]|[db_xref1(,db_xref2,…)]| |
- 1エントリは Header 行と塩基配列行から構成されています。Header 行は “>” で始まり,各エントリに関連する6つの項目が続きます。各項目は “|”(pipe) によって区切られています。
- 各エントリの関連情報は変更・更新は可能ですが,配列の更新は認められておりません。
>ZZZZZ0000001|ABC1004AA60F1902|100|9B|lipidosis-related protein Lipidosin| MGI:2385656|
gactgtcttcggtgaatgca
ZZZZZ0000001 [ACC#] |
エントリのアクセッション番号 |
ABC1004AA60F1902 [submitter’s identifier] |
登録者が割り当てたID |
100 [number of sequence count] |
リソースにおいて当該配列が得られた数 |
9B [map] |
配列の map 情報 |
lipidosis-related protein Lipidosin [free text] |
配列に関する情報(自由形式での記述) |
MGI:2385656 [db_xref1(,db_xref2,…)] |
配列に関する外部データベース情報 |
gactgtcttcggtgaatgca |
エントリの塩基配列 |