上限
実際に観測される連続した配列であるならば、塩基配列長の上限はありません。
ただし、染色体を操作的に連結した配列のような場合は受け付けません。染色体毎に個別の配列として受け付けます。
500 kbases より長い配列の場合は、塩基配列登録システム (NSSS) ではなく、Mass Submission System (MSS) から登録をお願いします。
下限
2021 年 6 月以降、100 塩基より短い場合、登録をお断りしています。
参考
送付した配列データが登録されないということはあるのですか
DDBJ に登録可能なデータ