SRA では公開されている Run を別の Run に差し替えた場合、対応関係を記録するため、旧 Run 番号を新 Run 番号のセカンダリ番号にします。
例えば DRR046787 が DRR049544 に置き換わった場合、DRR049544 が primary、DRR046787 が secondary accession として XML では以下のように記載されます。

<RUN accession="DRR049544" center_name="HOKU_FS" alias="DRR049544">
  <IDENTIFIERS>
    <PRIMARY_ID>DRR049544</PRIMARY_ID>
    <SECONDARY_ID>DRR046787</SECONDARY_ID>
  </IDENTIFIERS>
  <TITLE>454 GS Junior sequencing of SAMD00041397</TITLE>
  <EXPERIMENT_REF accession="DRX042075" refcenter="HOKU_FS" refname="DRX042075"/>
</RUN>

NCBI では DRR046787 で検索すると DRR049544 が表示されます。https://ncbi.nlm.nih.gov/sra/DRR046787
また、NCBI SRA Run Browser では secondary である DRR046787 が小さく併記されます。DRR049544

Experiment DRX と Submission DRA 番号のセカンダリも同様の扱いになります。