JPO への特許出願の際に提出された塩基配列は、出願している特許案件の内容公開、いわゆる出願公開の際に DDBJ へ転送・登録・公開される仕組が確立していますので、通常は、DDBJ へご登録いただく必要はありません。
もし、論文投稿の関係などで、特許出願と並行してアクセッション番号の取得が必要な場合は、特許取得に支障がないか、まずは特許庁へ直接ご確認をお願いいたします。その後でDDBJ へその旨を添えてご登録ください。
塩基配列データがDDBJ から公開された場合、「公知」の扱いになりますので注意が必要です。