公開された塩基配列データは DDBJ, EMBL-Bank, GenBank で共有されますので、登録は何れかへ1度のみで 必要十分です。
既に DDBJ に登録した配列を GenBank に登録した場合、重複登録になりますので 登録しないでください。

雑誌によっては「GenBank へ塩基配列を登録するように」と案内されている場合もありますが、DDBJ が発行したアクセッション番号は GenBank を含む 国際塩基配列データベースに共通です。