アミノ酸翻訳の仕様は国際塩基配列データベースの規約で決まっています。
当該 CDS feature がアミノ酸翻訳される際の遺伝暗号表は /transl_table qualifier に The Genetic Codes の番号で示されます。
よく誤解される点を３つ挙げておきます。

  • オルガネラ; /organelle qualifier を指定しなければ、ミトコンドリアなどの genetic code が正しく反映されません。
  • 開始コドンと扱う場合は M Met メチオニンと扱います。G あるいは V にはなりません。
    参照; Start codon, N-Formylmethionine
  • コドン縮重により、２塩基でも翻訳アミノ酸が一意に決定可能な場合は出力します。

また、RNA editing に代表される特殊な例外の記載もあります。