DDBJ では、SNV, CGH analysis, microarray, variation といったデータを扱う公的データベースが存在しませんが、NCBI または EBI にて登録が可能です。
適宜、下記へご登録ください。詳細は各データベースにお尋ねください。

NCBI: Gene Expression Omnibus (GEO), dbSNP, dbVar, ClinVar
EBI: ArrayExpress, European Variation Archive (EVA), Database of Genomic Variants archive (DGVa)

なお、ヒトに由来するデータの場合、下記の何れかのアクセス制限データベースへの登録が必要になることがあります。
The database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP)
European Genome-phenome Archive (EGA)
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)

参考
SNP のデータを DDBJ に登録すると dbSNP にも反映されますか
DNA 多型のデータはどのように記載して登録すれば良いでしょうか