get-entryの機能追加のおしらせ　

タンパク質の立体構造DBブラウザ （ PDB Retriever）が公開されました。 このシステムは，WWW上にて、インタラクティブに検索や情報解析・参照を行なう形態のシステムです。

WWW版get-entry からFASTAフォーマット形式での出力表示が可能となりましたのでお知らせいたします。 操作方法はWeb上の出力フォーマット指定をFASTA形式に切り替えるだけです。 対象となるデータベースは DDBJ, GenBank, EMBL, PIR, SWISS-PROT,PDBです。

本日、SAKURAV2.1がリリースされました。改訂内容は以下のリリースノートをご参照ください。

----------SAKURAV2.1リリースノート-------------

１）概要

SAKURAV2.1は、バージョンV2.0のバージョンアップ版とする。 V2.0に対する主な改訂点は、フィーチャービューアの付加とする。

２）改訂内容詳細

２.１）フィーチャービューア
フィーチャービューアは、入力作業中に入力されたフィーチャー情報のロケーションをグラフィカルに確認するためのビューアとする。 Java appletなので、Netscape3.0またはそれ以降のWWWブラウザを必要とする。

２.２）必須項目入力漏れ検出機能
必須項目の入力漏れエントリーを防止するエラーチェック機能とする。 最終確認頁の[SUBMIT]ボタンがクリックされた時点で、上記機能が利用される。

公開予定日が到来すると配列データは公開されます
１９９８年１月より，ＤＤＢＪに登録された配列データの公開原則が変更になります 。これまでは，非公開扱いで登録された配列データは，
　(i)登録者から公開依頼があった場合，または
　(ii)論文の発表が確認された場合
に，公開しておりました。新しい原則では，上記(i),(ii)の場合か，または
　(iii)公開予定日が到来した場合に，
配列データは公開できることになります。 この原則は，１９９８年１月１日以後に登録された配列データから，適用されます。 配列データの公開予定日を延期したい場合には，必ず，公開予定日の前日までにＤＤ ＢＪに書面 （FAX, E-Mail, 郵便）でお知らせ下さい。
この変更により，登録された配列データはすべて，公開日が到来した後は必ず公開さ れることになり，非公開扱いのまま放置されるデータがなくなります。 この点をご理解の上，これからもできるだけ正確なデータの登録をお願いいたします。

アクセッション番号によるエントリー検索を行うgetentryのWWW版では，従来のDNAデータベースに加え， タンパク質配列データベースも検索対象になりました。
今回検索対象に追加されたタンパク質配列データベースは，PIR, SWISS-PROT, PDB, PATENTです。
検索方法は従来と同様，検索対象データベースを指定し，アクセッション番号を入力して下さい。 複数検索は最大10件まで可能で，検索結果は瞬時に画面上に表示，もしくはメールで返送されます。 アクセッション番号が既知の場合には，SFgateとWAISを使用した場合よりもずっとはやくエントリーを得ることができます。 ご利用下さい。

　　ＤＤＢＪデータベース運用・開発局ＤＤＢＪデータベース構築局
ＤＤＢＪが公開するデータの中には、塩基配列が由来する生物の分類に関する情報 （Source/Organism）が含まれています。 ＤＤＢＪでは、これまで独自の生物分類データベースに基づいて、これらの情報を記載しておりましたが、国際DNAデータベース（DDBJ/EMBL/GenBank） としての見地から、現在、EMBL/GenBankが使用している生物分類データベースを利用することに決定し、９７年７月１日をもってGenBankのUnified Taxonomyに移行することになりました。 このため、以前に公開されたデータを含む全てのＤＤＢＪのデータについて、Unified Taxonomyに適合させるための改訂作業を行っています。
既に公開されているデータについては、次回リリースから、また、７月１日以降に公開されるデータについては、新しい生物分類データベースに基づく生物分類系譜 （Lineage）の作成を順次行います（既に公開されているデータの中には、Lineageが変更されるものもあります）。 また、DEFINITION行における生物名の表示には、全ての生物について学名（属名＋種名）が使用されることとなりました。 なお、複数の学名をもつ生物については、Unified Taxonomyの基準に則した表示に変えられることがありますので、ご了承下さい。

　　国立遺伝学研究所　ＤＮＡデータベース等利用者各位
現在、国立遺伝学研究所の大型コンピュータ(supernig)で電子メールを利用する場合のメールアドレスは、平成８年７月８日より 「user-ID@supernig.nig.ac.jp」(user-IDの部分にはユーザIDが入ります)と改められました。 そのため利用者の移行期間として、平成９年６月末日まで現アドレス「user-ID@supernig.nig.ac.jp」および旧アドレス 「user-ID@ddbj.nig.ac.jp」を併用して運用しております。
しかし、１９９７年６月末日をもって移行期間が終了するため、１９９７年７月１日から、メールアドレスが「user-ID@supernig.nig.ac.jp」に統一されます。 そのため、旧アドレスである「user-ID@ddbj.nig.ac.jp」は利用できなくなります。 もう一度ご確認ください。

• 遺伝学研究所外でメーリングリスト登録をされている方は、変更の旨をメーリングリスト管理者へ通知してください。
• プログラム等で実行終了時にメール配信を組み込んでいる方、ソースコードを修正してください。
• メールツール等でシグネチャにメールアドレスを記述されている方は、設定を変更してください。
• 名刺などにメールアドレスを印刷されている方は、新刷してください。
• 論文等でメールアドレスを記述している方は、差し替えはできませんので、わかる範囲で変更のお知らせを行なってください。またこれから載せようとしている方は、新しいアドレスで投稿してください。

なお、DDBJの電子メールアドレスに変更はありません。
　　ＤＤＢＪシステム管理局(ddbjsys@ddbj.nig.ac.jp)

FASTA/BLASTを使用した相同性検索（ホモロジーサーチ）のページが２月１７日に更新され，FASTAはVersion 3.0に，BLASTはVersion1.4.9になりました。
これらのシステムは，Netscape 3.0 にて最適化されています。 ＤＤＢＪのホームページから，データベース検索　FASTA/BLASTを使用した相同性検索（英語ページの場合はDatabase Searches Homology Search using FASTA and BLAST）という項目を選択して下さい。
特徴は以下の通りです。

• 検索結果を、ブラウザ上に表示します。
• DDBJ リリースDB に限り、DIVISION の指定ができます。
• 検索結果内の、ACCESSION No.から、それに対応するエントリーにリンクが張ってあります。
• 検索結果一覧から、各々のアラインメントへ移動ができます。
• ファイルから、塩基配列を送信することができます。(Netscape Navigator 2.0 以上)

なお、FASTA の検索は数分から数十分かかる場合があります。 ご利用下さい。