日本の理化学研究所を中心とした「国際FANTOMコンソーシアム」は,理研オミックス基盤研究領域が開発した遺伝子解析手法(CAGE法)と次世代シーケンサーを用いて,ヒト白血病細胞株のTHP-1細胞の単芽球から単球への分化における遺伝子ネットワークを解明しました。さらに,tiRNA という新しい種類の非タンパクコードRNA (non-coding RNA; ncRNA)の発見など種々の新しい知見を得ました。
今回の成果は,哺乳動物におけるトランスクリプトーム解析をリードする FANTOM の FANTOM 1-3 に続く FANTOM 4 の成果であり,論文は4月19日(日本時間4月20日)付けの『Nature Genetics』および『Genome Biology』の論文にオンライン公開されています。
本研究に関連する約3,000万の MGA (Mass sequence for genome annotation) エントリの配列情報は DDBJ に登録され,国際塩基配列データベースから公開されています。DDBJ の検索ツール getentry でデータを閲覧・取得することができます。
参考URL:
MGAエントリのアクセッション番号は以下の通りです。
- 新規公開
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- AIAAA0000001-AIAAT0061351 (986847 entries)
- AJAAA0000001-AJACQ0384276 (9162304 entries)
- AKAAA0000001-AKAAG0377780 (700794 entries)
計:10,849,945エントリ
- 更新
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- AAAAA0000001-AAAEJ0212805 (6246064 entries)
- ABAAA0000001-ABABV0069939 (4450158 entries)
- AFAAA0000001-AFAAR0391757 (7824360 entries)
- AGAAA0000001-AGAAA0552486 (552486 entries)
計:19,073,068エントリ
これらは4/17分の新着データとしてDDBJより公開されており,getentry またはプロジェクト番号単位での Anonymous FTP 一括取得が可能です。
関連論文
- 『Nature Genetics』:
- 『Genome Biology』:
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