bam 登録時にリファレンス配列を指定する方法は以下の二通りがあります。

  • リファレンスレポジトリーに存在する場合は INSDC/RefSeq アクセッション.バージョン番号で指定
  • レポジトリーにない場合はマルチ fasta で指定

PacBio や IonTorrent のリファレンスの無い bam (unmapped bam) の場合，対応表も fasta も不要です。

詳しくはマニュアルの該当箇所をご覧ください。