WABI VecScreen
VECSCREEN の job の投入
以下のパラメーターを POST します。
format, result は必須です。
result に mail を指定した場合は address も必須となります。
パラメーター | 説明 |
---|---|
format | request ID を返す際の応答データの形式。 text, json, xml, bigfile, imagefile, requestfile が受け付けられますが、job投入時に意味があるのは text, json, xml の3つです。 |
querySequence | vecscreen 実行時に vecscreen に渡す配列ファイル。 FASTAフォーマットを使用します。 |
database | vecscreen実行時に使用するデータベース。 UniVec(多数のベクターだけでなくリンカー・アダプター・プライマー配列から、効率的な検索のために冗長な部分を除いて作成された塩基配列データベース。データベースに含まれる配列は、少数の疑陽性ヒットを許容することで contamination の検出を最大にするように選ばれています。) または UniVec_Core(疑陽性のヒット数を最小にするように選ばれた UniVec のサブセット。)を指定します。 |
parameters | 出力ファイルのフォーマットの指定として、”-f 0”(HTML format, with alignments (default)), “-f 1”(HTML format, no alignments), “-f 2”(Text list, with alignments), “-f 3”(Text list, no alignments)のいずれかを記述します。 |
result | 結果通知方法。 www, mail のいずれか。 mail の場合、job 完了時に address に記述したメールアドレスに対して検索終了の通知が送信されます。 www の場合は何もしないので、POST 時に返された request ID を使って GET で job の状態を調べる。 |
address | result で mail を指定した場合に検索終了の通知を受け取るメールアドレス。 |
VECSCREEN の結果の取得
パラメーター | 説明 |
---|---|
GET vecscreen/{id}?info=status | job が走っている、キューにたまっている、終わっている、存在しない、ということを返します。 |
GET vecscreen/{id}?info=request | プログラム実行条件を返します。 存在しない場合は、エラーを返します。 |
GET vecscreen/{id}?info=result | job が終わっていたら結果(multiple alignment, profile alignment を実行した場合は alignment の結果、-TREE を実行した場合は .ph ファイル、-BOOTSTRAP を実行した場合は .phb ファイル、-CONVERT を実行した場合はフォーマット変換後のファイル)を返します。 終わってない・存在しない場合は、エラーを返します。 |
サンプルスクリプト
vecscreen-client.pl
複数配列のベクター配列のチェック
conf.json
{
"urlStr": "http://ddbj-staging.nig.ac.jp/wabi/vecscreen/",
"fasta": "/home/hoge/script/vec.fasta",
"database": "UniVec",
"parameters": "-f 0",
"result": "www",
"address": ""
}
vec.fasta
>1
tgaattcgagctcggtacccggggatcctctagagtcgacctgcaggcatgcaagcttggc
>2
ggaattcgagctcggtacccggggatcctctagagtcgacctgcaggcatgcaagcttggc
>3
agaattcgagctcggtacccggggatcctctagagtcgacctgcaggcatgcaagcttggc
>4
cgaattcgagctcggtacccggggatcctctagagtcgacctgcaggcatgcaagcttggc
multi fastaデータをvecscreenにかけてベクター配列の有無をチェックする
hoge@huga ~/script $ perl vecscreen-client.pl vecscreen_conf.json
request-ID: wabi_vecscreen_2013-1009-1446-20-728-899018
waiting
finished
Search result is outputed to wabi_vecscreen_2013-1009-1446-20-728-899018.txt
出力された wabi_vecscreen_2013-1009-1446-20-728-899018.txt は、ジョブ実行時に parameters を “-f 0” としているので実際は html ファイルである。