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データのアップロード

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データのアップロード

DRA/GEA/DDBJ/MetaboBank のデータを DDBJ センターのファイル受付サーバにアップロードする方法を説明します。
受付サーバのホスト名とポート番号は以下になります。

  • ホスト名: ftp-private.ddbj.nig.ac.jp
  • ポート番号: 22

アップロード先ディレクトリはデータベース毎に異なります。
DRA と GEA ではアップロード先ディレクトリの下にサブディレクトリを作成しないでください。

  • DRA: ~/<DRA submission ID> (例 test07-0018)
  • GEA: ~/gea/<GEA submission ID> (例 ESUB000350)
  • DDBJ: ~/mass
  • MetaboBank: ~/metabobank

DDBJ Mass Submission System の登録において、 ウェブフォームからアップロードできないサイズのファイルはこちらの方法で受付サーバにアップロードしてください。

JGA データは専用サーバにアップロードします。

ターミナル

Linux/Mac OS X

ファイルを SCP 転送します。

コマンドの形式:
scp -i <Your private key> <Your Files> <D-way Login ID>@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp:~/<Destination directory>

  • <Your private key for authentication>: D-way アカウントに登録した認証用公開鍵とペアになる秘密鍵。例 ~/.ssh/id_rsa
  • <Your Files>: 転送するファイル。
    例: strainA_1.fastq、raw1.txt raw2.txt (raw1.txt と raw2.txt)、*.bam (拡張子 bam の全ファイルをワイルドカードで指定)
  • <D-way Login ID>: D-way の Login ID。例 test07
  • <Destination directory>: アップロード先ディレクトリ。
    例 DRA: <DRA submission ID>、GEA: <GEA submission ID>、DDBJ: /mass、MetaboBank: /metabobank

コマンドの例 (DRA)

$ scp -i ~/.ssh/id_rsa strainA_1.fastq test07@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp:~/test07-0018

パスフレーズを入力します（鍵にパスフレーズを設定した場合）。

Enter passphrase for key '/home/you/.ssh/id_rsa':

サーバにログインし、直接ファイルを操作することができます。サーバに SSH でログインします。

$ ssh -i <Your private key> <D-way Login ID>@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp

コマンドの例

$ ssh -i ~/.ssh/id_rsa test07@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp

パスフレーズを入力します（鍵にパスフレーズを設定した場合）。

Enter passphrase for key '/home/you/.ssh/id_rsa':

ログインに成功すると、次のようなコマンドプロンプトが表示されます。

[test07@at056 ~]$

ログイン環境は、登録者専用のプライベート環境になっており、登録者以外はアクセスすることができません。
実行できるコマンドは下記のものに制限されています。不要なファイルの削除は登録者が実施することができます。

ls cd cp mv rm more mkdir tar gzip gunzip bzip2 bunzip2 zip unzip

PowerShell (Windows)

Windows PowerShell を使ってコマンドラインでデータを転送する方法を説明します。

スタートメニューで “powershell” と入力し、検索されたアプリ “PowerShell” を起動します。
PowerShell を検索して起動

ファイルを SCP 転送します。 コマンドの形式:
scp -i <Your private key> <Your Files> <D-way Login ID>@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp:~/<Destination directory>

  • <Your private key>: D-way アカウントに登録した認証用公開鍵とペアになる秘密鍵。例 ~/.ssh/id_rsa
  • <Your Files>: 転送するファイル。
    例: strainA_1.fastq、raw1.txt raw2.txt (raw1.txt と raw2.txt)、*.bam (拡張子 bam の全ファイルをワイルドカードで指定)
  • <D-way Login ID>: D-way の Login ID。例 test07
  • <Destination directory>: アップロード先ディレクトリ。
    例 DRA: <DRA submission ID>、GEA: <GEA submission ID>、DDBJ: /mass、MetaboBank: /metabobank

コマンドの例 (DRA)

> scp -i ~/.ssh/id_rsa strainA_1.fastq test07@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp:~/test07-0018

パスフレーズを入力します（鍵にパスフレーズを設定した場合）。

Enter passphrase for key '/home/you/.ssh/id_rsa':

サーバにログインし、直接ファイルを操作することができます。サーバに SSH でログインします。

> ssh -i <Your private key> <D-way Login ID>@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp

コマンドの例

> ssh -i ~/.ssh/id_rsa test07@ftp-private.ddbj.nig.ac.jp

パスフレーズを入力します（鍵にパスフレーズを設定した場合）。

Enter passphrase for key '/home/you/.ssh/id_rsa':

ログインに成功すると、次のようなコマンドプロンプトが表示されます。

[test07@at056 ~]$

ログイン環境は、登録者専用のプライベート環境になっており、登録者以外はアクセスすることができません。
実行できるコマンドは下記のものに制限されています。不要なファイルの削除は登録者が実施することができます。

ls cd cp mv rm more mkdir tar gzip gunzip bzip2 bunzip2 zip unzip

WinSCP (Windows)

画面操作でデータを転送できる WinSCP を使った方法を説明します。

WinSCP をインストールし、起動します。

以下のように設定した後、 右中央にある [Advanced…] をクリックします。
転送モードはバイナリモードにします。テキストモードで転送しないでください。

  • File protocol: SFTP
  • Host name: ftp-private.ddbj.nig.ac.jp
  • Port number: 22
  • User name: (D-way の Login ID を入力)
  • Password: (空欄のまま)

秘密鍵の選択１

“Authentication” にある “Private key file” で、事前に作成した PuTTY 形式の秘密鍵を選択します。

秘密鍵の登録2

最後に、下中央にある [Login] をクリックします。

winSCPへのログイン

初回接続時には警告メッセージが表示されますが、”はい” を選択してください (次回から表示されません)。次の画面では、鍵を作成した際に指定したパスフレーズを入力します。

ログインに成功すると、左側のウィンドウにユーザの PC のフォルダ、右側のウィンドウに受付サーバの登録者専用ディレクトリが表示されます。 左側ウィンドウでファイルを選択し右側ウィンドウへドラッグ＆ドロップし、サーバへファイルを転送します。

ファイルの転送

転送したファイルは、ファイルを選択し [削除] ボタンをクリックすることで削除できます。

Cyberduck (Mac OS X)

画面操作でデータを転送できる Cyberduck を使った方法を説明します。

Cyberduck (https://cyberduck.io) をインストールし、起動します。

トップ画面で “Open Connection” を選択します。

Cyberduck の設定画面で、以下のように設定します。

  • 転送方式: SFTP (SSH File Transfer Protocol)
  • Server: ftp-private.ddbj.nig.ac.jp
  • Port: 22
  • Username: (D-wayの Login ID を入力)
  • Password: (空欄のまま)
  • SSH Private Key: D-way に登録した公開鍵のペアになる認証用秘密鍵を選択
  • Add to Keychain: (チェックを入れる)

秘密鍵 (private key) はデフォルトで “ユーザのホームフォルダ .ssh フォルダ (Finder からは見えない隠しフォルダ) > id_rsa” に保存されています。

Configuration

初回接続時には警告メッセージが表示されますが “常に” を選択してください (次回から表示されません)。

ログインに成功すると、データ受付サーバの登録者専用ディレクトリが表示されます。登録者の PC にあるファイルを選択しウィンドウにドラッグ＆ドロップすることで、ファイルをサーバに転送します。

転送がうまくいかない場合

以下の FAQ を参照してください。

  • scp でファイルの転送ができません
  • ホスト鍵不一致の警告が表示され ftp-private にアクセスできません