| getentry | アクセッション番号(データベース中のエントリの ID)を与えると,データを返します。 |
| gethistory (この機能は新設) |
アクセッション番号(データベース中のエントリの ID)を与えると,データの変更履歴を返します。 |
*特許庁由来アミノ酸配列の更新履歴は今のところとっておりません。
以下の2種類があります。
| 通常の GET method | http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=データベース名&accession_number=アクセッション番号&追加のパラメーター(任意) |
| smart URL | http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号
http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号/?追加のパラメーター(任意) http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/データベース名/アクセッション番号/リビジョン ID /?追加のパラメーター(任意) |
|
(例)
通常の GET method によるアクセッション番号 AB601234 の検索
http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry?database=ddbj&accession_number=AB601234
smart URL による特許庁由来アミノ酸配列 BD500001 の検索
http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/patent_aa/BD500001
|
|
accession 番号(必須): 検索対象の Accession 番号を指定します。
| バージョン番号 |
|
| 複数 Accession 番号 |
|
| 範囲指定 |
|
|
対象の Accession 番号が存在しない,または表示できない場合,該当の Accession 番号に対する結果は何も表示されず,limit で上限が制限されているときの数にもカウントされません。 デフォルトでの表示件数が10件に設定されているため,それ以上の件数を指定する場合には "limit" で設定を解除して下さい。 |
|
database(任意): 検索対象のデータベースを指定します。
| デフォルト | na |
| DNA 系 | na , mga |
| Protein 系 | aa, uniprot, pdb, dad, patent_aa (特許庁由来アミノ酸配列) |
|
na (デフォルト)を指定すると,DDBJ/EMBL/GenBank 三極のデータベースを検索します。 na を指定すると,WGS, TPA のエントリも検索対象となります。 ※ DDBJ release に WGS,TPA は含まれておりません。 aa を指定すると,dad,patent_aa, uniprot, pdb をこの順番で検索します。 |
|
revision(任意): 指定された revision 時点を検索します。
| 通常 | yyyy-MM-dd hh:mm:ss |
| リリース時 | yyyy-MM-dd hh:mm:ss release |
| バージョン番号と revision が同時に指定されているとき,revision が優先されます。 | |
format(任意): 結果の出力フォーマットを指定します。
| デフォルト | flatfile |
| flatfile | DDBJ フラットファイル形式 |
| xml | INSDSeq-XML version 1.4 形式 |
| fasta | [DNA 系] 全塩基配列 FASTA |
| [Protein 系] アミノ酸配列 FASTA | |
| trans | [DNA 系] CDS アミノ酸 FASTA |
| cds | [DNA 系] CDS 塩基配列 FASTA |
| [DAD 限定] 塩基配列 FASTA (for DAD) | |
| seqres | [Protein 系] PDB アミノ酸 FASTA |
LOCUS AB628096 390 bp RNA linear VRL 24-FEB-2012
DEFINITION Human rhinovirus C gene for polyprotein, partial cds, strain:
HRV/Yamaguchi/2010/89.
ACCESSION AB628096
VERSION AB628096.1
KEYWORDS .
SOURCE Human rhinovirus C
ORGANISM Human rhinovirus C
Viruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage;
Picornavirales; Picornaviridae; Enterovirus.
REFERENCE 1 (bases 1 to 390)
AUTHORS Kobayashi,M., Arakawa,M., Okamoto,R., Tsukagoshi,H., Ryo,A.,
Mizuta,K., Hasegawa,S., Hirano,R., Wakiguchi,H., Kudo,K.,
Tanaka,R., Morita,Y., Noda,M., Kozawa,K., Ichiyama,T., Shirabe,K.
and Kimura,H.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (06-MAY-2011) to the DDBJ/EMBL/GenBank databases.
Contact:Miho Kobayashi
Gunma Prefectural Institute of Public Health and Environmental
Sciences; Kamiokimachi 378, Maebashi, Gunma 371-0052, Japan
REFERENCE 2
AUTHORS Arakawa,M., Okamoto-Nakagawa,R., Toda,S., Tsukagoshi,H.,
Kobayashi,M., Ryo,A., Mizuta,K., Hasegawa,S., Hirano,R.,
Wakiguchi,H., Kudo,K., Tanaka,R., Morita,Y., Noda,M., Kozawa,K.,
Ichiyama,T., Shirabe,K. and Kimura,H.
TITLE Molecular epidemiological study of human rhinovirus species A, B
and C from patients with acute respiratory illnesses in Japan
JOURNAL J. Med. Microbiol. 61, 410-419 (2012)
REMARK DOI:10.1099/jmm.0.035006-0
COMMENT
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..390
/collection_date="14-Jan-2010"
/country="Japan:Yamaguchi"
/db_xref="taxon:463676"
/host="Homo sapiens"
/isolation_source="Nasopharyngeal swab"
/mol_type="genomic RNA"
/organism="Human rhinovirus C"
/strain="HRV/Yamaguchi/2010/89"
CDS 1..>390
/codon_start=1
/product="polyprotein"
/protein_id="BAK22546.1"
/transl_table=1
/translation="MGAQVSKQNVGSHENSVSATGGSVIKYFNINYYKDSASSGLTKQ
DFSQDPSKFTQPLAEALTNPALMSPTVEACGMSDRLKQITIGNSTITTQDTLNSILAY
GEWPKYLSDLDASSVDKPTHPETSSDRF"
BASE COUNT 124 a 95 c 77 g 94 t
ORIGIN
1 atgggcgcac aggtgagcaa gcaaaatgtc ggctcgcacg aaaattcagt ctcagccacg
61 ggtggatccg tgattaagta tttcaacatc aattactaca aggattctgc tagctctggc
121 ttgactaaac aagatttttc ccaagaccca tcgaaattca cacaacctct agcagaagca
181 cttacaaatc cagctttaat gtcaccaact gttgaagcat gtgggatgtc cgataggctt
241 aaacaaatta ctatcgggaa ttccactata acaacacaag atacactaaa ctctatactg
301 gcatatgggg agtggcccaa atacttgagt gacctggacg cttcctcagt ggataagcct
361 acccacccag agacatcatc tgatagattt
//
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE INSDSet SYSTEM "INSD_INSDSeq.dtd">
-<INSDSet>
-<INSDSeq> <INSDSeq_locus>AB601234</INSDSeq_locus>
<INSDSeq_length>358</INSDSeq_length>
<INSDSeq_moltype>DNA</INSDSeq_moltype>
<INSDSeq_topology>linear</INSDSeq_topology>
<INSDSeq_division>PLN</INSDSeq_division>
<INSDSeq_update-date>18-MAY-2011</INSDSeq_update-date>
<INSDSeq_definition>Ainsliaea faurieana chs gene for chalcone ......
<INSDSeq_primary-accession>AB601234</INSDSeq_primary-accession>
<INSDSeq_accession-version>AB601234.1</INSDSeq_accession-version>
<INSDSeq_source>Ainsliaea faurieana</INSDSeq_source>
<INSDSeq_organism>Ainsliaea faurieana</INSDSeq_organism>
<INSDSeq_taxonomy>Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; .......
-<INSDSeq_references>
-<INSDReference>
<INSDReference_reference>1</INSDReference_reference>
<INSDReference_position>1..358</INSDReference_position>
-<INSDReference_authors> <INSDAuthor>Mitsui,Y.</INSDAuthor>
<INSDAuthor>Setoguchi,H.</INSDAuthor> </INSDReference_authors>
<INSDReference_title>Direct Submission</INSDReference_title>
<INSDReference_journal>Submitted (17-NOV-2010) to the DDBJ/.....
-<INSDReference>
------- 以下略 -----
>HE963104-1|CCJ27876.1|111|<1..111|Streptococcus thermophilus|predicted..... gggttgtcctgtgatgagggaatgctggcagtaggaggacttggtgctgtaggtggcccg tggggagctgtcggtggggtgttagtaggtgcagccttatactgtttctaa >HE963104-2|CCJ27877.1|201|130..330|Streptococcus thermophilus|hypothetical..... atgaataataaacaacttgaaagatttaaaaaactggatacaaatgcattgtctaatgta agtggtcaaggctatggtgctcaatgtgttattggtactgccggaatgacgattgtcggt gcagctttctttggcatcgcaggtgcaggagctggatttgcaggcggtagcacagcattt tgttatggtacagctgaataa >HE963104-3|CCJ27878.1|219|686..>904|Streptococcus thermophilus|..... atggcaactcaaacaattgaaaactttaacacccttaacctcgaaacacttgctagtgtt gaaggaggtggatgtggttggagaggcgcaggtggagcgactgttcaaggagctatcggg ggagcgtttggaggtaatgtagttttaccagttgtaggctcagttcctggttatctagct ggtggtgttctaggtggtgcaggtggtactgttgcctat
filetype(任意): 出力のファイルタイプを指定します。
| デフォルト | text |
| html | HTMLファイル(ACCESSION, ORGANISM等 にリンクあり) |
| text | テキストファイル |
| gz | gz圧縮ファイル |
|
gz圧縮ファイルのファイル名はformatの指定値によって以下のようになります。
[DNA系]flatfile
[DNA系]xml [DNA系]fasta [DNA系]trans [DNA系]cds [Protein系]flatfile [Protein系]fasta [Protein系]cds
flatfile.txt.gz
insd.xml.gz fasta_na.txt.gz cds_aa.txt.gz cds_na.txt.gz flatfile.txt.gz fasta_aa.txt.gz cds_aa.txt.gz |
|
パソコン上に上記のような画面が表示されます。
LOCUS FW383979 2675 bp DNA linear PAT 14-OCT-2010
DEFINITION JP 2006521812-A/1: GENETIC POLYMORPHISMS ASSOCIATED WITH RHEUMATOID
ARTHRITIS, METHODS OF DETECTION AND USES THEREOF.
ACCESSION FW383979
VERSION FW383979.1
KEYWORDS JP 2006521812-A/1.
SOURCE Homo sapiens (human)
ORGANISM Homo sapiens
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE 1 (bases 1 to 2675)
AUTHORS Alexander,H.C., Bigobikku,A.B. and Kagiru,M.
TITLE GENETIC POLYMORPHISMS ASSOCIATED WITH RHEUMATOID
ARTHRITIS, METHODS
OF DETECTION AND USES THEREOF
JOURNAL Patent: JP 2006521812-A 1 28-Sep-2006;
APLERA CORPORATION
COMMENT OS Homo sapiens
PN JP 2006521812-A/1
PD 28-Sep-2006
show_suppressed (任意): suppressed データを表示します。
| true | suppressed データを表示 |
| false | suppressed データを表示しない |
| デフォルト | 10件 |
| 0以下の数字を指定 | 無制限 |
件数が多い場合,表示に時間がかかる場合があります。また,ブラウザの性能により,全件表示できない場合があります。
trace(任意): Secondary Accession が指定された場合に,Primary への転送を設定します。
| true | primary データを表示 |
| false | primary データを表示しない |
accession 番号(必須):検索対象のAccession番号を指定します。
指定方法は getentry と同じです。
特許庁由来アミノ酸配列の履歴はありません
database(任意):検索対象のデータベースを指定します。
| デフォルト | na |
| DNA 系 | na |
指定したデータベースが履歴管理に対応していない場合は,空の結果を返します。
filetype(任意): 出力のファイルタイプを指定します。
| デフォルト | text |
| html | HTMLファイル |
| text | テキストファイル |
例えば,アクセッション番号が AB000001 であるエントリに対する URL は
アクセッション番号が BD500001 である特許庁由来アミノ酸配列のエントリに対する URL は,
これを指定すると,該当のエントリが表示されます。試しに次のアクセッション番号をクリックしてみて下さい。
DRA へのリンク設定方法は,上記の方法とは異なりますので,DRA のホームページをご参照下さい。
ご自身のホームページを作成される場合に,この URL をご活用下さい。