DDBJ塩基配列登録システム (NSSS)では、FASTA 形式(登録数が1配列の場合)または multi-FASTA 形式(登録数が複数配列の場合)の塩基配列を入力してください。
関連ページ: 塩基配列のフォーマットについて

MSS から submission を行う場合には、終端子として配列情報終了フラグ(//)の挿入が必要です。登録ファイル形式 - 配列ファイルを参照してください。

参考
ウィキペディア "FASTAフォーマット"