Make Sra Error

data excessive while validating formatter within short read archive module - cumulative length of reads data in file(s): 152 is greater than spot length declared in experiment: 76 in spot ‘xxxx’

Run の filetype で ‘fastq’ を選択している場合、Experiment の Spot length に記載されているリード長と実際の配列長が一致しなければなりません。ペアリードの場合は両者を足し合わせた長さが Spot length に相当します。もし、リード長が一定でない場合は Run の filetype で ‘generic_fastq’ を選択し、平均の配列長を記載してください。

fastq-load err: data inconsistent while validating formatter within short read archive module - cumulative length of reads data in file(s): 70 is less than spot length declared in experiment: 152, most probably mate-pair is absent in spot ‘xxxx’

Run の filetype が ‘fastq’ の場合，「リード長が揃っていること」と「ペアの場合，ペアとなっているファイル中でペアリードが同じ順番で記載されていること」が必要になり，そうではない場合にエラーになります。これらを揃えるか、Run の filetype を ‘generic_fastq’ に変更します。

constraint violated while executing function within virtual database module

リード名が Run 単位でユニークではない可能性があります。

path not found while accessing directory within file system module - no message text available

ファイルが認識されていません。次の場合にエラーになります。

  • ファイル名に空白が含まれている
  • ファイルがサブディレクトリ下にある
  • fastq ファイルが tar などでまとめられている

CheckSum Error

Run に記載されている md5 値とサーバにアップロードされたファイルの md5 値が異なっています。 以下を確認します。

  • ファイルの破損がないかどうか
  • メタデータに入力した md5 値が間違っていないかどうか

File Name Error

Undefined or File not found: @SQ SN:

Bam ファイルの登録では Bam ファイルの他に「SN-リファレンス配列の対応表」が必要です。 詳細は以下をご参照ください。 https://www.ddbj.nig.ac.jp/dra/submission.html#bam-file