Make Sra Error
constraint violated while executing function within virtual database module
リード名が Run 単位でユニークではない可能性があります。
FAQ: データファイルはどのように処理されますか？を参照し、重複しているリード名があれば修正してください。
path not found while accessing directory within file system module - no message text available
アップロードされたファイルが認識されていません。次の場合にエラーになります。
- ファイル名に空白が含まれている。
- ファイルがサブディレクトリ下にある。
- fastq ファイルが tar などでまとめられている。
CheckSum Error
Run に記載されている MD5 値とサーバにアップロードされたファイルの MD5 値が異なっています。
まずは手元のファイルの MD5 値とメタデータに入力した MD5 値が一致しているかどうかを確認します。
- メタデータに入力した MD5 値が間違っている場合、メタデータを修正します。
- 一致している場合、転送中にファイルが破損した可能性があるので、ファイルを再アップロードします。
File Name Error
Undefined or File not found: @SQ SN:
BAM ファイルの登録では BAM ファイルの他に「SN-リファレンス配列の対応表」が必要です。 詳細は「データファイル」をご参照ください。
Metadata XML upload
SPOT_DESCRIPTOR を追加・編集したメタデータ XML 登録時に起こるエラーとしては以下のものがあります。
Application read のないリード
Read composition
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | ATCCGG | CATCAGTTGAT………………………………………………… |
| Base Coordinate : | 1 | 7 50 |
| Read Type : | Primer | Linker (少なくとも一つの application を持っている必要がある) |
矛盾する塩基座標を持つリード
Read 1 composition
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | ATCCGG…………… | CATCAG…………… |
| Base Coordinate : | 1 | 1 (1 以上である必要がある) |
| Read Type : | Forward | Reverse |
Read 2 composition
| Read Index : | 0 | 1 | 2 |
| Read : | TCAG | ATAGAGTTG……… | TCGTATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAGTT |
| Base Coordinate : | 1 | 5 | 4 (5 以上である必要がある) |
| Read Type : | Adapter | Forward | Reverse |
Read 3 composition
| Read Index : | 0 | 1 |
| Read : | ATCCGGGTGTGTCATCAG | CATCAG…………… |
| Base Coordinate : | 2 (1 から始まる必要がある) | 19 |
| Read Type : | Adapter | Forward |
位置の特定できない Relative order を持ったリード
Read composition
| Read Index : | 0 | 1 | 2 | 3 |
| Read : | TCAG | ATAGA…………… | ………………… | CTCAT………………………………………………………… |
| Base Coordinate : | 1 | 5 | ||
| Read Type : | Adapter | Forward | Linker | Forward (この forward の位置が特定できない) |
Spot (Read Spec) metadata
| Read Index | Read Class | Read Type | Ordering Method |
|---|---|---|---|
| 0 | Technical Read | Adapter | BaseCoord = 1 |
| 1 | Application Read | Forward | BaseCoord = 5 |
| 2 | Technical Read | Linker | RelativeOrder |
| 3 | Application Read | Forward | RelativeOrder |