一般的な対応方法については 途中に出現する終止コドンへの対応 をご確認ください。
タンパク質コード配列; CDS feature について も ぜひ ご覧ください。
以下では代表的な事例について説明しています。

  1. CDS の読み枠 (フレーム) を示す /codon_start は正しく記載されているでしょうか。
    1, 2, 3 から適切な読み枠を選択してください。

    参考:
    codon_start qualifier による翻訳開始の位置補正
    “First codon [***] is not a start codon.” / “Final codon [***] is not a stop codon.” というエラーが表示されました
    “Value of [ codon_start ] is not 1, but [###..###] is 5′ complete type.” というエラーが表示されました

  2. genetic code が /transl_table に正しく記載されているでしょうか。
    下記をご参照の上、genetic code を適切に設定してください。

    参考:
    The Genetic Codes
    /transl_table qualifier について
    “Invalid value [***] for [transl_table] qualifier.” というエラーが表示されました
  3. フレームシフトやナンセンス変異などで、stop codon が実際に生じているでしょうか。

    1. pseudogene の場合
      CDS 横の “Select Qualifier” から /pseudogene を追加してください。/pseudogene には規定値 でタイプを指定する必要があります。
      詳細は b) pseudogene と見做される場合 をご参照ください。

    2. pseudogene とは断言できない場合、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程、その他理由が不明で stop codon が生じている場合 CDS feature ではなく、misc_feature を用いて記載してください。
      詳細は a) nonsense mutation、frame shift などと推定されるが理由不明、または、IgG などの獲得免疫関連で多様性が生じる過程の場合 をご参照ください。

  4. その他
    ribosomal slippage、RNA editing、例外的なアミノ酸翻訳、IS や Tn などの挿入などでも、このエラーメッセージが出力されることがあります。