SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) を含む配列を DDBJ に登録することはできますが、dbSNP には反映されません。
dbSNP国際塩基配列データベースとは独立しており、NCBI が独自に運用しているデータペースです。
SNP データにつきましては dbSNP に登録されることをお薦めします。

DDBJ に登録する場合の書式に関しましては、登録の見本B13) polymorphism and variation をご参照ください。

参考
単一塩基変異 (SNV)、構造多型 (structural variation)、コピー数変異 (CNV) データなどは どこに登録すれば良いのでしょうか
DNA 多型のデータはどのように記載して登録すれば良いでしょうか