SNP のデータを DDBJ に登録しても dbSNP には反映されません。
DDBJ に登録する場合の書式に関しましては、配列データ記載例のF: Variation、および、多型関連研究における同一配列の代表データ登録をご参照ください。
ヒトの SNP データは、TogoVar-repository で受付けています。
現在、NCBI dbSNP とのデータ交換を予定していますが、まだ実現していないため、TogoVar-repository に登録された SNP は dbSNP には反映されません。
FAQ「一塩基バリアント (SNV)、コピー数バリアント (CNV) 、および構造バリアントのデータは、どこに登録すればよいでしょうか」もご参考ください。