SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) を含む配列を DDBJ に登録することはできますが、dbSNP には反映されません。
dbSNPは 国際塩基配列データベースとは独立しており、NCBI が独自に運用しているデータペースです。
SNP データにつきましては dbSNP に登録されることをお薦めします。

DDBJ に登録する場合の書式に関しましては、登録の見本 の F: Variation をご参照ください。

参考