DDBJ が WWW と E-mail で提供している相同性検索サービスのうち,FASTA, BLAST, SSEARCH の検索対象 データベースに,DDBJ 定期リリースから16S rRNA 配列データを取り出したデータセットを追加しました。詳細は下記の通りです。

  • データベース名:16S rRNA (Prokaryotes)
  • 作成方法:
    1. DDBJ 定期リリースの BCT ディビジョンのフラットファイルを対象に,以下の条件を満たす配列を抽出する。(300bp 以下は除外)
    • Feature の Key が "rRNA"
    • product 行に "16S", "RRS", "SSU" が含まれる
  • その後,配列の strand チェックを行い,アンチセンス配列と思われるものを除外した。
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