DDBJ が WWW ならびに E-mail,Web API で提供しているサービスのうち,下記サービスの提供を終了いたします。ユーザの皆様にはご不便をおかけいたしますが,ご理解くださいますようお願いいたします。
サービス名 | 終了日 | 代わりに使用できるサービス |
---|---|---|
E-mail による検索・解析サービス | ||
getentry | 2008.9.12(終了) | getentry (WWW 経由 *1 / WABI 経由 *2) |
get-version | 2008.9.12(終了) | getentry (WWW 経由 *1 / WABI 経由 *2) |
FASTA | 2008.9.12(終了) | FASTA (WWW 経由 *1 / WABI 経由 *2) |
BLAST | 2008.9.12(終了) | BLAST (WWW 経由 *1 / WABI 経由 *2) |
SSEARCH | 2008.9.12(終了) | SSEARCH (WWW 経由 *1) |
ClustalW | 2008.9.12(終了) | ClustalW (WWW 経由 *1 / WABI 経由 *2) |
HMMPFAM | 2008.9.12(終了) | HMMPFAM (WWW 経由 *1) |
キーワード検索 | ||
SRS (WWW 経由,WABI 経由とも) |
2008.12.26(終了) | ARSA (WWW 経由 / WABI 経由
*2) ==>SRS のサービス終了について |
配列パターンマッチ | ||
SQmatch | 2008.11.14(終了) | |
タンパク質データベースおよび構造解析 | ||
PDB Retriever | 2008.11.14(終了) | |
Libra | 2008.11.14(終了) | GTOP (WWW 経由 / WABI 経由 *2) |
Lib score | 2008.11.14(終了) |
*1:WWW でクエリーを送信し,結果を E-mail で受け取るサービスは引き続きご利用いただけます。
*2:WABI=Web API for Biology; Web API をプログラムから呼ぶことによって利用いただけます
SRS (Sequence Retrieval System) のサービス終了について
DDBJ では,現在,キーワード検索サービスとして,SRS(Sequence Retrieval System) と ARSA(All-round Retrieval of Sequence and Annotation) の2つのシステムを WWW ならびに WABI にて提供しておりますが,2008年12月末日をもちまして,WWW,WABI ともに,SRS の提供を終了することになりました。1999年1月に WWW 版を公開して以来,長らく SRS をご利用いただいておりますユーザの方には ARSA に乗り換えていただくお手間をおかけすることになり恐縮ですが,今後は ARSA をご愛用くださいますようお願いいたします。以下に,SRS と ARSA の比較をとりまとめましたので,ご参照下さい。
(1)ARSA と SRS の検索機能について
A R S A | S R S | |
---|---|---|
基本検索エンジン | 高速 XML 型データベース検索エンジン(インターステージシュンサク(Interstage Shunsaku))を塩基配列データベース用に適合 | EBI(European Bioinformatics Institute) で開発されたキーワード検索システムをDDBJ データベースの検索に便利な形に再構築 |
特徴 |
|
|
比 較 項 目 | ARSA | SRS | |
---|---|---|---|
検索機能 | 複数 DB 一括検索 | ○ | ○ |
フィールド検索 | ○ | ○ | |
DDBJ flat file の Feature/Qualifier 指定 | ○ | × | |
高頻度単語検索 | ○ | ○ | |
and/or/not の使用 | ○* | ○ | |
解析ツールとの連携 | ○ | ○ | |
検索速度 | 高速 | 遅い |
*:Quick Search でも,演算子 not を簡易に指定できるように改良中(2008年8月現在)
(2)ARSA 開発の歴史
DB 数 | ||
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2004.12 | DDBJ HP にて試験運用開始 検索対象 DB は,”DDBJ 定期リリース”と”DDBJ 新着データ”の2つのみ |
2 |
2005.12 | 機能更新 24時間運用を開始 |
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2007.02 | 検索可能 DB 数の増加 | 23 |
2007.07 | 大規模な機能更新と本運用開始 <主な新機能>
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2007.10 | DDBJ HP デザイン更新に伴い,HP上部検索窓よりのキーワード検索が可能に | |
2007.10 | TX Search からの参照機能がSRS からARSA へ変更 | |
2007.11 | 2007.07 に引き続いての機能強化 <主な新機能>
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24 |
2008.05 | 検索対象 DB の整理 PFAM 関連 DB のうち,冗長な4DB を削除 |
20 |
(3)利用者数の推移
下記に2007年1月から2008年6月までの利用者数の推移を示します。 ユニークユーザ数を見ると,ARSA が継続的に増加,SRS が減少からややフラットに,という傾向が見て取れます。また,ページビューでも,2008年3月に ARSA が SRS を上回りました。
ユニークユーザ数:指定した期間に1ページでも表示したホストの数。同一のホストがその期間中に複数回訪問した場合でも1回しかカウントされない
ページビュー:サイト内のページ(画像等は含まず)が何回表示されたかを示し,サイトのアクセス数の指標として最もよく利用される数値
(4)結論
DDBJ では,2004年12月に ARSA のサービスを開始して以来,より使いやすいサービスを目指して機能改善を重ねてきました。また,最近では,生命情報関連の学会でのポスター発表や,DDBJing 講習会等で ARSA での検索方法の講義や実習を行うなど,普及活動に力を入れてきました。ユーザの ARSA の利用度の増加はこれらの結果が反映されたものであり,ARSA は SRS に比肩しうるサービスに成長したものと判断し,SRS のサービスを2008年12月末を持って終了することといたしました。
DDBJ では,今後さらに,皆様からのご意見をもとにして,より使いやすく強力なキーワード検索システムを目指して ARSA の機能拡張を進めていきます。 ARSA についてのご意見・ご要望等がありましたら,ARSA にて 「Your Comment」 をクリックして, DDBJ までお送り下さい。