DDBJ が WWW ならびに E-mail,Web API で提供しているサービスのうち,下記サービスの提供を終了いたします。ユーザの皆様にはご不便をおかけいたしますが,ご理解くださいますようお願いいたします。

サービス名 終了日 代わりに使用できるサービス
E-mail による検索・解析サービス
  getentry 2008.9.12(終了) getentry (WWW 経由 *1WABI 経由 *2
  get-version 2008.9.12(終了) getentry (WWW 経由 *1WABI 経由 *2
  FASTA 2008.9.12(終了) FASTA (WWW 経由 *1WABI 経由 *2
  BLAST 2008.9.12(終了) BLAST (WWW 経由 *1WABI 経由 *2
  SSEARCH 2008.9.12(終了) SSEARCH (WWW 経由 *1
  ClustalW 2008.9.12(終了) ClustalW (WWW 経由 *1WABI 経由 *2
  HMMPFAM 2008.9.12(終了) HMMPFAM (WWW 経由 *1
キーワード検索
  SRS
(WWW 経由,WABI 経由とも)
2008.12.26(終了) ARSA (WWW 経由WABI 経由 *2
==>SRS のサービス終了について
配列パターンマッチ
  SQmatch 2008.11.14(終了)  
タンパク質データベースおよび構造解析
  PDB Retriever 2008.11.14(終了)  
  Libra 2008.11.14(終了) GTOP (WWW 経由WABI 経由 *2
  Lib score 2008.11.14(終了)  

*1:WWW でクエリーを送信し,結果を E-mail で受け取るサービスは引き続きご利用いただけます。
*2:WABI=Web API for Biology; Web API をプログラムから呼ぶことによって利用いただけます

DDBJ では 2008年12月26日をもちまして SRS (Sequence Retrieval System) サービスを終了いたしました。今後は ARSA をご利用下さい。

SRS (Sequence Retrieval System) のサービス終了について

DDBJ では,現在,キーワード検索サービスとして,SRS(Sequence Retrieval System) と ARSA(All-round Retrieval of Sequence and Annotation) の2つのシステムを WWW ならびに WABI にて提供しておりますが,2008年12月末日をもちまして,WWW,WABI ともに,SRS の提供を終了することになりました。1999年1月に WWW 版を公開して以来,長らく SRS をご利用いただいておりますユーザの方には ARSA に乗り換えていただくお手間をおかけすることになり恐縮ですが,今後は ARSA をご愛用くださいますようお願いいたします。以下に,SRS と ARSA の比較をとりまとめましたので,ご参照下さい。

(1)ARSA と SRS の検索機能について

A R S A S R S
基本検索エンジン 高速 XML 型データベース検索エンジン(インターステージシュンサク(Interstage Shunsaku))を塩基配列データベース用に適合 EBI(European Bioinformatics Institute) で開発されたキーワード検索システムをDDBJ データベースの検索に便利な形に再構築
特徴
  • 複雑な検索条件や大量のヒットがある条件で検索しても,これまで提供してきたキーワード検索システムに比べて遥かに短時間(5~10秒)で検索結果を返すことが可能
  • DDBJ を対象にした検索では,Features/Qualifiers を指定した詳細な条件による検索が可能
  • SOAP/REST による各種 WEB API の利用が可能
  • シンプルなキーワードのみを指定する Quick Search から,検索式を直接指定するAdvanced Search まで,検索条件の設定を様々に設定可能
  • SOAP/REST による各種 WEB API の利用が可能

比 較 項 目 ARSA SRS
検索機能 複数 DB 一括検索  ○   ○ 
フィールド検索  ○   ○ 
DDBJ flat file の Feature/Qualifier 指定  ○   × 
高頻度単語検索  ○   ○ 
and/or/not の使用  ○ 
解析ツールとの連携  ○   ○ 
検索速度 高速 遅い

:Quick Search でも,演算子 not を簡易に指定できるように改良中(2008年8月現在)

(2)ARSA 開発の歴史

    DB 数
2004.12 DDBJ HP にて試験運用開始
検索対象 DB は,”DDBJ 定期リリース”と”DDBJ 新着データ”の2つのみ
 2 
2005.12 機能更新
24時間運用を開始
 
2007.02 検索可能 DB 数の増加  23 
2007.07 大規模な機能更新と本運用開始
<主な新機能>
  • 複数DB検索結果の一括ダウンロード
  • 結果画面での表示項目が再選択可能
  • Java や Perl からARSAの機能を呼べるように API を充実
 
2007.10 DDBJ HP デザイン更新に伴い,HP上部検索窓よりのキーワード検索が可能に  
2007.10 TX Search からの参照機能がSRS からARSA へ変更  
2007.11 2007.07 に引き続いての機能強化
<主な新機能>
  • 検索対象 DB にKEGG Pathway データベースの追加
  • DDBJ 以外のデータベースへの詳細検索機能
  • 全24DB の共通項目による串刺し検索機能
 24 
2008.05 検索対象 DB の整理
PFAM 関連 DB のうち,冗長な4DB を削除
 20 


(3)利用者数の推移

下記に2007年1月から2008年6月までの利用者数の推移を示します。 ユニークユーザ数を見ると,ARSA が継続的に増加,SRS が減少からややフラットに,という傾向が見て取れます。また,ページビューでも,2008年3月に ARSA が SRS を上回りました。


ユニークユーザ数:指定した期間に1ページでも表示したホストの数。同一のホストがその期間中に複数回訪問した場合でも1回しかカウントされない
ページビュー:サイト内のページ(画像等は含まず)が何回表示されたかを示し,サイトのアクセス数の指標として最もよく利用される数値

(4)結論
DDBJ では,2004年12月に ARSA のサービスを開始して以来,より使いやすいサービスを目指して機能改善を重ねてきました。また,最近では,生命情報関連の学会でのポスター発表や,DDBJing 講習会等で ARSA での検索方法の講義や実習を行うなど,普及活動に力を入れてきました。ユーザの ARSA の利用度の増加はこれらの結果が反映されたものであり,ARSA は SRS に比肩しうるサービスに成長したものと判断し,SRS のサービスを2008年12月末を持って終了することといたしました。

DDBJ では,今後さらに,皆様からのご意見をもとにして,より使いやすく強力なキーワード検索システムを目指して ARSA の機能拡張を進めていきます。 ARSA についてのご意見・ご要望等がありましたら,ARSA にて 「Your Comment」 をクリックして, DDBJ までお送り下さい。