DDBJ BioProject Handbook

BioProject

概要

目的

新しいシークエンシング技術が登場し,大量のデータが日々生み出されるようになっています。 これに伴い,大型の共同研究プロジェクトが増え,多くのグループが様々なデータを複数のデータベースに登録するようになっています。 BioProject は研究プロジェクトと INSDC が運営するデータベースに存在するデータを管理します。 BioProject によりプロジェクトの種類や特徴といった項目でデータベースを横断してデータを検索することができるようになります。

BioSample と他の DDBJ データベースとの連携
BioProject/BioSample と他の DDBJ データベースとの連携

プロジェクト

"Project" は複雑なプロジェクトや異なる特徴を持ったサブプロジェクトを表現できるよう,柔軟に定義されています。

例えば,以下のような研究に対して BioProject を作成することができます:

  • ゲノムシークエンシングとアセンブリ
  • メタゲノム
  • 転写産物シークエンシングと遺伝子発現
  • ターゲットローカスのシークエンシング
  • 遺伝学的もしくは RH マッピング
  • エピジェネティックス
  • 表現型と遺伝型
  • 変異の検出

BioProject は同じプロジェクトに由来するデータ,それからまとめて提供したいデータに対して作成します。 大型プロジェクトから産出されるデータの種類ごとにサブプロジェクトをつくることもできます。

複合プロジェクト

Project Data Type を複数選択 (例: Genome Sequencing と Transcriptome or Gene Expression) することで,ゲノムシークエンシングと遺伝子発現解析といった異なる研究を一つのプロジェクトにまとめることができます。

複数の生物種を対象としたプロジェクトの場合,Organism name には共通する階層までの生物分類 (例,属レベルまで) を記入します。

Sample scopeMaterialCapture で該当するものがない場合は "Other" を選択します。

Publication には複数の文献情報を記載することができます。

プライマリープロジェクトとアンブレラプロジェクト

プロジェクトにはプライマリープロジェクトとアンブレラプロジェクトの二種類があります。

プライマリープロジェクト

既に登録したデータ,または,これから登録しようとしているデータをまとめるために登録者が作成するプロジェクト。 関連するデータが公開されるまで非公開にすることができます。

アンブレラプロジェクト

関連性のあるプロジェクトを上位レベルでまとめるためのプロジェクト。アンブレラプロジェクトは特定のルールに従って自動的に作成されたり, データベーススタッフがユーザからのリクエストに基づいて作成したり,グループ化が必要なプロジェクトが同定された場合に作成されます。 非公開にすることはできません。

アンブレラプロジェクトは大規模なプロジェクトや研究費の提供元が同一のプロジェクトといった関連するプロジェクトを上位レベルでまとめるために存在しています。 プライマリープロジェクトは登録されているデータにリンクされ,さらに1つ以上のアンブレラプロジェクトにリンクすることができます。 プライマリープロジェクト同士が直接リンクされることはなく,それらはアンブレラプロジェクトを介して間接的にリンクされます。

配列データはアンブレラプロジェクトを直接参照することはできません。プライマリープロジェクトを介してアンブレラにリンクされます。

階層構造

アンブレラプロジェクトは研究費の提供元と協力してつくることができます。 例えば,最上位にコンソーシアム全体をまとめるアンブレラプロジェクト (例: "Genome Science Project") を作成し, その下にコンソーシアムを構成するサブプロジェクトに対するプライマリープロジェクト (例: reference genomes,rRNA sequencing,metagenomes など) を作成することができます。

いくつかの大規模プロジェクトを1つ以上のアンブレラプロジェクトで表すことができます。 最上位レベルで共同研究プロジェクト全体を表し,二段目で産出されるデータの種類に対してアンブレラプロジェクトを作成,最後の三段目で実際に登録されるデータにリンクされるプライマリープロジェクトを作成する,といった構成です。

階層構造の模式図。(A)二階層 (B)三階層
階層構造の模式図。(A)二階層 (B)三階層
二階層 (A)

コンソーシアムは1つのアンブレラプロジェクトとデータにリンクされた1つ以上のプライマリープロジェクトから構成されます。例: Neanderthal Metagenome

三階層 (B)

いくつかのサブプロジェクトを持つ巨大プロジェクトは二階層のアンブレラプロジェクトで構成することができます。 最上位のアンブレラプロジェクトでコンソーシアム全体を表し, 中位レベルのアンブレラプロジェクトでプロジェクトのコンポーネントを表し, 最下段の複数のプライマリープロジェクトで異なるプロジェクトのデータタイプを表す場合などです。 例: NIH Human Microbiome Project (HMP) Roadmap Project

データ公開

プライマリープロジェクトとデータレコードの公開の仕組み
プライマリープロジェクトとデータレコードの公開の仕組み

DDBJ BioProject に登録されたプライマリープロジェクトは「即日公開」もしくは「非公開」にすることができます。

「非公開」の場合,登録されたプライマリープロジェクトはリンクされている DDBJ,DRA,DTA,DOR レコードが公開されるまで非公開に保たれます。 プロジェクトデータの公開予定日を設定することはできません。 プライマリープロジェクトはリンクされている DDBJ レコードが公開されると自動的に公開されます。 一方,プライマリープロジェクトの公開はリンクされている DDBJ レコードの公開を引き起こしません 。 あるプライマリープロジェクトにおいて,リンクされているレコードの公開は同一プロジェクトに属している他のレコードの公開を引き起こしません。 DDBJ レコードの公開はリンクしているプロジェクトの公開とは独立しています。

FAQ: BioProject/BioSample/塩基配列データの連動公開の仕組みは?

アンブレラプロジェクトとプライマリープロジェクト間の関係の可視性
アンブレラプロジェクトとプライマリープロジェクト間の関係の可視性

アンブレラプロジェクトは非公開にすることができません。
アンブレラプロジェクトは公開されているプライマリープロジェクトと非公開のプロジェクトの両者を持つことができます。 第三者は公開されているアンブレラプロジェクトと非公開のプライマリープロジェクト間の関係を見ることはできません。

公開されたプロジェクトデータは NCBIEBI の BioProject データベースと交換されます。

アンブレラプロジェクトの活用

アンブレラプロジェクトを使って関連するプライマリープロジェクトをまとめてください。 アンブレラを活用することでプロジェクトからの研究成果をまとめて表示することができます。

アンブレラプロジェクトの例
Neanderthal Metagenome
Escherichia coli O104:H4

アンブレラプロジェクトは通常のプライマリープロジェクトと同様登録アカウントシステムから登録します。 登録の際には必ず Private comments to DDBJ staff にこの登録がアンブレラであることを記入し DDBJ BioProject チームに伝えてください。 アンブレラプロジェクトを非公開にすることはできません。

アンブレラ単位でプライマリープロジェクトをまとめる場合,次の手順で行ってください。
まずはアンブレラを登録し,公開します。必要に応じて,登録者以外の関係者にもアンブレラに付与された PRJDB 番号を周知してください。

以降,関連するプライマリープロジェクトを登録する際には Umbrella BioProject に親となるアンブレラの PRJDB 番号を記入してください。 登録したプライマリープロジェクトが公開されると,自動的に指定したアンブレラに関連付けられます。

過去に登録したプライマリープロジェクトをアンブレラの傘下に追加したい場合は,アンブレラと追加したいプライマリープロジェクトの PRJDB 番号を DDBJ BioProject にお知らせください

公開されているアンブレラに関連付けたことによって非公開のプライマリープロジェクトが公開されることはありません。

メタデータ

必須*
条件によって必須*

Submitter

Submitter

登録者情報。登録に関する連絡はここに記載された E-mail アドレス宛てに行われます。 必要な人数分作成します。 連絡先情報は DDBJ BioProject スタッフが登録者に連絡するために使われ,一般に公開されることはありません。 連絡先情報の代わりに研究者の所属する組織に関する情報が公開されます。

First name
登録者の first name。
Last name*
登録者の last name。
E-mail*
E-mail アドレス。所属する組織ドメインのメールアドレスを指定してください。

Organization

コンタクトパーソンが所属する組織。

Submitting organization*
組織のフルネーム。
Submitting organization URL
登録者が所属する組織の URL。

Data Release

"Hold" か "Release" のどちらかを選びます。公開予定日を指定することはできません。データ公開の仕組みについてはプロジェクトの公開をご覧ください。

Hold
この BioProject ID を引用している DDBJ,DRA,DTA,DOR レコードが公開されたときに同時に公開されます。
Release
プロジェクトデータを即日公開する。この BioProject ID を引用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。

General info

Project Description

プロジェクト内容を記述します。

Project title*
プロジェクトの内容を表す短いタイトル。このタイトルは公開されたプロジェクトのタイトルとして使われます。例: Chromosome Y sequencing,Global studies of microbial diversity on human skin.
Description*
研究対象やゴールに関する記載。第三者がデータを解釈することができるように十分な量 (100 文字以上) の情報を記入します。
Private comments to DDBJ staff
データベーススタッフへの質問,プロジェクトに関する追加情報を記入します。内容は公開されません。アンブレラプロジェクトを登録する場合,ここにその旨を記載します。
Relevance
最も関連性が高い分野を選択します。
Relevance Description
Agricultural
Medical
Industrial バイオレメディエーション,バイオ燃料といった大量生産を意図している研究分野
Environmental
Evolution
ModelOrganism
Other 選択肢にない研究分野。"Relevance description" に研究分野を記入します。
Relevance description*
Other を選択したときはここに Relevance を記入します。

Umbrella BioProject

登録しようとしているプロジェクトが既に登録されているアンブレラプロジェクトに属する場合,そのアンブレラプロジェクトのアクセッション番号と概要を記入します。この情報はプロジェクトのリンクのために必要です。

Initiative description*
アンブレラプロジェクトについての記述。
Umbrella BioProject accession*
登録されているアンブレラプロジェクトのアクセッション番号。

プロジェクトに直接関連するリソースの URL とそれに付ける表示名。

Link description
プロジェクトに関連するウェブサイトの表示名。
URL
プロジェクトに関連するウェブサイトの URL。

Grants

プロジェクトの研究費に関する情報。

Agency
研究費助成機関の名前。例: Japan Society for the Promotion of Science。
Agency abbreviation
研究助成機関の名前の略称。例: JSPS。
Grant ID
研究費の番号 (関連文献で引用される研究費番号)。研究費番号での検索をサポートします。例: JSPS KAKENHI Grant Number 12345678
Grant title
研究費のタイトル。研究費のタイトルでの検索をサポートします。

Consortium

Consortium name
研究がコンソーシアムの一環として行われた場合,そのコンソーシアム名を記入します。
Consortium URL
コンソーシアムのウェブサイトがある場合そのサイトの URL を記入します。

Project type

Project data type

Project data type*

Project の分類。以下の選択肢から該当する type を選びます。複数選択することができます。News: Project data type を複数選択できるようになりました

NCBI ではプロジェクトにリンクしている実験データから独自に Project data type を割り振っています。また,EBI では Project data type を使用していません。

Project Data type Description
Genome Sequencing 全ゲノムや部分ゲノム塩基配列決定プロジェクト (ゲノムアセンブリの有無は問わない)
Clone Ends クローンエンド塩基配列決定プロジェクト
Epigenomics メチル化, ヒストン修飾, クロマチン構造に関するデータセット
Exome エクソームリシークエンシングプロジェクト
Map 塩基配列ではないマップデータをもたらすプロジェクト (genetic map, radiation hybrid map, cytogenetic map, optical map など)
Metagenome 環境サンプルの配列解析
Phenotype and Genotype 表現型と遺伝子型の相関を解析するプロジェクト
Proteome マススペクトロメトリー解析を含む大規模プロテオミクス実験
Random Survey ランダムに収集した (対象の包括的なサンプリングを目的としていない) サンプルから得られた配列
Targeted Locus (Loci) 特定の遺伝子座 (16S rRNA など) の塩基配列決定プロジェクト
Transcriptome or Gene Expression cDNA, EST, RNA-seq, マイクロアレイ実験を含む大規模 RNA 塩基配列決定や発現解析
Variation 集団間に存在する大小の変異を同定することを目的としたプロジェクト
Other ”Project data type description” に Project Data Type を記入します。
Project data type description*
Other を選択したときは Project data type をここに記入します。

Sample scope/Material/Capture/Methodology

Sample scope*
研究で使われた生物学的サンプルの対象を選択肢から選びます。
Sample scope Description
Monoisolate 単一の動物,培養細胞のセルライン,育種された均一な集団
Multiisolate 複数の個人や集団 (特定の種)
Multi-species サンプルが複数の種を含んでいる
Environment サンプルに含まれる種が不明
Synthetic 人工的に合成されたサンプル
Other "Target description" に Sample scope を記入します。
Material*
サンプルから単離された実験材料の種類。
Material Description
Genome 全ゲノム。核ゲノムが対象のときに使います。DNA やメタゲノムサンプルに対して用います。
Partial Genome 精製された1つ以上の染色体やレプリコン
Transcriptome 転写産物解析データ
Reagent 化学反応や沈降反応によって得られた実験材料
Proteome タンパク質やペプチドのデータ
Phenotype 表現型解析
Other "Target description" に Material を記入します。
Capture*
サンプル材料から得ようとしている情報のスケールや種類。 
Capture Description
Whole サンプル全体を使っている (通常のケース)
Clone Ends クローンエンドデータを使用
Exome エクソンのデータを使用
Targeted Locus/Loci 特定の遺伝子座 (遺伝子,ゲノム領域,バーコード領域) のデータ
Random Survey サンプルをラフにサーベイしたデータ
Other "Target description" に Capture を記入します。
Target description*
Other を選択したときに Sample scope/Material/Capture を記入します。
Methodology*
データを得るために使われた主要な手法。
Methodology Description
Sequencing Sanger,454 や Illumina などを使ったシークエンシング
Array ハイブリダイゼーションアレイ
Mass Spectroscopy マススペクトロメトリー
Other "Methodogy description" に Methodology を記入します。
Methodology description*
Other を選択したときに Methodology type を記入します。

Objective

登録するデータの種類。

Objective*
登録するデータの種類。
Objective Description
Raw Sequence Reads シークエンサから出力された生シークエンシングデータ
Sequence 生データではない加工処理されたシークエンス (クリップされている,メイトペアが対になっている,向きが揃えられているなど)
Analysis 生物学的な意味を解釈するために解析されたデータ
Assembly アセンブリ (ゲノムやトランスクリプトーム) データ
Annotation アノテーションを得るためのデータ
Variation 変異情報データ
Epigenetic Markers エピジェネティックなマーカーの探索
Expression 遺伝子発現データ
Maps 細胞学的,物理的なマッピングや Rh マッピング
Phenotype 表現型
Other "Objective description" に Objective を記載します。

Locus tag prefix

Locus tag prefix*

[Project data type="Genome Sequencing" or "Metagenome"] AND [Capture="Whole"] AND [Objective="Sequence" or "Annotation" or "Assembly"] で Locus tag prefix 入力ボックスが現れます。 ゲノムをアセンブルするプロジェクトでは,アセンブリに対してユニークな locus tag prefix が必要です。WGS の登録のみで prefix を使用しない場合は入力欄を空にしてください。

Locus tag prefix について

Locus tag prefix のフォーマット
Locus tag prefix には3文字以上の英数字のみを含めることができます。 先頭は英文字にします。数字は2文字目以降で使用できます (例: A1C)。 シンボル (-_*) を含めることはできません。 Locus tag prefix とタグの値はアンダースコア '_' で区切ります (例: A1C_00001)。

DDBJ BioProject 独自に最大タグ長を12文字に制限しています。小文字は大文字に変換されて表示されますが,実際には locus tag は大文字・小文字の区別なく予約されます。

Target

Organism information

対象生物の分類や記述。

Organism name*

Taxonomy データベースに登録されている生物名。メタゲノムや環境サンプルなどの生物名を特定できないサンプルについてはこちらのリストを参考にしてください。

複数の生物種を対象としたプロジェクトの場合,共通する階層までの生物分類 (例 属レベルまで) を記入してください。

Taxonomy データベース に該当する生物が登録されていない場合は,Novel organism を選択し Description of novel organism新規生物に関する参考情報,Organism Name に希望する生物名を記入します。

Taxonomy ID
NCBI Taxonomy ID
Strain, breed, cultivar
微生物の株名,もしくは真核生物の品種や栽培品種。この情報,もしくは "Isolate name or label" を提供してください。
Isolate name or label
単離されたサンプルのラベル名,もしくは個々の動物の名前 (例: Clint)。この情報,もしくは "Strain, breed, cultivar" を提供してください。
Description
Label に対する簡潔な補足情報。
Description of novel organism
Taxonomy データベース への生物登録を申請するための情報を記入します。

Environmental sample information

Target の Sample scope="Environment" のときに Organism information に替わって表示されます。

Environmental sample name*
メタゲノムや環境サンプルなどの生物名を特定できないサンプルについてはこちらのリストから該当するものを選択します。該当するものがない場合は,登録を希望する名前を記載し,サンプルの詳細をEnvironmental sample description に記載します。
Environmental sample description
サンプルの詳細を記載します。

General Properties

対象生物の一般的な性質。

Cellularity
選択肢から Cellularity を選びます。
Cellularity
Unicellular
Multicellular
Colonial
Reproduction
選択肢から Reproduction を選びます。
Reproduction
Sexual
Asexual
Haploid genome size
Kb,Mb や cM で表したハプロイドゲノムのサイズ。
Ploidy
選択肢から Ploidy を選びます。
Ploidy
Haploid
Diploid
Polyploid
Allopolyploid

Organism Replicons

対象となる生物が持っているレプリコンの数,その名前 (例: 1,2,3 や I,II,III),レプリコンの種類 (chromosome など) やレプリコンが存在する細胞内構造。

Name
標準的なレプリコン名。
Type
Replicon type を選択します。
Replicon type
Chromosome
Plasmid
Linkage Group
Segment
Other
Location
レプリコンが存在する細胞内の場所。例: 核,分化した細胞内器官。真核生物,バクテリアや古細菌の染色体の場合 "Nuclear or Prokaryote" を使用します。
Location
Nuclear or Prokaryote
Macronuclear
Nucleomorph
Mitochondrion
Kinetoplast
Chloroplast
Chromoplast
Plastid
Virion or Phage
Proviral or Prophage
Viroid
Extrachrom
Cyanelle
Apicoplast
Leucoplast
Proplastid
Hydrogenosome
Chromatophore
Other
Size
推定されるゲノムサイズとその単位。
Description
レプリコンの通常とは異なる特徴。

Phenotype

対象生物の表現型。

Disease
病気の名前を記入します。
Biotic Relationship
選択肢から BioticRelationship を選びます。
BioticRelationship
FreeLiving
Commensal
Symbiont
Episymbiont
Intracellular
Parasite
Host
Endosymbiont
Trophic Level
選択肢から TrophicLevel を選びます。
TrophicLevel
Autotroph
Heterotroph
Mixotroph

Prokaryote Morphology

対象が原核生物の場合,形態について分かっている情報を記載してください。

Shape
該当する全てのオプションを選びます。
Shape Description
Bacilli rod-shaped
Cocci spherical-shaped
Spirilla spiral-shaped
Coccobacilli elongated coccal form
Filamentous filament-shaped (bacilli thar occur in long threads)
Vibrios vibrio-shaped (short, slightly curved rods)
Fusobacteria fusiform or spindle-shaped (rods with tapered ends)
SquareShaped
CurvedShaped
Tailed
Gram
選択肢からグラム陽性か陰性から選びます。
Gram
Positive
Negative
Motility
選択肢から Motility を選びます。
Motility
Yes
No
Enveloped
対象生物の Envelope の有無を選択します。
Enveloped
Yes
No
Endospores
対象生物が Endospores を形成するかどうかを選択します。
Endospores
Yes
No

Ecological Environment

生息環境。好極限性に関して分かっていることがあれば追加情報として記載します。

Habitat
選択肢から Habitat を選択します。
Habitat
HostAssociated
Aquatic
Terrestrial
Specialized
Multiple
Unknown
Salinity
選択肢から Salinity を選びます。
Salinity
NonHalophilic
Mesophilic
ModerateHalophilic
ExtremeHalophilic
Unknown
Oxygen requirement
酸素要求性を選択します。
OxygenReq
Aerobic
Microaerophilic
Facultative
Anaerobic
Unknown
Temperature range
生息温度での分類を選びます。
TemperatureRange
Cryophilic
Psychrophilic
Mesophilic
Thermophilic
Hyperthermophilic
Unknown
Optimum Temperature
生息の最適温度を Celsius で記入します。

Publication

PubMed ID
文献の PubMed ID(s)。
<Publication id="15557739">
    <DbType>ePubmed</DbType>
</Publication>
<ProjectReleaseDate> ...
DOI
PubMed ID がない場合は DOI を記入し,さらに文献に関する以下の情報を記入します。
<Publication id="10.1093/nar/gku1120">
    <DbType>eDOI</DbType>
</Publication>
<ProjectReleaseDate> ...
Reference title*
論文のタイトル。
Journal title*
雑誌のタイトル。
Year*
出版年。
Volume*
雑誌の巻。
Issue*
雑誌の号。
Pages from*
論文の開始ページ。
Pages to*
論文の終了ページ。
First name*
著者の first name。
MI
ミドルイニシャル。
Last name*
著者の last name。
Suffix
著者の称号。
This publication has multiple authors
この項目をチェックすると記入された著者名の後に "et al" が付加されます。

XML スキーマ

BioProject XML schema

BioProject への登録

ヒトを対象とした研究データの登録について
研究対象者に由来するデータを DDBJ センターが運営するデータベースに登録する場合,研究対象者の尊厳及び人権は,適用されるべき法令,指針,ガイドライン,登録者が所属している機関の方針に従い,登録者の責任において保護されている必要があります。原則として,研究対象者を直接特定し得る情報はメタデータから取り除いてください。
ヒトを対象とした研究データを登録する場合は「ヒトを対象とした研究データの登録について」を熟読してください。

プロジェクトの登録

プロジェクトの登録が必要な場合

BioProject への登録は次のような場合は必須です。

  • Sequence Read Archive に登録する場合
  • DDBJ に微生物や真核生物のゲノムを登録する場合

BioProject への登録は次のような場合に推奨しています。

  • 登録するデータの量が非常に大きい場合
  • 共同研究プロジェクトに参画している複数のメンバーがそれぞれのデータを登録する場合
  • データが複数のデータベースにまたがって登録される場合

BioProject への登録は次のような場合は必須ではありません。必要に応じて登録します。

  • 単一のプラスミド,ウイルスやオルガネラゲノムのシークエンスといった1つ (もしくは少数の) アクセッション番号しかリンクされない場合

INSDC はゲノムが登録される微生物に対して strain-level taxonomy ID を新規発行していません。 BioSample ID で区別されることになります。

新規プロジェクトの登録

アカウント Handbook に従いアカウントを取得します。

D-way (https://ddbj.nig.ac.jp/D-way) にログインします。ウェブサイトの上部にある "BioProject" メニューから BioProject 登録ページに移動します。 BioProject ページ内の [New submission] をクリックし,新規プロジェクト登録を作成します。

DDBJ センターから登録者に問い合わせた後三か月以上回答が無い場合は Submission をキャンセルいたします。

BioProject の新規登録作成

BioProject を新規登録する場合は左のタブから順番に内容を英語で入力していきます。 各項目の説明

プロジェクトの入力

ゲノムをアセンブルするプロジェクトでは,アセンブリに対してユニークな Locus tag prefix が必要です。

[Project data type="Genome Sequencing" or "Metagenome"] AND [Capture="Whole"] AND [Objective="Sequence" or "Annotation" or "Assembly"] で Locus tag prefix 入力ボックスが現れます。

プレフィックスには3-12文字の英数字のみを含めることができます。先頭は英文字にします。数字は2文字目以降で使用できます (例: A1C)。 シンボル (-_*) を含めることはできません。プレフィックスとタグの値はアンダースコア '_' で区切ります (例: A1C_00001)。

WGS の登録のみで prefix を使用しない場合は入力欄を空にしてください。

prefix は NCBI が一括管理しています。プロジェクトを投稿する段階で,NCBI に prefix を予約しにいきます。予約済みの場合はエラーになるので,再度希望する prefix を入力して投稿します。

複数の prefix の取得を希望する場合は BioProject チームに連絡します

Locus tag prefix の取得

最後の "OVERVIEW" で内容を確認したうえで [Submit] をクリックして投稿します。

BioProject の投稿

"OVERVIEW" には初回投稿時の内容が表示され続けます。登録後の更新は反映されませんので,ご注意ください。

アクセッション番号

ウェブから投稿されたデータに対して PSUB で始まる仮 ID が自動的に割り当てられます。正式なアクセッション番号が発行されるまでは,この仮 ID で登録を参照します。 DDBJ BioProject スタッフはデータを査定した後,完成したデータに対してプレフィックス "PRJD" のアクセッション番号を発行します。 D-way にログイン後, ウェブ上で登録したプロジェクトの進行状況やアクセッション番号を確認することができます。

  • PSUB で始まる仮 ID を論文中に引用しないでください。
  • EBI/NCBI に登録したプロジェクトを DDBJ に重複して登録しないでください。

アンブレラプロジェクトの登録

アンブレラプロジェクトは通常のプライマリープロジェクトと同様 D-way から登録します。 登録の際には必ず Private comments to DDBJ staff にこの登録がアンブレラであることを記入し DDBJ BioProject チームに伝えてください。 アンブレラプロジェクトを非公開にすることはできません。

アンブレラプロジェクトの登録

プライマリープロジェクトを登録する際,Umbrella BioProject にリンクすべきアンブレラプロジェクトの概要とアクセッション番号を記入します。 BioProject スタッフは記入内容をみて,プロジェクトをアンブレラにリンクする作業を行います。

アンブレラへのリンク

プロジェクトの公開

以下の選択肢があります:

  • 査定が終わった後すぐに公開
  • BioProject アクセッション番号を引用しているデータと同時に公開

公開予定日は設定することができません。

登録したプロジェクトは非公開にすることができます。 DDBJ レコードが公開されると,引用されている BioProject データは自動的に公開されます。この BioProject アクセッション番号を引用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。プロジェクの連動公開について

公開された BioProject レコードは NCBIEBI BioProject データベースと交換されます。

プロジェクトの更新

登録が完了したデータを更新することができます。メッセージフォームよりご連絡ください。

DRA にデータを登録する場合は、事前に登録した BioProject アクセッション番号を Study でリストから選択します。

DDBJ にゲノム,TSA データ等を登録する場合は、アノテーションファイルの DBLINK 行に BioProject アクセッション番号を記入します。