Japanese Genotype-phenotype Archive
Archaea tools の利用方法
JGA に大規模データを sftp でアップロード・ダウンロードすると時間がかかりすぎてしまう場合、JGA に高速転送ツールである Archaea tools (旧 HCPtools) のセットアップを依頼することができます。アカウント毎に個別にツールを設定いたします。
遺伝研スパコンとは異なり VPN 接続は必要ありません。
クライアントソフトのインストール
以下の手順に従ってインストールします。
Linux
設定ファイルの設置
ホームディレクトリに設定ファイルを設置します。設定ファイルは GitHub から取得します。
Linux
cd $HOME
git clone https://github.com/nig-sc/Bytix_Archaea/ .hcp
git clone すると以下のファイルが作られます。
$ tree .hcp
.hcp
├── README.md
├── hchmod.conf
├── hchown.conf
├── hcp-common.conf
├── hcp-ls.conf
├── hcp.conf
├── hln.conf
├── hmkdir.conf
├── hmv.conf
├── hpwd.conf
├── hrm.conf
└── hsync.conf
次に認証用秘密鍵の絶対パスを設定ファイル hcp-common.conf に記載します。
hcp-common.conf
PrivateKeyFile /home/youraccount/.ssh/id_rsa # 秘密鍵の絶対パス
AcceptableCryptMethod PLAIN # 暗号化:なし
AcceptableDigestMethod SHA256 # ダイジェスト方式: SHA256
DisableDataIntegrityChecking yes # ダイジェスト方式なしを許可
接続テスト
設定完了後、以下のコマンドで接続テストを実施します。
test07 アカウントを例に説明します。事前に DDBJ アカウントに認証用公開鍵を登録しておく必要があります。
以下のテストコマンドを実行します。
$hcp-ls --user=test07 133.39.228.32
hcp-ls starts :
agd
jga
ExitCode : 0
ExitCode : 0 と表示されれば接続成功です。
ダウンロード
利用申請されているデータは申請 ID ディレクトリ内に設置されています。
133.39.228.32:jga/download/J-DU000024
復号化ツールは以下のディレクトリにあります。
133.39.228.32:jga/download/J-DU000024/tools
ダウンロードコマンドを実行します。
ローカルディクスの空き容量が十分にある場所で実行します。
$hcp --user=test07 <ダウンロードしたいディレクトリパス> <ローカルディレクトリパス>
$hcp --user=test07 133.39.228.32:jga/download/J-DU000024 .
アップロード
アップロードコマンドを実行します。
$hcp --user=test07 <ローカルディレクトリパス> <アップロードしたいディレクトリパス>
例
$hcp --user=test07 files-to-be-uploaded 133.39.228.32:jga/upload/J-DS000014