DDBJ センターについて

DDBJ センターについて

DDBJ; DNA Data Bank of Japan は生命科学の研究活動をサポートするために、国際塩基配列データベースを協同運営する INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) の一員として、塩基配列データを収集しています。あわせて、自由に利用可能な塩基配列データとスーパーコンピュータシステムを提供しています。

 

活動理念

生命科学のめざましい発展の基盤として、塩基配列から得られる知識は欠かすことのできないものとなっており、今日の生物学の研究では、コンピュータが実験器具と同等に必要になっています。たいへんなスピードで蓄積している塩基配列データなどの生命情報の処理や解析にはコンピュータ科学・情報技術が必須であり、これが生命情報学を誕生させ、発展させている原動力となっています。DDBJ センターは、コンピュータを使った生命情報の解析・処理のための環境と人材を整備しつつ、国内外における生命情報学の分野で主要な役割を果たすことを目的とした活動を行なっています。

INSD データは目的や国籍に拘わらず、閲覧転用していただける世界科学の共有財であり、 世界中の研究者は DDBJ、ENA、NCBI の何れかを通じて INSD にデータを登録することができます。DDBJ センターの事業の柱は、 INSD を使って研究者の方々がデータを公開共有する際に、なるべくストレスなく同じ規則に従った表現で、できるだけ豊かな情報を記入していただくような仕組みをつくり、公共財の質の向上を図ることです。

塩基配列データは久遠の時間をかけて生物が進化してきたことを直接示す記録です。塩基配列データが人類共通の財産であるという認識のもとに、各データバンクは研究者が利用できるように、データを公開しています。

 

運営体制

DDBJ センターは、文部科学省からの運営予算で、静岡県三島市にある大学共同利用法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 (NIG; National Institute of Genetics) 内で運営されています。

DDBJ センター事業は所外委員会である DNA データ研究利用委員会に加えて、EBI, NCBI, DDBJ がそれぞれ委嘱する外部委員会である国際諮問委員会によって監督されています。

現在の DDBJ 運営スタッフの一覧はこちらをご覧ください。

 

主要な活動

国際塩基配列データベースの共同構築と運営

日本において、DDBJ センターは、欧州の ENA/EBI、および、米国の NCBI と共に、国際塩基配列データベース (INSD) を構築・維持する INSDC の一員として、塩基配列データを収集・提供するデータバンク活動で国際的に貢献 しています。

DDBJ で登録を受け付けた全ての塩基配列データには、DDBJ がアクセッション番号 (accession number) を発行しています。アクセッション番号は、塩基配列データベースに登録される塩基配列データに対して個別に与えられ、その配列データに固有のものです。DDBJ に登録されたデータは、公開時に NCBI と ENA/EBI に送られますので、DDBJ が発行したアクセッション番号は、NCBI, ENA/EBI でも共通です。
日本の研究者からの登録の99%以上が、DDBJ を通じて行われております。

特許出願関連塩基配列データ、および、アミノ酸配列データの提供

国際塩基配列データベース (INSD) には、日本、韓国、欧州、および、米国の特許庁 が収集・処理した塩基配列データも含まれています。
また、DDBJ センターでは、日本、および、韓国の特許庁 が収集・処理したアミノ酸配列データを公開しています。

参照:

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用の管理・運用

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムは、ゲノム解析を主な目的とした大規模計算機利用拠点として 大規模クラスタ型計算機、大規模メモリ共有型型計算機、および大容量高速ディスク装置で構成されたスーパーコンピューティングシステムサービスを提供しています。

生命情報データの検索・解析サービス提供

生命情報データベースの提供

塩基配列データベースのより広い利用を目指し、ひいては生命情報学の発展に寄与するため、DDBJ では国際塩基配列データベースをはじめとしてさまざまな生命情報データベースを国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム上 および WWW サービスとして公開しています。
FTP によるデータベースの一括取得もご利用ください。

データ解析用ソフトウェアツールの開発・提供

研究者に生命情報データを有効に利用していただくため、DDBJ で開発したものも含めた各種ツールを、WWW サービス および 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム で公開しております。

教育 および 広報

DDBJ では、利用者の方々に塩基配列データの登録方法や 提供しているサービスを、より深く理解し有効に活用していただくために、各地で DDBJing 講習会を開催しております。

サイト内でDDBJ の活動に関する最新情報をお知らせしております。希望者には、その概要を DDBJ Mail Magazine にて定期的に配信しております。
DDBJ 活動に関する出版物 もご覧ください。

 

沿革

  • 1980年
  • EMBL data library が設立され、日本へ国際協力を要請。
  • 1982年
  • EMBL と GenBank が国際協力事業を開始し、 日本へ参加を要請。
  • 1983年
  • DNAデータバンク運営委員会設置。
    塩基配列データを収集・評価・提供するデータバンク活動で国際的に貢献すべく、試験的なデータ入力を開始。
  • 1984年
  • 国立遺伝学研究所、大学共同利用機関に改組。
    国立遺伝学研究所に遺伝情報研究センター設置。
    これに伴い、遺伝情報研究センター内で DDBJ 稼動開始。
  • 1986年
  • DNA データ研究利用委員会設置。
  • 1987年
  • DDBJ 定期リリース1を公開。
    これをもって公式な DDBJ の活動開始年としている。
  • 1995年4月
  • 国立遺伝学研究所に生命情報研究センター (CIB; Center for Information Biology) 設置。
    これに伴い、DDBJ は CIB に移動。
  • 2001年4月
  • 生命情報研究センターを改組し、生命情報・DDBJ 研究センター(CIB-DDBJ; Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan) 設置。
    以降、DDBJ は国立遺伝学研究所の公式な組織。
  • 2005年5月
  • DDBJ, EMBL-Bank, GenBank の連携のもとにある国際塩基配列データベースは、その総称を INSDC; International Nucleotide Sequence Database Collaboration とした。
  • 2009年
  • DDBJ 運営スタッフの大幅な異動があり、DBCLS との連携を強化。
    DDBJ において 次世代シークエンサの出力データを収集する Sequence Read Archive と Trace Archive の活動が軌道に乗り、これらの Archive も INSDC に加入。
  • 2012年4月
  • DDBJ を、CIB-DDBJ から独立した国立遺伝学研究所の事業系センター(共同利用事業センター)の1つとして、DDBJ センターに改組。
  • 2013年10月
  • バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC; National Bioscience Database Center) と共同で、個人に由来する遺伝学的なデータと匿名化された表現型情報を登録するデータベース、JGA; Japanese Genotype-phenotype Archive の運用を DDBJ センターにおいて開始。