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MetaboBank

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  • データファイル

データファイル

  • ファイル名は英数字 [A-Z,a-z,0-9]、アンダースコア [_]、ハイフン [-] とドット [.] のみから構成され、空白文字、カッコ、句読点やシンボルを含まないようにしてください。
  • Study 単位でユニークなファイル名にしてください。
  • Study やサンプル単位で tar や zip でアーカイブしたファイルでの登録は受付けています。
  • サブディレクトリを含めることができます。
  • 測定機器から出力される生データファイルにはユーザのローカルファイルパスが記録されていることがあります。パスに個人情報が含まれないようにしてください。

Mass spectrometry (MS)

生データファイル

測定機器から出力された生データファイル。
mzML 等のオープンスタンダード形式のデータは生データとして扱います。
SDRF の Raw Data File カラムに各サンプルに対応した生データファイル名を記載します。 サンプル (SDRF の一行) に対応する複数のファイルは tar や zip で一つのファイルにまとめます。
測定機器から出力される生データファイルにはユーザのローカルファイルパスが記録されていることがあります。パスに個人情報が含まれないようにしてください。

解析済みデータファイル

関連論文における主張の直接的な根拠となる解析済みデータやサマリーデータ。
SDRF の Processed Data File カラムに各サンプルに対応した解析済みデータファイル名を記載します。 サンプルに対応する複数のファイルは tar や zip で一つのファイルにまとめます。

Metabolite assignment file

同定・推定した化合物に関する情報は所定のファイル形式である Metabolite assignment file (MAF) として登録します。 MAF の各項目の説明はエクセルをご覧ください。

  • MS 用 MAF エクセル (download)

画像ファイル

MS イメージング実験では画像ファイルも登録します。
SDRF の Image Data File カラムに各サンプルに対応した画像データファイル名を記載します。 サンプルに対応する複数のファイルは tar や zip で一つのファイルにまとめます。
できるだけイメージングの設定に関するファイルを含めてください。

NMR

生データファイル

測定機器から出力された生データファイル。
nmrML 等のオープンスタンダード形式のデータファイルは生データとして扱います。
SDRF の Raw Data File カラムに各サンプルに対応した生データファイル名を記載します。 サンプルに対応する複数のファイルは tar や zip で一つのファイルにまとめます。 できるだけ NMR の設定に関するファイルを含めてください。

解析済みデータファイル

関連論文における主張の直接的な根拠となる解析済みデータやサマリーデータ。
SDRF の Processed Data File カラムに各サンプルに対応した解析済みデータファイル名を記載します。 サンプルに対応する複数のファイルは tar や zip で一つのファイルにまとめます。

Metabolite assignment file

同定・推定した化合物に関する情報は所定のファイル形式である Metabolite assignment file (MAF) として登録します。 MAF の各項目の説明はエクセルをご覧ください。

  • NMR 用 MAF エクセル (download)