データファイル

ファイル名は英数字 [A-Z,a-z,0-9]、アンダースコア [_]、ハイフン [-] とドット [.] のみから構成され、空白文字、カッコ、句読点やシンボルを含まないようにしてください。
Study 単位でユニークなファイル名にしてください。
Study やサンプル単位で tar や zip でアーカイブしたファイルでの登録は受付けています。
サブディレクトリを含めることができます。
測定機器から出力される生データファイルにはユーザのローカルファイルパスが記録されていることがあります。パスに個人情報が含まれないようにしてください。

Mass spectrometry (MS)

生データファイル

測定機器から出力された生データファイル。
mzML 等のオープンスタンダード形式のデータは生データとして扱います。
SDRF の Raw Data File カラムに各サンプルに対応した生データファイル名を記載します。サンプル (SDRF の一行) に対応する複数のファイルは tar や zip で一つのファイルにまとめます。
測定機器から出力される生データファイルにはユーザのローカルファイルパスが記録されていることがあります。パスに個人情報が含まれないようにしてください。

解析済みデータファイル

関連論文における主張の直接的な根拠となる解析済みデータやサマリーデータ。
SDRF の Processed Data File カラムに各サンプルに対応した解析済みデータファイル名を記載します。サンプルに対応する複数のファイルは tar や zip で一つのファイルにまとめます。

Metabolite assignment file

同定・推定した化合物に関する情報は所定のファイル形式である Metabolite assignment file (MAF) として登録します。 MAF の各項目の説明はエクセルをご覧ください。

MS 用 MAF エクセル (download)

画像ファイル

MS イメージング実験では画像ファイルも登録します。
SDRF の Image Data File カラムに各サンプルに対応した画像データファイル名を記載します。サンプルに対応する複数のファイルは tar や zip で一つのファイルにまとめます。
できるだけイメージングの設定に関するファイルを含めてください。

NMR

生データファイル

測定機器から出力された生データファイル。
nmrML 等のオープンスタンダード形式のデータファイルは生データとして扱います。
SDRF の Raw Data File カラムに各サンプルに対応した生データファイル名を記載します。サンプルに対応する複数のファイルは tar や zip で一つのファイルにまとめます。できるだけ NMR の設定に関するファイルを含めてください。

解析済みデータファイル

Metabolite assignment file

NMR 用 MAF エクセル (download)

Metabolite assignment file

Metabolite assignment file (MAF) には、研究で同定または推定された、全ての既知または未知の代謝物、およびfeatureを含めることを推奨しています。データの再利用性を高めるために、できるだけ多くの情報を記入してください。試料ごとの各代謝物の測定値を記載する場合には、表の右側に試料名の列を追加して記載してください。
MAFの記載項目の説明は以下のとおりです。

Column	Description	Example	Technology type
database_identifier	代謝物データベースでのID。ChEBIのIDを推奨。	CHEBI:16919	MS、NMR
chemical_formula	代謝物の組成式	C4H9N3O2	MS、NMR
smiles	代謝物のSMILES	CN(CC(O)=O)C(N)=N	MS、NMR
inchi	代謝物のINCHI key	InChI=1S/C4H9N3O2/c1-7(4(5)6)2-3(8)9/h2H2,1H3,(H3,5,6)(H,8,9)	MS、NMR
metabolite_identification	同定または推定された代謝物名	creatine	MS、NMR
metabolite_class	代謝物分類名	flavonoids	MS、NMR
mass_to_charge	質量電荷比 (m/z)	132.0765	MS、NMR
fragmentation	フラグメントイオン	132,0870 l 90,0617 l 87,0618	MS
modifications	分子イオンまたは付加イオン	[M+H]+	MS
charge	電荷	1	MS
retention_time	溶出時間	0.85	MS
chemical_shift	ピークの化学シフト		NMR
multiplicity	ピークの多重度		NMR
taxid	代謝物が検出された生物のNCBI taxonomy ID. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi	9606	MS、NMR
species	NCBI taxonomyでの生物名（学名）	Homo sapiens	MS、NMR
database	代謝物の同定に用いたデータベース名	CHEBI	MS、NMR
database_version	代謝物の同定に用いたデータベースのversion		MS、NMR
reliability	代謝物予測結果の信頼性を、MSIレベルを用いて記載する。https://github.com/MSI-Metabolomics-Standards-Initiative/CIMRを参照。	MSI:1	MS、NMR
search_engine	代謝物同定または推定に用いたプログラム名		MS、NMR
search_engine_score	代謝物同定または推定に用いたプログラムでのスコア		MS、NMR
peak_identifier	ピークのID		MS、NMR